新生代雨果的横空出现，加上有80%以上的可能回到现实世界这一阴谋，让很多观众的心里都蒙上了一层阴影。
这家伙在矩阵里面就如此逆天了，回到现实世界了，不得搞出天大的事情啊？
但现在，除了站在上帝视角的观众们，主角们和其他人类都还瞒在鼓里，不清楚这惊天大阴谋。
......
剧情继续。
之后，墨菲斯和尼奥等人带着充满电的飞船重新踏上了征程，然后再次进入矩阵，去面见先知。
在面见先知之前，尼奥碰到了狄昂扮演的先知守护者。
在这里，狄昂为了试一试尼奥的实力，同他大战了一场。
虽然希斯是小眼睛教出来的，但作为八爷手下功夫最高的一个，狄昂除了教导安妮之外，自然也教了尼奥几手。
要是放在现实之中，希斯绝对撑不够三招，或许三招都用不到，狄昂一招就能摆平，但在电影里，身为救世主的他，自然是不虚任何人。
所以，拳脚相加，大战N个回合之后，狄昂奈何不了尼奥，而且还渐渐处于下风。最后，只得罢手言和。
用华夏的古话来说：不打不相识！
通过了狄昂的考验，尼奥成功见到了先知。不过这一次的见面有点诡异。
只见着狄昂掏出一把钥匙，插进尼奥进来的门，再打开时，却不是尼奥来时的地方，而是一条银白色的长廊。
长廊两边，全是密密麻麻的金属门。
这些门，俗称“后门”，乃是矩阵这个系统的后门，是系统管理员的进出通道。
狄昂对尼奥的解释就是：“代码都藏在锁里，在这里打开一把锁，别处就会打开一扇门。”
简而言之，只要有钥匙，就可以从这里去到矩阵世界的任意一个地方。
就像哆唻A梦的任意门一样，想去哪就去哪。
然后，狄昂再次掏出一把钥匙，打开一扇“后门”，后门外，是一片坐落于几栋房子间的空地。先知坐在一张长椅上，等候多时。
这是尼奥第二次见先知，第一次见的时候，他还是一个菜鸟。这一次，他已然是一位能看透矩阵的救世主。
所以，他看清楚了狄昂的本质，看到他的代码组成和普通人一样。
同样的，先知也是类似狄昂的情况。
简单点说.......
“你不是人类，对吗？”尼奥问。
“如你所见，再明显不过了。”先知微微一笑。
“我猜，你是机器世界里的一个程序。你也是矩阵系统的一部分，另一种控制程序。”
先知点头一笑，承认了。
看到这里，不少观众都在心里惊呼。奶奶的，这个先知是机器一方的人？
“我靠，先知不是人？”
“早该想到的，像她这种能预知未来，而且知道救世主的存在，绝对不是一般人。只是搞不懂，为什么她要帮助尼奥，她不是机器人一方的吗？她不是应该帮助机器人，把尼奥清理掉吗？”
“搞不懂，这下子剧情就复杂了。”
.......
之后，先知为尼奥讲述了矩阵世界中各种各样的程序。比如这天气，比如各种动物，比如日出日落，都是有固定的程序负责。
但是偶尔，也有一些程序失控，出现了一些无法预料的事情。就比如有人见到了幽灵，鬼魂，有人看见了吸血鬼，狼人这种无法用科学解释的生物。
这些，都是某些程序出现了差错，在矩阵中影射出来的现象。
而这时，这些程序会被矩阵系统删除，然后化为本源回到矩阵的主机。
在尼奥告诉先知自己梦到安妮死亡的画面时，先知就告诉他，这是又一个属于他的选。还告诉尼奥，但他回到矩阵的源头时，他就能明白这一切。
到时候，他会在那里做出选择。
一旦失败，下场....就是锡安的毁灭！
先知这番话让观众们听着有点玄乎...
救世主的使命就是回到系统的源头？
这什么意思？难道尼奥也是一个程序？
一个披着人类外衣的程序？？？
一想到这种可能，很多人的小心脏都是一突变得慌乱起来......
........
最后，先知告诉尼奥，叫他去寻找一个开锁匠。在他的手上，有通往矩阵源头的钥匙。
说完，先知便在狄昂的保护下离开。下一秒，大反派雨果出现。
而且不仅是一个，是一群。
拥有复制能力的他，无限侵蚀别人，将别人变成了自己。
然后利用人数优势和尼奥大战！
单挑可以，你一个人单挑我们一群。群挑也可以，我们一群群挑你一个。
无赖一般的打法让尼奥产生了退意，在越来越多的雨果赶来之后。尼奥放弃缠斗，直接冲向天空，摆脱掉这群“禽兽”。
之后，就如同先知所说，尼奥去寻找开锁匠。不过这家伙被一个法国人：矩阵另一个古老的程序关押着，关键是这厮根本没打算交出开锁匠。
所以，争斗在所难免！
从这里开始，一场大战惊天动地的从餐馆打到了高速公路，枪火交战，拳脚相碰，商业大片的经典元素在这里淋漓尽致地展现出来。
观众们也是看得过瘾至极，纷纷在心里喝彩。
最后，开锁匠被主角等人抢了回来。在经历了一番谋划之后，主角拿着开锁匠的钥匙成功进入矩阵的源头。
虽然，开锁匠为此牺牲了生命。
但他只是一个程序而已，观众们倒没什么伤心的情绪，最多，有点惋惜而已。
在矩阵的源头中，尼奥见到了矩阵的幕后大BOSS：架构师！
他是矩阵的建立者。矩阵内的一切，都是出于他之手。
尼奥的真实身份，也在这一刻呼之欲出！
“你的存在，汇集了矩阵编程时产生的所有不平衡因素。你是程序异常的产物，我费尽全力，还是不能消除这些异常。”架构师面无表情，淡淡道：“虽然我极力避免产生异常，却也做了准备。因此你的到来，完全在我的掌控之中。”
看到这里，观众们终于明白了尼奥的来历，同时心里也泛起了惊涛骇浪。
主角，真特么就是一个系统的BUG啊，真特么不是一个纯粹的人类啊！
但还没等观众细细消化这段秘闻，架构师后面的话再次毁了所有人的三观。
“矩阵的历史远比你了解的久远....”
