日军在河南大力准备豫中会战之时，印缅边界雨季开始来临了。雨季的到来给进攻英帕尔的日军带来了灾难性的影响，本来就非常不正常的后勤补给如今完全中断了。第15、31、33师团在进攻中已经耗尽了所有的力量，现在不要说粮食、就是弹药都严重不足了。雨季的来临让日军之中疾病横行，疟疾、痢疾、伤寒大行其道。
英印军区反攻的力量正在加大，日军步步后退，攻占英帕尔已经成为了一个笑话。但日军第15军司令官牟田口廉还坚决不放弃，要求前线日军发扬武士精神坚持到最后一刻，就会奇迹发生。他拒绝承认失败，认为撤退是“皇军的耻辱”?。牟田口廉不是傻，他是被他自己的政治野心蒙蔽双眼，牟田口廉将战役视为晋升大将的跳板，若撤退则意味着他的政治生涯彻底终结?。
接到坚持命令的前线日军三个师团长差点崩溃了，他们怎么也没有想到指挥官牟田口廉愚蠢到如此地步，又不上一线看一看前线部队的实际情况。只知道“在后方咆哮命令”，而前线士兵因饥饿和疾病大量死亡?。看来牟田口廉是高高在上习惯了，不食人间烟火了，3个师团长只有自求多福了。
防守英帕尔的斯利姆将军很快就发现了日军的异常，以往英印军攻占一个山头或据点，日军必将反复争夺，而近段时间日军一反常态，丢失的阵地也不争夺了，顺势向缅甸败退。
斯利姆判断，这是日军要撤退了。他立即命令加快进攻的步伐，并派部队穿插拦截。斯利姆的判断一点也没错，日军3个师团长不约而同的带领部队在进行事实上的后撤，因为挡不住英军的凌厉攻击，部队不得不后撤。这样既可以不在明面上违反军令，又可以为手下的士兵争取一条活路。他们不得不这么做。以第31师团为例，全师团有战斗力的士兵只剩下了2000余人，其余的全部病倒或负伤了。撤退时那些病重的、重伤的士兵都无法携带，有些稍微能动弹的，自己开枪结束自己罪恶的生命。不能动弹的都在恳请撤退的日军给自己来个痛快，他们知道，如果无人照抖，雨林里的玛璜一夜之间就会把他们的血液吸干，雨林之中的蛇、虫、鼠、蚂不消两天就会把他们啃的只剩一副骨架，这都是他们亲眼看见的。
第15师团、第33师团就更难，他们与第31师团相比处于更北方。原本他们可以渡过钦敦江，到达钦敦江东岸就安全了。但钦敦江东岸早就被远征军占领，远征军沿江重兵防守。第15师团、第33师团退出印度后，还要向南通过直线距离250多公里的热带雨林，再向东渡过伊洛瓦底江，才能算是安全了。
身在后方的牟田口廉暴跳如雷，他下死命令要求3个师团守住阵地，止住败退的步伐，否则师团长将受到军事法庭的审判。但令他失望的是日军不仅没有守住，败退速度止都止不住了，3个师团在负出重大伤亡后，退出了印度，进入了缅甸境内。英印军还在衔尾追击。日军几乎溃散了，现在就是天照大神来了也挽救不了这个局面。
直到此时，牟田口廉才认识到局面已无法收拾，他和缅甸方面军司令官河边正三才向日本大本营申请从印度撤军。大本营对英帕尔局势突然恶化非常震惊，前面的战报可是一直宣称快要占领英帕尔。大本营又是展开调查，又是开会研究。迟迟没有下达撤军的命令，第18、31、33师团可真等不了，在雨林里每天都会有成百上千的人倒下，因为没有粮食，饿极了的鬼子都吃上刚死去士兵的人肉了。当初开始日军进攻英印军有多嚣张，如今就有多狼狈。
追击日军的英印军也退回印度，热带雨林在雨季就不是人待的地方。英印军以日军的尸骨为向导，追歼日军一段时间后，大量的士兵出现了痢疾、疟疾的症状。虽然英印军不缺芝粮食、药品，但是英印军也受不了。斯利姆将军为避免英印军出现重大伤亡，选择见好就收，全军撤回了印度。他选择让航空队在雨季初期天晴空隙时轰炸溃退的日军。
曼德勒远征军司令部史迪威、卫立煌收到了英印军的电报，得知了日军全线溃退的消息。史迪威力主远征军对密特拉和敏建发起了进攻。经军委会的同意，卫立煌下令远征军全线发起了进攻，用了半个月的时间占领了密特拉和敏建，日军退往仁安羌。缅甸的雨季真正来临了，远征军停止了进攻脚步。
南太平洋上1月至2月，美军夺取了夸贾林、罗伊岛—那慕尔岛、埃尼威托克诸环礁。2月，美军解放了马绍尔群岛中的其他岛屿。3月20日，美军在俾斯麦群岛登陆，完成了对日本要塞拉包尔的包围圈。4月美军第5航空队属下的远程轰炸机向新几内亚沿岸的日军基地发动猛烈的轮翻空袭，日军航空队损失殆尽。日军残留在新几内亚内陆山区和个别日军据点，由于与外界的联系被切断，他们的存在对盟军的主要作战行动已不构成任何威胁。
日军连续在缅甸和南太平洋两个战场的两场大败，日本对内封锁了消息。但对于冈村宁次这样的高级军官来说，得到这些消息并不是难事。冈村宁次心底一片冰凉，大本营催促发动豫中会战的电报来了。大本营预估到海上航线可能会被切断，对打通支那南北陆上通道更加急切。
1号作战计划在日军中并没有取得了共识，有一些军中高层并不认可这一计划，因为有一个很现实的问题：即使打通了南北交通线，三、四千公里的里程，皇军还有那么多兵力固守吗？冈村宁次也倾向于这种看法，但大本营下了命令就要执行，走一步看一步吧！战略决策也是他一个未进入大本营核心圈的华北派遣军司令能决定的。