自刘邦称帝，萧何一直担当丞相一职。萧何恪尽职守，为汉室尽心尽力，但是他越是尽心尽力，被疑心的危险就越大。萧何将全副精力放在丞相一职，全力以赴，鞠躬尽瘁，没感觉到别人在他背后议论他。
功高盖主，必有大患！
韩信谋反，萧何用计斩韩信，刘邦回来后拜萧何为相国，加封五千户，令他率领五百人保卫关中。召平是局外人，清楚其中微妙，将“功高盖主，必有大患”的道理告知，劝萧何不可接受封赏。萧何采纳，没领受刘邦的封赏。
是金子，不会生霉；怀高才，总会体现；有德行，必得民心。萧何兢兢业业，稳打稳进，为民谋利，深得民心。当初刘邦进入关中，与民约法三章，深得民心。萧何为相十年，为民谋利，轻而易举地抢走了刘邦用生命换取的民心，刘邦不悦。刘邦带兵征战在外，最不放心萧何。刘邦认为萧何就如一汪平静的水面，不知道什么时候会兴风作浪。
英布造反，刘邦在外征讨，多次派人问萧何在做什么。
萧何对待主人的敌人，如韩信，他智谋百出，对刘邦忠心耿耿。萧何有智慧，但他从来不会怀疑主人。凡主人所命，他死力施行；凡主人所言，他绝不起疑。
刘邦发问，萧何老实回答，说：“你们回去告诉皇上，他领军在外，我会替他安抚百姓。我会将我所有的东西全部捐献给军队，就像皇上征讨陈豨时做的一样。”萧何为了国家，不要家庭，为了大家，不要小家。百姓最敬佩这样的人，所以萧何深得民心。虽然刘邦屡次遣人问他忙什么，萧何从来没有怀疑过刘邦。
家臣见萧何如此，提醒萧何，说：“你就快要被灭族了。你现在身居相国之位，功劳第一，一切都已到达为臣的极限。皇上进关中时，深得民心；你当丞相的这十多年间，民心都归向你。皇上之所以多次派人问你在干什么，全是因为怕你煽动关中百姓谋反。皇上既然如此想，担心你深得民心，你就该顺着他的意思去做，抛弃一点民心。你为什么不强买良田，大放高利贷，让自己失去点民心呢？”
聪明人不会固执己见，萧何采纳了家臣的建议，强买良田，大放高利贷。密探报告萧何的举动，刘邦听后，非常高兴。
征讨英布回来，关中军民拦在半路。这些人伏道跪求，状告萧何，说他放高利贷，以极低的价钱强买好田好地好房子。刘邦见状告萧何的人密密麻麻地跪满一地，很是高兴。
待到萧何出城迎接，刘邦笑着说：“萧相国又在干利民利国的事！”刘邦说的是反话，意指萧何也干损人肥己的勾当，他这“利国利民”是内心因妒而生的讽刺。如果萧何真干利国利民的大好事，刘邦反而会怒气冲天。
“你的事情，你自己处理去。”刘邦将关中百姓状告萧何的状纸全交给萧何。
刚进关中，刘邦与民约法三章，人人都说刘邦好；萧何当丞相才十多年，人人口中只有萧何，不知道刘邦。刘邦没杀害萧何的心，只是看不惯萧何将关中的民心全给抢了。昔日的荣宠和今天的落寞一比，叫人黯然神伤。刘邦没有大家风范，他肚里连根针都容不下，不免嫉妒萧何。
百姓如此拥戴萧何，全因萧何兢兢业业、为民谋利。萧何是位全心全意为百姓谋福利的丞相，但他的做法极为不获皇帝的欢心。
萧何对刘邦说：“长安人多地少，上林苑有很多空地荒芜。希望皇上准许百姓去那里种地，百姓栽种作物，你的野兽也有东西吃。”
