东南之地风起云涌，鲁王起兵复杭州，被清军打得大败之际，福建隆武朝廷内，也因为郑芝龙拥兵自重，挟持朝廷，无意进取，而与有心光复河山的隆武帝，矛盾日渐激化。
皇帝为自入闽以来，未发一兵一卒出闽地与清军作战，眼看着徽州与江西的版图，一点点的落入清廷之手，而悲愤不已。
此时隆武帝与心腹大臣已经达成共识，要想有所作为，就必须脱离郑氏的掌控，否则朝廷将逐步沦为傀儡。
作为一个心怀大志的皇帝，隆武帝已经决议移驾江西赣州，然后视情况而定，如果江西用兵得手，局势稳定，他便可以西连湖南何腾蛟，东接福建郑芝龙，南靠广东王彦，收就近指挥之效。
就算江西作战不利，皇帝还可以西移湖南，南下广东。
湖南、赣南、福建，如一字长蛇，时清军猛攻江西，何也？便是要斩蛇腹，使大明首尾之间，失去联系，所以在乙酉年八月以来，赣南始终都是明清双方激烈争夺之地。
此种情况之下，隆武帝却想要移驾赣州，而不是迁往比较安全的广州，说明皇帝心中的恢复之志，绝非须言，这与另一段历史上的永历帝，简直不可同日而语。
为了摆脱郑芝龙的控制，皇帝除了下旨，让王彦早日北上之外，也密密与朝臣准备移驾。
兵部右侍郎兼右副都御史万元吉知陛下心意，随上疏密奏，“赣州居上游，豫章不能仰面而攻，且左为楚，右为闽、浙，背为东粤，足以控制三面，宜驻跸也。”
皇帝见奏大喜，随加万元吉为江西督师，领兵部尚书的虚衔，总督江西诸军，命其离开福京，入驻赣州，为皇帝移驾做好准备。
隆武帝与忠于他的大臣，在抗清上的布局，亦被清廷所察觉，时任清廷江西提督的金声恒，便十分畏惧，连忙上书多尔衮道：“奴才细观南明陈兵之势，俨然一常山之蛇，以浙东为首，江西为腹，湖南、广西、云贵为尾，敌畏惧江南满洲，故于东南取守势，而乘奴才江西兵力之单弱，意欲夺路而出，以震动江宁，再者何腾蛟与广东王彦相连，拥重兵于上游，若此二人携大军，以上攻下，夺武昌，下九江，则江西不保，东南半壁亦一鼓而复矣。奴才恳请皇父摄政王，发真满洲兵两万，与奴才合兵一处，由赣南直捣闽广，斩其腰腹，使敌首尾不能相顾，则钱塘可一苇而渡，而后合力平定云贵，一统之业岂不易易哉！”
明清双方都认识到江西在战略上的地位，但隆武帝却无法调动郑芝龙的军队进入江西，万元吉入赣之后，也因为清廷总督江南的大臣洪承畴抽调柯永胜、高进库等部进入江西同金声恒部协同作战，大军直压吉安，而疲于应对，根本没有能力迎隆武帝出闽。
福京城内，皇帝为赣南逐渐恶化的局势而忧心忡忡，几次训令下，郑芝龙不得不派永胜侯郑彩出衫关，援救江西明军，但郑彩到底衫关之后，却再次按兵不动，无论监军给事中张家玉怎样催促，他一概置之不理。
张家玉心中愤慨无比，只得上疏弹劾，隆武帝也只能无奈的再一次消去郑彩的爵位。
大学士黄道周对此不胜愤慨，随于首席大学士左懋第商议之后，决定由左懋第继续留在福京辅佐皇帝，而他则自告奋勇的请命督兵出福建，支援江西，并联络困于徽州大山之中的江天一部义军，设法为朝廷打开局面。
郑芝龙得知消息后，为朝中将少一个与他作对的老臣，而心中大喜，他唯恐黄道周改变主意，立马备好一月钱钱粮，但却不拨一名士卒支援。
黄道周随勉强奏够三千多名士卒，与兵部职方司主事赵士超，一起踏上征途。
临行前，隆武皇帝，手中无兵无粮，只能给黄道周一百多道空白的委任状，让其在沿途自行招募忠义之事，自筹军饷。
被王彦留在福京的王威，看见黄道周手下的兵将，大都是应募而来，缺乏作战经验，而黄道周本人也是个手无缚鸡之力的文臣，只是临时看了一些兵书，却从来没有指挥过军队的经验。
王威久在军中，又随王彦与清军交手，只道清兵的厉害，而黄道周手下的兵马，显然不可能战胜清军，于是他在送别黄道周的时候，向他建议，遣散队伍，只带少数精锐，由小路直接进入赣州，以大学士督师的名义，节制和调动湖广、西南等地的总督、巡抚、总兵，会师进取。
只是黄道周却舍不得手上的三千兵马，认为有总比没有好，便没有采纳王威的建议。
王威见此，心中无奈，只得从忠义营中调拨精兵五百，让为首的百户，千万护住阁老周全。
九月底，黄道周，出仙霞关，欲先救出被清军围困在徽州山中的江天一，但大军进入徽州后，却蒙头转向，直到江天一被清军逼得遁走宁国府，去太湖投陈子龙，他才弄清楚，他的军队与江天一部，不过一山之隔。
解救江天一的计划失败后，黄道周随带兵马转入江西，并一再写信策反清廷的江西提督金声恒，但被其置之不理。
十月初抵达广信，黄道周凭借个人威望，募得三个月兵粮，随分兵三路，向清兵发起进攻，一路向西攻抚州，另两路北上分攻婺源、休宁，但三路皆败。
不久后，清军宁国总兵胡茂祯，池州总兵于永绶，徽州总兵李仲兴、芜湖总兵卜从善，探听道黄道周在婺源县境明堂里下营，随分三路围攻，黄道周部下，损失数千人，余众星散，五百忠义营精兵，护着黄道周且战且逃，但清兵早有准备，三面围攻之下，五百士卒全部战死，黄道周被清军俘获。
随后清军将黄道周押送至南京狱中，他在狱中吟咏如故，有诗云，“六十年来事已非，翻翻复复少生机。老臣挤尽一腔血，会看中原万里归。”
时清廷派使洪承畴劝降，黄道周又写下这样一副对联：“史笔流芳，虽未成功终可法；洪恩浩荡，不能报国反成仇。”将史可法与洪承畴对比。洪承畴又羞又愧，上疏请求免道周死刑，清廷不准。
洪承畴随杀黄道周，临刑前，道周望南而拜，痛声呼道：“臣黄道周拜别吾皇陛下。”他连拜九次后，痛涕道：“陛下啊～臣虽不能再驰骋疆场，为国立业，然忍耻被俘，也断无再生之理，臣死而无怨，望陛下重整朝纲，力挽狂澜，扫除奸雄，挥兵北进，圣朝安得无雪耻之日焉？愿陛下圣意果决，戒之，慎之。”言罢，再拜，而后端坐受刑。
观刑百姓无不痛哭流涕，大呼，“黄大人。”
同日其门人蔡春落、赖继谨、赵士超和毛玉洁同日被杀，人称“黄门四君子”。
讣讯传至福建，隆武帝“震悼罢朝”，特赐谥“忠烈”，赠文明伯，并令在福州为黄道周立“闵忠”庙，树“中兴大功”坊；另在漳浦立“报忠”庙，树“中兴荩辅”坊，春秋奠祭。
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