此段历史发生在公元1600年至1622年，主要讲述万历执政后期、朱常洛、朱由校前期（魏忠贤尚未掌权）三个时期的历史，这段短短历史戏剧性的上演了明末三大案，分别为梃击案、红丸案和移宫案，各个都成了历史怪谈疑案。
这个时期，世界历史上，1602年，荷兰东印度公司成立。1603年，德川家康建立江户幕府。1604年，法国在印度成立东印度公司，该年尚普兰为法国建立第一个北美殖民地。1607年 ，英国在北美建弗吉尼亚殖民地。1613年，俄罗斯历史上最强盛的王朝罗曼诺夫王朝建立。1618年欧洲爆发三十年战争，这是历史上第一次全欧洲大战。
有诗道：红丸梃击连移宫，三案手翻乱廷平去。公然撰刻示天下，正者曰邪邪曰正。
话说啊，明神宗万历皇帝登基的时候，立马册封了王皇后，可这王皇后肚子不争气，没生下龙子。另一边，王恭妃给皇上添了个大胖小子，这是皇长子；郑妃呢，也不甘落后，给皇上生了三皇子。神宗皇帝特别宠爱郑妃，一高兴，直接给郑妃升成了贵妃。这时候，有位叫姜应麟的给事中，还有孙如法等几位主事，一块儿上书说：“哎呀，皇上啊，王恭妃生的可是长子，五年了，连个封号都没见涨，郑妃一生孩子，立马贵妃了，这世道让人咋想啊？”神宗一听，火冒三丈，直接把这几位贬成了小地方的典史。
打这儿以后，沈鲤、申时行、许国、王锡爵、王家屏这些个大臣们，一个个轮番上阵，请求立太子，跟皇上磨破了嘴皮子。皇上呢，嫌他们啰嗦，干脆不理不睬。一直到皇子十三岁了，王锡爵这位老臣又死乞白赖地求，皇上才勉强同意让皇长子和三皇子一块儿出阁读书。
有一年，河南大旱，老百姓饿得吃人，皇上和郑贵妃看了奏折，心里那叫一个难受。郑贵妃心善，说：“皇上，要不咱从私房钱里拿出五千金去救济吧。”皇上一听，高兴了，自己也掏了五千金，河南的老百姓算是捡回一条命。
可大臣们还是天天盯着立太子这事儿不放，磨了二十九年，皇长子常洛总算是被立为太子了，这时候他都二十二了，刚戴上成年人的帽子。福王、瑞王、惠王、桂王也都成人了，连太子妃郭氏也定了下来。
这时候，怪事来了，各地突然出现了匿名信，一夜之间，从宫门到大街小巷，到处都是。信里大概就是说郑贵妃想对太子不利，题目还挺吓人，叫《续忧危垃议》。这信里的故事，讲的是宋朝宋宁宗想立赵竑为太子，结果宁宗一死，史弥远假传圣旨杀了赵竑，立了理宗。神宗一看，气不打一处来，全国上下人心惶惶，下令严查妖书，长安城里连小声嘀咕都不敢了。
结果，吴江有个叫沈令誉的，因为跟这事儿沾了点边儿，被抓了起来，连带着还有个高僧达观，也被砍头了，牵连的人多了去了，惨得很。
最后，抓到一个叫暾生光的人，这家伙受不了酷刑，就认了。还好有侍郎李廷机、尚书赵世卿帮着辅臣沈一贯、朱赓顶着，案子才算审明白，把暾生光给处决了，老婆孩子发配边疆。可实际上，妖书真不是他写的。后来，中书舍人赵士征病得快不行了，自己说是他干的，说完就像被五马分尸一样，肉一块块往下掉，死了。
到了四十一年，群臣又一块儿上书，请福王去封地。这时候，有个叫王日乾的武人，举报说有个叫孔学的，跟郑贵妃宫里的姜内相拜把子，还请了个妖人王三诏到家里，诅咒太子。神宗一听，气得差点没晕过去，御案都掀了。
辅臣叶向高赶紧上书说：“皇上，王日乾、孔学这些人啊，就是京城里的小混混，这事儿跟当年的妖书案一模一样。但妖书是匿名的，没法查，现在告状的和被告的都在这儿，一审就明白了。”神宗一听，脸色缓和了点，也就不追究了。叶向高趁机请求赶紧让福王去封地，皇上答应了，让福王去河南。