“现在的矩阵，已经是第六版。”
也就是说，在之前，还有五个版本的矩阵。尼奥之前，也还有五个救世主！
构架师解释道：“我设计的第一版矩阵十分完美，是一件艺术品....”
但是，就是太过完美，反而导致了第一版的崩溃。因为人类固有的性格缺陷导致他们根本不可能生活在一个完美无瑕的世界。
贪婪，骄傲，色欲，愤怒等等各种人类的缺陷让他们不可能和平的生活。
就像华夏的共产主义，根本就不可能实现一样。
所以，构架师根据人类的历史，模仿21世纪初，设计了一个不那么完美的现代社会，以供人类生存。
这样一来，系统总算稳定了一点，但是，最后还是崩溃了。
因为人类自由的天性，即便99%的人潜意识接受虚拟世界，总特么有1%的人会产生与之对立的系统性异常。
这些人，就是觉醒者。
所以，为了处理这些拒绝接受系统的人，机器人设立了锡安！
而每当锡安的人数达到一定数量时，机器人就会派出大军去消灭殆尽！
这一次，便是第六次消灭锡安！
“救世主的作用，就是在此时返回源头，将你身上的部分代码，重新注入主程序。”架构师冷漠道，“之后，你再挑选23命人类，16名女性，7名男性，重建锡安！”
“如果不这样做，系统将会出现崩溃，并杀死所有与矩阵链接的人，再加上锡安的毁灭，人类将彻底灭绝！”
“你的五位前辈，都是基于对人类反应的预测进行设计的，这先入为主的设定，让他们对人类产生了眷恋，以促使他们完成救世主的义务。”
“不过，其他几位救世主的眷恋是广义的，你的却要具体的多....”
“也就是..爱！”
与此同时，屏幕中，电影最开始出现的女主陨落的那一幕幕镜头真实的发生了。
安妮，即将死亡....
所以，此刻的主角面临着及其艰难的选择。
“这里有两扇门，你右手边的门通往源头，可以拯救锡安。左手边的门可以带你回到矩阵，去找她。”
“但人类，也将随之灭亡！”
看到这里，一个又一个幕后的秘密被揭晓，观众们也是被这一个接一个高潮震撼地无以复加。
人类，被前前后后灭掉了五次？
救世主，就是为了解决系统的BUG，然后带着23个人类重建被毁灭的锡安，开启第七个版本？
“卧了个槽！”
“原来锡安是机器人为了处理这些不稳定因素，故意让救世主建立的。”
“神特么第一代救世主解放了人类，这尼玛就是机器人的阴谋。”
“卧槽，这幕后也太惊悚了吧？”
“我只想知道这一次的主角会怎么选。这一次，他和前几个救世主不一样，他被机器人注入了新的元素，爱。结果呢，会不会不一样？不是说爱情的力量是最伟大的吗？”
“呀呀呀，这到底怎么选啊。一边是自己的爱情，一边是人类存亡的大义！”
“之前的救世主都选择救人类，这一次.....”
这一次....
正如架构师看穿尼奥一样，尼奥的脑袋里产生一系列化学反应，产生了一系列电信号，最后生成一种可以压倒逻辑和理性的情绪。
简而言之，尼奥被爱情冲昏了头脑。
所以最后，他选择了左边的门，选择了通往矩阵可以寻找安妮而不是通往源头可以拯救人类的门。
而且，在安妮即将砸落在车顶的瞬间，尼奥从天飞过，如同超人一般，将安妮救起。
最后，尼奥挽救了自己的爱情。
但是，人类呢？
他没有回到源头，这样一来，系统的崩溃会杀死所有与矩阵链接的人，而现实世界，机器人大军也会灭掉锡安。
这样一来，人类这个物种就真的灭绝了。
而且死无葬身之地！
之后，尼奥和安妮回到现实世界。刚一回来，屁股还没坐热，机器人大军就找到他们的飞船，并将其摧毁。
逃亡时，尼奥却是无意中感受到在现实世界里，自己也拥有着控制程序的力量。
所以，他一招手，无数机器人仿佛系统出故障一般，倒地不起。
但尼奥自己也晕厥了过去，不知道刚才那一招消耗了他太多的精神力，还是他作为系统的BUG，自身出了故障。
电影的最后一幕，尼奥被赶来救援的飞船带走，在一张病床上，尼奥闭着眼睛，昏迷不醒。
在他的旁边，同样躺在病床上，那个被雨果侵蚀，并来到现实世界的复制体却是悄然动了一下手指。
至此，第二部结束。
矩阵的奥秘被揭晓，但是人类这个物种却是处于被灭绝的境地。
高潮，依然还未完结！