佛郎机火炮的威慑犹在耳边，朝堂上下追赶之心空前迫切。吴铭更是将大部分精力投入军器局，亲自督导师匠们针对佛郎机火炮的特点，加紧研制射程更远、精度更高的新式舰炮，同时对那套精密的齿轮与发条机构进行逆向仿制，吴麟那日的“擒纵机构”模型给了他极大的启发和思路。
然而，就在这争分夺秒、全力追赶的关头，一场精心策划、直击要害的阴谋，如同淬毒的匕首，从最意想不到的角度刺来！
这一日，吴铭正在军器局与几位大匠研讨新炮的闭气结构，一名东宫内侍慌不择路地狂奔而来，面色惨白如纸，声音颤抖得几乎不成调：
“太……太傅！不……不好了！太子殿下……殿下他……呕血昏厥，太医……太医说恐是……是中毒！”
“什么？！”
吴铭脑中“嗡”的一声，如遭雷击！太子朱标，国之储君，他最重要的支持者与知己，竟然中毒？！
他瞬间抛下一切，翻身上马，疯了一般冲向紫禁城。一路上，他心中念头飞转，是谁？谁敢对太子下手？目的是什么？
东宫内外，已是一片肃杀。朱元璋脸色铁青，立于殿外，周身散发着骇人的戾气。马皇后在一旁垂泪，几位太医跪伏在地，浑身筛糠。
吴铭冲入殿内，只见朱标躺在榻上，面色灰败，唇边犹带一丝黑血，气息微弱，昏迷不醒。
“查！给咱查！彻查！所有接触过太子饮食、药物之人，一个不漏！查不出来，你们全都给标儿陪葬！”朱元璋的怒吼声震彻殿宇。
就在东宫乱成一团，锦衣卫大肆搜捕之时，另一波致命的攻击，悄然而至。
都察院数名御史联名上奏，弹劾太子太傅吴铭！罪名骇人听闻——“勾结番夷，谋害储君！”
奏章言之凿凿：称吴铭因与佛郎机使团谈判不利，心怀怨望，又恐太子对其失去信任，故铤而走险，利用其掌管军器局、时常进献“新巧之物”予太子鉴赏之便，将一种由佛郎机人提供的、无色无味的剧毒之物，掺入其进献的一座“自鸣钟”的润滑油脂中！太子近日时常把玩此钟，毒素经手口侵入，终致毒发！
证据？有被收买的东宫小太监作证，曾见吴铭亲信与佛郎机使团副使私下接触！有太医“推断”，太子所中之毒，确非中土所有，与番邦记载的某种奇毒相似！更有那架作为“凶器”的自鸣钟，被从东宫起出，指认为证！
此计何其毒辣！不仅要将谋害储君的天大罪名扣在吴铭头上，更要将他与佛郎机人捆绑在一起，打为“汉奸”、“国贼”！一旦坐实，便是抄家灭族之祸！
消息传出，朝野骇然！先前所有因水师之功、改革之效而对吴铭产生的赞誉，瞬间化为乌有，取而代之的是无数怀疑、恐惧、甚至是唾弃的目光。那些早已对吴铭恨之入骨的势力，更是趁机煽风点火，要求立即将吴铭下狱论罪！
吴铭瞬间从国之柱石，跌落为阶下之囚！
他甚至来不及为自己辩白一句，便被暴怒的朱元璋下令，剥去官袍，投入了刑部大牢！锦衣卫同时包围了太保府，许进不许出！
太保府内，顷刻间天塌地陷。
徐妙锦闻讯，几乎晕厥，强撑着稳住心神，紧闭府门，安抚惶惶的下人，更要护住三个不明所以、却被府外甲士吓得瑟瑟发抖的孩子。
吴定国紧握着小拳头，眼中满是不符合年龄的愤怒与坚定。吴麒躁动不安，想要冲出去，被家丁死死拉住。
而吴麟，则紧紧抱着那个他仿制出的、简陋的擒纵机构模型，缩在母亲怀里，小脸煞白，大大的眼睛里充满了恐惧与不解。他不明白，为什么前几天还夸赞他的爹爹，突然就成了“坏人”，为什么家里来了这么多凶神恶煞的兵。