四十三年五月，又出事了，有个男的闯进东宫，拿起棍子就把守门的一个太监给打了。大家一块儿把他给逮住了。太子亲自上书，要求送刑部审问。这家伙叫张差，御史刘廷元说：“他看起来疯疯癫癫的，又有点狡猾。”刑部的人说他是疯子。可提牢官王之采一问，这家伙说有个人叫马三道，把他带到庞、刘两个太监那儿，教他怎么干。说来说去，又扯上了郑贵妃的弟弟郑国泰。大臣何士晋上书，要求追查到底。这下子，群臣都炸开锅了，纷纷上书弹劾。
神宗一听，又火了，下旨说：“别查了，直接把张差凌迟处死，谁也别牵连！”没多久，又在宫里悄悄处死了太监庞保、刘成，这事儿就算是过去了。
而在这时，大清太祖高皇帝，也就是努尔哈赤，他在东方那是冉冉升起，势不可挡。戊午正月，人家直接宣布万历四十六年是天命元年，帝王的气数，那是已经定了，于是建立了后金政权，与明朝相抗。
大清军队那是勇猛无比，一鼓作气打下了抚顺，把明朝的军队打得落花流水。明朝一看，这可不行，得找个能人出来。于是，杨镐就被任命为兵部右侍郎，负责辽东的战事。明神宗也是急得团团转，生怕军队打久了，钱袋子空了。于是，朝廷里的大臣们，像大学士方从哲、兵部尚书黄嘉善、兵科赵兴邦这些，那是红旗一挥，催着杨镐赶紧出兵。
杨镐没办法，只好硬着头皮，分了四路大军，合计起来有十多万人马。北路由马林带着金台失的军队，西路由杜松挂帅，南路归李如柏，东路则是刘綎，还带着朝鲜的军队。这时候，天象也是怪得很，什么蚩尤旗啊，彗星啊，都出来了，地震也是不断，懂行的人都知道，这是要败的预兆啊。
结果，四十七年正月十九日一出兵，就赶上了大雪，士兵们那是寸步难行，进军计划也泄露了。杜松这个急性子，为了抢头功，越过五岭关，提前到了浑河，结果中了埋伏，血战一场，力竭而死，全军覆没。马林呢，从三岔堡到二道关，一听杜松败了，吓得赶紧扎营自守。清兵那是乘胜追击，马林也败了，游击麻岩战死沙场。
刘綎呢，他是孤军深入，三百多里地，打下了十多个寨子。结果，清兵冒充杜松的军队，给他当向导，把他引进了包围圈。刘綎那是身陷重围，最后战死沙场。只有李如柏这一路，因为经略的命令，撤回来了，算是保全了。
有人说啊，李如柏之所以能全身而退，是因为他之前有个游击叫李永芳，已经投降了清朝，暗中给他通风报信。这一仗，明朝那是损失惨重，四五万士兵啊，就这么没了。消息传到京城，那简直是地震级别的震动。
于是，清兵那是势如破竹，打下了辽东的好多城池和卫所。明朝一看，赶紧又把熊廷弼这位前御史请出来，负责辽东的战事。同时，把杨镐、李如柏这两个倒霉蛋抓起来，送到京城审问，最后都判了斩首。
四十八年夏天，王皇后也驾崩了。五月，明神宗那是身体一天不如一天。七月，神宗那是病入膏肓，把阁臣方从哲叫来，托付后事。说完，神宗就驾崩了。太子常洛即位，这就是光宗贞皇帝。他宣布明年为泰昌元年，停止矿税，撤回那些太监，重新启用那些被废的官员，还拿出一百万两银子，救济边疆的军队，老百姓那是拍手称快。
可是，光宗皇帝那也是福薄，八月就病了。宫里有个医生叫崔文升，给他开了泻药，结果光宗皇帝那是一夜之间上了三四十次厕所，整个人都虚了。这时候，他还想着封妃子呢，把元妃郭氏、才人王氏封为皇后，又说要封选侍李氏为贵妃，因为李氏侍候他挺勤快的。
鸿胪寺丞李可灼呢，他给光宗皇帝进献了红铅丸，光宗皇帝吃了，病没见好。李可灼又献了一颗，结果九月初一，光宗皇帝就驾崩了。在位才一个月，才三十九岁啊。有人说，这是郑贵妃用泻药毒死的。
宫里那是乱成一团，赶紧召集大臣们来。大臣们那是匆匆赶来，给事杨涟说：“李选侍这个人，不可靠，不能让她照顾小皇帝。咱们得赶紧请小皇帝出来，让他喊万岁，稳定人心。”于是，大臣们就把小皇帝从宫里拥出来，移到慈庆宫去住。
大学士方从哲带着大臣们哭完光宗皇帝，就请见小皇帝。可是，小皇帝好久没出来，大臣们那是使劲儿请，小皇帝才出来。大臣们又簇拥着小皇帝到文华殿，行了五拜三叩头的礼，喊万岁。大臣们请小皇帝当天就登基，小皇帝说初六再登，然后又被拥回慈庆宫。