上林苑是皇帝打猎的地方，再慷慨的皇帝听了都不舒服，何况是小肚鸡肠的刘邦。萧何此举，无异于与虎谋皮，必受其害。
刘邦大怒，说：“萧何乱放高利贷，强抢民田，现在还要抢我的上林苑。”
刘邦命令廷尉给萧何戴上枷锁，先行关押，等待问罪。逮捕丞相，皇帝下令，不经程序，这就是皇威。当了那么多年的皇帝，刘邦还是喜欢滥用权力。过了几天，一个姓王的卫尉对刘邦说，萧何没有大罪，关押萧何不应该。
“我听说李斯做秦朝丞相时，有好处归秦始皇，黑锅自己背。萧何收受商人钱财，还抢我的上林苑给百姓。他在百姓前做好人，我就是坏人。因此，关押他。”刘邦不以为然。
“只要有利于民就为民请命，那才是真正的丞相。皇上怎能因此而怀疑萧相国！皇上同项羽相争数年，陈豨和英布造反，皇上领兵亲征，萧相国留守关中，如果相国真有私心，在关中弄事，关中就不是你的了。萧相国不趁此专权弄利，又怎么会收受商人的贿赂！再说，秦朝之所以失去天下，全是李斯蒙蔽皇上，李斯不值得效法。如此看来，皇上对萧相国的疑心未免过于浅薄。”
这卫尉说得入情入理，但刘邦心中就是不解气。这卫尉根本不知道，天下只有做错事的臣子，没有做错事的皇帝。
几天之后，刘邦的火气消了，理智再次占据上风。过了几天，使者持节将萧何给放了。萧何一生恭敬有礼，至死不改，受委屈也不变。萧何换套好衣服，恭恭敬敬地去向刘邦谢罪。“相国就不要如此了。相国替百姓请求我的上林苑，我竟然不许可，我不过是与夏桀和商纣一般无二的皇帝，而相国你却是贤相。我之所以拘押你，是想让天下百姓知道我的过错。”刘邦这话是强说理。
萧何虽然有智慧，但在主人面前就很呆笨，用不上智慧。萧何面见皇上时恭恭敬敬，大气都不敢出一口，他那一颗七巧玲珑心不知跑到哪里去了。刘邦如此说，萧何竟然相信，恭恭敬敬地为刘邦效力去了。臧衍对张胜说了几句话，致使卢绾造反不成，逃亡在外，最终客死异乡；刘邦对萧何说几句好话，萧何又兢兢业业地管理大汉。
惠帝二年（公元前193年），正月，这个春天有点怪。史书记载陇西（今甘肃临洮）发生地震。
古人觉得天地忽变，人间必定发生大事。果然，刘仲死了，接着萧何只剩一口气。或许刘仲不重要，但为汉朝立下汗马功劳的萧何一定重要。萧何要死了，惠帝刘盈去看望他。
刘盈对吕雉开始实行冷暴力，整日饮酒作乐，听说萧何病危，前往看望萧何。刘盈作为皇帝是有点懦弱，但他知道轻重缓急，他知道刘氏王朝全靠萧何的兢兢业业，鞠躬尽瘁。萧何这根大梁就要倒了，梁倒大厦危，谁是下一根大梁呢？
刘盈问萧何：“你死后，谁可以替代。”
萧何讲：“了解臣子的莫过皇上。”萧何的意思是说，你应该知道我的心意。刘盈问曹参是否可以。萧何一听，很高兴，说：“皇上知道了，我死也瞑目！”
身为相国，萧何勤勤恳恳，任劳任怨，可以说是大汉朝廷的功臣，但他竟然住在一条又穷又辟的陋巷，房子也很破旧。萧何将一生都奉献给大汉，没留下什么给子孙，唯独留了一句话：“如果后世子孙贤，他们应该像我一样勤俭；如果不贤，我遗留的积蓄也会被他人仗势夺走。”
老子当初也送孔子这几句话。
在历史上，对刘邦的性格没有好评。萧何却不同，他的形象越来越光辉。萧何死后，后世的几位皇帝都害怕绝了这种功臣，对萧何的后代关照有加。