阴冷潮湿的刑部大牢中，吴铭靠着墙壁，遍体生寒。
他深知，这绝非简单的构陷。对手抓住了佛郎机人来朝、太子中毒这个千载难逢的机会，布下了一个几乎无懈可击的死局！人证（被收买的太监）、物证（自鸣钟）、动机（谈判不利、失宠担忧）俱全，甚至连毒药来源都指向了番夷，几乎堵死了他所有常规的辩白之路。
朱元璋晚年多疑，尤其涉及储君安危，更是宁杀错，勿放过！自己此番，恐怕在劫难逃……
绝望如同冰冷的潮水，一点点淹没了他。他想起朱标的信任与抱负，想起徐妙锦的温婉与坚强，想起三个儿子，尤其是麟儿那闪烁着智慧火花的眼眸……他不甘心！
“不！我不能死！我若死了，水师何人主持？新政何人推行？麟儿的天赋何人引导？还有太子……太子中的毒……” 一个激灵，他猛地清醒过来！当务之急，是救太子！只要太子能醒过来，一切就有转机！而太子的毒……或许……
他猛地扑到牢门边，对着守牢的、一位他曾有恩于其家人的狱卒低吼道：“快去！想办法告诉我夫人，让她立刻将我书房左手边第三个抽屉里，那个檀木盒子，连同里面所有的笔记，想办法秘密送入宫中，直接呈给马皇后！快！这是救太子，也是救我的唯一希望！”
那里面，有他多年来结合现代医学知识，整理的关于各类中毒症状及急救、解毒思路的笔记！虽然粗糙，但或许……或许能提供一线生机！他只能将希望寄托于马皇后的理智与仁慈，以及……那渺茫的医学可能性。
牢狱之灾突如其来，阴谋之网遮天蔽日。吴铭这艘一路乘风破浪的巨舰，第一次陷入了看似无法挣脱的漩涡，生死，悬于一线。
刑部大牢，阴暗潮湿，唯有高处一小窗透入惨淡月光。吴铭靠坐墙边，寒意刺骨，却远不及心中冰冷。谋害储君，勾结番夷，无论哪一条都是诛九族的大罪。对手这一击，狠、准、绝，几乎将他逼入死地。
他强迫自己冷静下来，在脑海中一遍遍梳理整个事件。太子中毒是真，自鸣钟是物证，小太监是人证，毒药来源指向番夷……环环相扣。但，一定有破绽！如此周密的构陷，参与的人越多，环节越多，漏洞也就越多！
“关键在那座钟，和那个小太监！” 吴铭眼中闪过一丝锐利。钟是佛郎机人进献，但经手之人众多，如何证明毒是他吴铭所下？那小太监的证词更是关键，但一个阉人，岂能扛得住锦衣卫的反复诘问？只要撬开他的嘴……
他将希望寄托于马皇后。那位睿智而仁慈的皇后，在朱元璋盛怒时是少数能保持理智的人。他希望徐妙锦能顺利将他的笔记送到皇后手中，更希望皇后能相信他的清白，并意识到救太子与救他，本质上是同一件事。
与此同时，太保府内，徐妙锦强忍悲痛与恐惧，展现出了将门虎女的坚韧。
府外被围，但她并未坐以待毙。她利用父亲徐达留下的些许人脉，以及吴铭昔日对某些底层官吏的恩惠，悄悄将吴铭那句关于“檀木盒子”的口信，连同她的一封泣血陈情信，通过一个负责送菜的老仆，辗转送到了宫中一位受过徐达恩惠的老太监手中，恳求其务必呈交马皇后。
坤宁宫内，马皇后手持那本吴铭整理的、写满各种疑难杂症与解毒思路的笔记，以及徐妙锦字字血泪的信笺，眉头紧锁。
她不信吴铭会谋害标儿。数年来，吴铭对太子的辅佐尽心尽力，革新政策亦是为了强国富民，有何动机行此大逆不道之事？更何况，用如此迂回、且极易暴露的方式下毒，完全不符合吴铭一向精明缜密的作风。
这更像是一场构陷！一场意图一石二鸟，同时除掉太子与吴铭的惊天阴谋！
