巫蛊之祸是发生在武帝晚年的一个重大事件。它持续的时间长达数年，为此而死的人多达数万，其中包括了皇后、太子、公主等皇室贵族，也包括了丞相、御史大夫等朝廷重臣，既有地痞无赖，也有死刑囚犯，即使巫蛊之祸结束，其“伤口”也远远未曾愈合，甚至影响到“后巫蛊时代”武帝的内政与外交。
“巫蛊”的“蛊”古音通“鬼”，又通“诅”，是一种诅咒之术。其具体方法，是在桐木制作的小偶人上刻写被诅咒者的名字和生辰八字，通过一定的仪式施以魔法和诅咒，然后把它埋在被诅咒者的住处或经常去的地方。人们相信，行巫蛊可以控制和摄取被诅咒者的灵魂。
汉代浓烈的巫风，可说是巫蛊之祸发生的一个社会文化背景。
不论是因嫉恨而行巫蛊，还是因为恐惧而搜巫蛊，源头都不在巫蛊，而是在嫉恨和恐惧。可是一旦嫉恨和恐惧借着“巫蛊”这种“公共文化”的形式表达和展开，就往往超过个人的控制范围，造成一种恐惧和猜疑的社会气氛，引起疯狂的运动，所谓“树欲静而风不止”。
更糟的是，如果巫蛊发生在权力中心的皇宫里，为“有心人”所利用，则往往掀起血雨腥风，造成人间惨剧。
前面讲过，武帝的第一个皇后陈阿娇，因为妒忌卫子夫而行巫蛊诅咒她。事发后，武帝大怒，诛杀了三百多人，又废了陈阿娇的皇后位，把她打入冷宫。
此后，陈阿娇的母亲、扶助武帝登基的关键人物、长公主刘嫖也心灰意冷，退而寻欢作乐，再不能像以前那样发挥其在朝野上下的巨大影响力了。这件事真相到底怎样，现在已经很难说清。
巧合的是，因巫蛊而“扫清道路”、被封皇后的卫子夫也因巫蛊而自缢身亡，可谓成也巫蛊败巫也蛊。不光是她，巫蛊之祸中，原来权倾天下的卫氏家族也跟着集体败亡。所以说，巫术只能算所巫蛊事件的一个“起点”或者借口，事件的背后，是各方势力的博弈和荣辱沉浮。
太子刘据是武帝二十九岁才得的长子，也是唯一的嫡子，曾一度受到武帝的宠爱。刘据甫一出生，武帝就命人为他写《皇太子赋》一文，欣喜之情溢于言表。七岁时，刘据被立为太子，武帝又建了“博望苑”——“博望”即博闻的意思，出使西域的张骞就曾被封为“博望侯”——让他在里面与宾客往来，又找来天下的名儒向他传授《公羊春秋》和《谷梁春秋》。
武帝兴儒学的理论靠山、一代大儒董仲舒就是《公羊春秋》派的传人。所以，武帝让太子学《公羊春秋》，是为了太子将来治国做准备。
一切都很好，迎接刘据的将是一个金光灿灿的宝座和一片雄壮的河山。只可惜时间是世上最强的毒药，在它的腐蚀下，任何东西都要面目全非，所以古人有沧海桑田之叹。
等到刘据长大成人，越发地公瑾仁恕，这本是好事，可是武帝是一个大有为的雄主，温良的刘据实在不对他的胃口。卫子夫老了，武帝再不能像以前那样对她感兴趣了，而新受宠的王夫人和李夫人都为武帝生了男孩。于是卫子夫母子两个渐渐失宠，心中生出了不安之意。
武帝察觉了他们的心思，就对卫青说：“汉家庶事草创，加四夷侵陵中国，朕不变更制度，后世无法；不出师征伐，天下不安；为此者不得不劳民。若后世又如朕所为，是袭亡秦之迹也。太子敦重好静，比能安天下，不使朕忧。欲求守文之主，安有贤于太子乎？闻皇后与太子有不安之意，岂有之邪？可以意晓之。”卫青听了叩首拜谢。卫子夫听说这件事，也向武帝脱簪谢罪。
