荷兰，弗里斯兰省，一片由填海造地形成的圩田深处。浓雾笼罩着笔直的运河和孤独的风车，空气中弥漫着咸湿的海风和腐烂水草的腥气。林夕，一名因在阿姆斯特丹钻石交易所伪造证书、偷换高级钻石并卷入黑帮火并而被通缉的华裔宝石鉴定师，为躲避追捕并寻找传说中的“沉船宝藏”，通过黑市渠道加入了一支由当地走私集团资助、伪装成“水利工程队”的盗捞团伙。队长是凶残的荷兰人范德海登，队员包括比利时珠宝贩子、德国潜水员和一队佣兵。
队伍里的老渔民，荷兰人德克，在进入这片被称为“幽灵圩田”的区域前划着十字警告：“这片水下埋着‘溺水者’的诅咒，风车里有‘磨坊恶魔’的祭坛！”但范德海登对此嗤之以鼻。
在一次夜间潜水作业中，德国潜水员在运河底部发现了一个被淤泥覆盖的古老风车基座。撬开腐烂的木门后，他们发现水下密室中有一个用桅杆和船骨拼凑成的、等身大小的水手雕像。雕像双手捧着一个青铜航海罗盘，罗盘内没有指针，而是盛满了暗绿色的、粘稠如油的海水，散发着腐臭的鱼腥味。雕像的胸口镶嵌着一块琥珀，琥珀中封着一只眼睛形状的黑色珍珠，珍珠内部仿佛有暗蓝色的磷光在流动。
德克看到雕像后惊恐后退，用弗里斯兰语嘶声警告：“‘de Zeemeermin’（人鱼）的诅咒！罗盘里是‘迷途之海’！快用圣水和沙袋封住密室！”但范德海登和比利时贩子被那诡异的珍珠吸引，强令将其取下。当珍珠被撬出时，罗盘内的海水突然沸腾，溅到比利时贩子脸上，该男子惨叫倒地，皮肤迅速长出鱼鳞，在窒息中死亡。当夜，范德海登在营地离奇溺死——尸体在干燥的帐篷内漂浮在一滩海水中，肺部充满咸水，心脏位置有一个章鱼吸盘状的淤青。
恐慌在团队中蔓延。林夕负责保管这颗邪异的黑珍珠。深夜，在风车的咯吱声中，他鬼使神差地将珍珠贴近耳边。珍珠触手湿冷，内部传来潮汐般的涌动声。一个混合着海浪和溺水者呻吟的低语直接在他脑中响起，诉说着对陆地的憎恶和对深渊的渴望，并夹杂着将生命融入永恒海洋的扭曲诱惑。
他的梦境变成了窒息的噩梦。他梦见自己沉入无边无际的绿色海水，一个由海草和骸骨组成的人鱼拥抱他，进行着冰冷而窒息的爱抚，极度的水压与一种回归母体的堕落快感交织。醒来时，他浑身湿冷，皮肤出现鱼鳞状纹路，口中是浓重的咸腥味，床单上沾着几片腐烂的海藻。
团队开始诡异溺亡。德国潜水员产生幻听，总说听到塞壬的歌声，最后自己跳进运河。一名佣兵变得皮肤湿润滑腻，指间长出蹼状物，最后在浅滩上因“干旱”而死。林夕恐惧地意识到，这些异变都与他接触黑珍珠后，内心被放大的逃离欲望有关。
林夕试图将黑珍珠抛入大海，但它总在涨潮时回到他枕边。在绝望和一种对“解脱”的病态渴望下，他尝试用血“滋养”珍珠。当他的血滴在珍珠上时，血液被瞬间吸收，珍珠的磷光变得明亮，低语声变得兴奋。一股关于潮汐规律、航海危险的邪恶知识涌入脑海。他利用这知识，在一次与海关的周旋中，精准预测了巡逻船航线，使团伙成功逃脱。
但代价是，他需要更频繁地献祭血液，后来甚至需要活物的生命。他的皮肤变得苍白湿润，眼神恍惚，动作带着波浪般的韵律。他开始厌恶干燥，喜欢泡在水中。对淡食感到恶心，却渴望生鱼和盐。脑中的低语催促他奉献更“纯净”的祭品——充满生命力的海洋之魂。
一次，队里的海洋学家发现林夕的异常，企图研究黑珍珠。在低语操控下，林夕将学者诱至堤坝，推入涨潮的海水。看着对方在漩涡中挣扎并长出鳃状器官，林夕在战栗中竟感到一种“进化”的扭曲快感。
连续的恐怖事件让团队崩溃。老德克找到了几乎变成水生生物的林夕，看着他湿滑的皮肤和那颗搏动的黑珍珠，绝望地说：“你成了‘水妖’的容器！必须在退潮时分用柴油和旧渔网点燃篝火，将珍珠碾碎焚毁！”
方法是在堤坝上搭建柴堆，将黑珍珠置于铁砧上砸碎，投入火中。德克念诵古老的驱魔经文，林夕必须赤身站在寒风中，忍受干燥和邪灵最后的诱惑。德克警告这是与海洋之恶的战斗。
退潮时分，北风凛冽。经文响起，铁锤砸下！黑珍珠碎裂的瞬间发出贝壳破裂的脆响！每一块碎片都渗出海水，火焰变成幽绿色。林夕感到每个细胞都在脱水，邪灵展示给他永恒深渊的幻象。就在最后一块碎片投入火中时，风暴突然来袭！德克被浪卷走，咒文中断。燃烧的碎片猛地炸开，一股带着盐粒和海腥味的蓝雾直灌林夕口鼻！
林夕被救援队发现，严重脱水。黑珍珠大部分被毁。他辗转回国，经过长期治疗，但留下了可怕的后遗症：他的伤口会渗出咸水，对干燥空气过敏；最可怕的是，他的脉搏会随着潮汐涨落而变化。
他隐居在东海渔村，以修补渔网为生。他以为自己摆脱了诅咒。但每当大潮来临，他修补的渔网总会莫名破损。一天台风夜，他在修补船帆时，暴风雨中传来诡异的歌声。林夕惊恐地发现，自己的声带不受控制地跟着哼唱起来，歌词是一种古老的海上亡语。
船屋的窗户被风吹开，咸湿的海雾涌了进来。在雾气中，他看见无数个模糊的人影站在海浪上，向他招手。林夕低头看向自己的双手，指缝间不知何时长出了透明的蹼状薄膜……