阁臣刘一璟说：“现在乾清宫还没收拾干净，殿下您先委屈一下。”这时候，李选侍还在乾清宫呢。御史左光斗、给事杨涟，那是赶紧请李选侍搬家，李选侍没办法，只好搬到仁寿殿去。
于是，小皇帝朱由校即位，这就是熹宗哲皇帝。他宣布从八月到十二月，还是泰昌元年，明年改为天启元年。
光宗皇帝啊，吃了李可灼那红铅丸，嘿，还真有点儿好转。方从哲一看，赶紧拟旨，赏了李可灼五十两银子。可没想到，这还没过几天呢，群臣们那是纷纷上书，说崔文升、李可灼犯了大逆不道的弑君之罪，得法办！结果，这俩人都被发配边疆去了。
光宗皇帝在的时候啊，还立了个妃子张氏为皇后。这时候，辽东那边儿，熊廷弼那可是忙得热火朝天，修城墙、练军队、通商贸、集粮草，硬是让辽东太平了两年。可没想到，御史冯三元、顾慥，还有科臣姚宗文这些人，因为私仇，硬说熊廷弼没本事还骗皇上。他们还拉帮结派，魏应嘉、郭巩、张修德、魏应科这些人也跟着起哄，一块儿弹劾熊廷弼。最后，皇上没办法，只好让熊廷弼回家等着审查，兵科杨涟还上书求情呢，可皇上就是不听。结果，熊廷弼被革了职，辽东的事儿就交给了袁应泰。
这袁应泰啊，也是倒霉催的。清兵一来，沈阳就丢了，明军大败，好几个总兵都战死沙场。后来，辽东也丢了，袁应泰和一堆官员都牺牲了。这事儿传到京城，那简直是炸了锅。
再说辽东巡抚薛国用，因为生病辞了官。这时候，王化贞就当上了巡抚。御史张秉谦一看，赶紧上书给熊廷弼伸冤，说要是熊廷弼在，辽东哪儿能败坏成这样。于是，皇上又把熊廷弼召回京城，让他重新当经略。
这时候啊，辽西还没丢呢，熊廷弼驻扎在右屯，他觉得兵败如山倒，没兵可打，还是固守为好。可王化贞呢，他误信了西方人的援助，非要打回去，收复辽东。朝廷里的大臣们还支持他呢，于是就这么打了。结果，总兵刘渠移军到振武，广宁就空了。清兵一到振武，大败明军，斩了刘渠。王化贞吓得腿都软了，不战而逃，就带着几十个人跑到闾阳去了。
正好，熊廷弼从右屯带兵赶到，王化贞一看，那是大哭起来。熊廷弼说：“你要是不招募敌骑，不把广宁的兵撤到振武，也不会有今天。现在啊，咱们只能保护百万百姓入关，别让敌人占了便宜。”于是，熊廷弼带着大伙儿往西走，入了关。辽西又丢了，明军只好严守山海关。王化贞和熊廷弼都被抓起来等着审查，可那些大臣们又因为私仇恨熊廷弼，愣是要把他和王化贞一块儿斩首，还把熊廷弼的首级传到九边示众。这下可好，忠良们都寒了心，明朝的事儿啊，那是越来越没指望了。
这时候啊，辽东战事紧急，朝廷从四面八方征兵。四川永宁有个宣抚使叫奢崇明，他和他儿子奢寅早就想造反了。他们主动请缨，说要带三万兵马去辽东支援，还派了樊龙、樊虎带着兵到了重庆。四川巡抚徐可求一看，赶紧核查兵马，淘汰老弱，发军饷。可没想到，军饷发不下来，樊龙他们一生气，就造反了，杀了徐可求，还带着兵逼近成都。
左布政使朱燮元那是拼死抵抗啊，石柱土司秦邦屏在辽东战死，他妹妹秦良玉接过了大旗，带着兵去支援朱燮元。结果，在成都城下，他们大败叛军。奢崇明父子一看不好，拔腿就跑，逃回了重庆。这事儿传到京城，皇上就让朱燮元当了四川巡抚。
奢崇明一看败了，又诱骗他的亲信、贵州水西的土目安邦彦一块儿造反。安邦彦占了平彝、龙里等地，还攻破了乌撒，围攻贵州。他还用诈降计，杀了巡抚王三善。这下可好，叛军势力大增，分三路进军：一路攻云南，一路攻遵义，奢寅则专门攻打永宁。
这奢寅啊，那可是凶狠得很，手下人的妻女要是长得漂亮，他就得占便宜；要是谁家有钱，他就得勒索。要是不从，那就得送命。结果，他手下的苗老虎、阿引这些人恨透了他，趁他喝醉了，一刀就结果了他，然后投降了明朝。