“陛下正在盛怒，此刻直言恐适得其反。”马皇后对心腹女官低语，“但标儿的毒，不能不当真。去，传我的话，让太医院按吴铭笔记中所提‘活性炭吸附’、‘催吐导泻’及那几个清热解毒的方子，结合他们自己的诊断，尽力一试！一切以救治太子为先！”
她没有直接为吴铭辩白，而是采取了最务实的态度——先救人！只要太子能醒，真相便有大白之日。同时，她暗中吩咐可靠之人，留意东宫那个作证小太监的动向。
转机，在第三天凌晨出现。
太子朱标在经过太医院采用吴铭笔记中方法（虽不完全理解原理，但步骤清晰），并结合数种解毒汤药灌服后，竟真的呕出大量黑水，高烧稍退，虽然依旧虚弱昏迷，但脉搏却较之前强健了一丝！
这一线生机，让绝望中的朱元璋和马皇后都看到了希望！朱元璋虽未立刻释放吴铭，但滔天怒火稍敛，下令太医院不惜一切代价，按此法继续救治。
而也就在此时，锦衣卫指挥使蒋瓛带来了关于那个小太监的突破性进展。
在诏狱令人胆寒的刑讯之下，那小太监的精神防线早已崩溃。他最初一口咬定是受吴铭指使，但当蒋瓛拿出其家人已被秘密控制，并抛出其与某位致仕翰林学士府上管家近期有过秘密钱财往来的证据时，小太监彻底瘫软，嚎哭着吐露了实情：
是那位翰林学士（乃之前被清算的元老文官之密友）通过管家找到他，许以重金，并以其家人性命相胁，命他伺机将一种药粉偷偷涂抹在太子时常把玩的自鸣钟关键部件上，并栽赃给吴铭！他根本不知道那药粉竟是如此剧毒！他只以为是让人生病、嫁祸吴铭的寻常药物！
真正的幕后黑手，终于浮出水面！竟是那些早已对吴铭和新政恨之入骨，甚至不惜铤而走险、谋害储君也要反扑的顽固守旧势力残余！
朱元璋闻此，勃然暴怒！其怒火更胜之前！他可以容忍朝争，但绝不能容忍有人将黑手伸向他的继承人，动摇国本！
“杀！给咱杀！一个不留！” 旨意一下，锦衣卫四出，那位致仕翰林学士及其满门、涉案管家、乃至在朝中为其提供便利的几个官员，尽数下狱论死！
吴铭的冤情，得以昭雪。
当他被从刑部大牢放出，重见天日时，虽只短短数日，却恍如隔世。阳光刺目，他步履有些虚浮，但眼神却更加深邃坚定。他第一时间请求入宫探望太子。
东宫内，朱标虽已脱离生命危险，但元气大伤，面色苍白，看到吴铭，虚弱地笑了笑：“吴师……受苦了。孤……信你。”
简单一句话，让吴铭眼眶微热。“殿下洪福齐天，定能早日康复。此间魑魅魍魉，臣已俱知，定不会让其再惊扰殿下。”
经此一劫，君臣之情，更为笃厚。
回到太保府，解除封锁，家人团聚，恍若隔世。
徐妙锦扑入他怀中，泪如雨下。吴定国紧紧抱着他的腿。吴麒哇哇大哭。而吴麟，则抱着那个他视若珍宝的擒纵机构模型，走到吴铭面前，仰着小脸，怯生生地问：“爹爹……是好人，回来了？”
吴铭心中一酸，将小儿子紧紧搂住：“嗯，爹爹是好人，回来了。麟儿不怕。”
这场突如其来的牢狱之灾，如同一次淬火。它未能摧毁吴铭，反而洗去了浮华，让他更加看清了前路的艰险与敌人的疯狂。他知道，旧势力的反扑不会就此停止，未来的斗争将更加残酷。但，他已无所畏惧。
太子的毒伤需要时间调养，水师的建设不能停歇，与佛郎机人的周旋仍需继续，而家中这棵悄然生长的“格物”幼苗，更需要精心呵护。
他站在庭院中，看着劫后余生的家人，目光再次投向远方。暗夜已过，微光已现，接下来的，将是更猛烈的风雨，与更坚决的反击。