武帝在乎太子怎么想，而且还不直接告诉他，而是通过军功赫赫的卫青来安抚他，足见武帝这时候还非常地爱护刘据。
太子是将来的皇帝，他的身边自然会聚集一批人。《资治通鉴》上说，“群臣宽厚长者皆附太子”。
武帝周围的人却不同，他所用的人中，有很多文法吏，这些人与汉初军功集团里的那些贵族很不一样，他们多是出身底层。这样的人，如果要出人头地、光耀门楣，就只有立功。功从何来？不立杀贼之功便不是英雄，而贼不是时时处处都有的，没有的时候只好自己把他“造出来”，于是该收监的就判杀头，该杀头的就严刑逼供，诱他把别人也牵进来，于是一杀杀一片。当皇帝看到这些文法吏呈上来的密密麻麻的工作报告时，当然会惊叹这人怎么如此地能干，于是大加褒奖，加其官晋其爵。
当然，武帝的严刑峻法，根本上是因为他的性格和一系列政策。武帝骨子里是一个极端专制的人，他不能容忍自己的权力被别人瓜分，所以扶植底层出身的文法吏，让他们以法令绳墨贵族，乃是要打击他们，把权力从贵族私门收归自己手上——朝上文法吏的数量和比例不断增多，文法吏不像贵族那样有家族依靠，所以武帝把生杀予夺的大权握得更紧了。而武帝的政策，如打击豪强，以及为了充实国库强行征财产税（算缗，告缗）都须以强力推行，否则根本进行不下去。文法吏正好满足了武帝的这种需要。
武帝严苛，太子却宽厚，他是反对武帝的严刑峻法的，于是每有判狱，太子多为其平反——这是堵住了文法吏立功的门路啊，所以太子虽得到了百姓的爱戴，却得罪了这些文法酷吏。卫子夫这时已可算饱经沧桑，他怕久而久之，太子会因此获罪，所以劝他不要总是坚持己见，而应该与武帝的步调保持一致。
武帝听说这件事，反应很奇怪，他赞扬了刘据，批评了卫子夫。可是，既然如此，他为什么不听从太子的轻徭薄赋，不事征伐的劝谏呢，还说：“吾当其劳，以逸遗汝，不亦可乎！”不听也就罢了，他继续任用文法吏，但没有加强对刘据的保护。等到卫青这个卫氏家族最大的支柱倒了之后，文法吏的春天来了，他们肆无忌惮地公开诋毁太子。
这时候的武帝已经老了，身体一天比一天差了，人也越来越多疑，他长期躲在甘泉宫里不出来，皇后和太子难得见他一面，这就给这些人在父子俩之间制造裂痕和对抗留下了空间。
武帝晚年宠爱的一个宦官叫做苏文，他也是“深酷用法者”的一党。有一次太子入宫探望皇后，半天时光才从宫里转出来。苏文就向武帝“告密”说：“太子在皇后宫中调戏宫女。”武帝于是将太子宫里的宫女增加到二百人。卫皇后听说这件事，就让刘据向武帝禀明实情，请求诛杀苏文。刘据说：“清者自清，我何必怕这种小人的污蔑？更何况父皇英明，不会相信这些谗言，母后无须忧虑。”
常融是苏文手下的小太监。有一次武帝病了，派他去召见太子。常融回来报告说，太子听了皇上身体违和，面有喜色。武帝冷笑，没有说话。等到太子来了，武帝发现太子脸上挂有泪痕，可是当着武帝的面仍然强颜欢笑。武帝这才发觉常融的挑拨，于是将他处死。
由此可见，“深酷用法者”的毒计手段是一波接着一波的。而刘据对武帝的信心也太过了，所谓“众口铄金”“积毁销骨”，若连皇帝的面都见不到，长此以往，即使他对武帝有信心，武帝对他也没信心了。