“溯源号” 与光族舰队并肩航行，途中又联合了来自岩晶文明、雾隐文明的共生者。岩晶文明的共生者 “岩峰” 能操控岩石和矿物能量，雾隐文明的共生者 “雾纱” 能在星云中隐形并感知能量流动。至此，启动本源共鸣所需的 “多元共生者团队” 已初步成型。
航行第十五天，舰队抵达了 “枯寂节点”—— 这个节点位于一片没有恒星的黑暗星域，是共生契约中记载的 “最后一个共生观测站” 所在地。但当舰队靠近时，却发现节点的能量缓冲层已经完全崩溃，网络丝线断裂，周围的星域一片死寂，没有任何能量波动。
“节点已经彻底废弃了，无序能量的侵蚀很严重。” 艾拉的深层感知扫过节点，语气带着惋惜，“但我在节点下方的一颗小行星上，感知到了微弱的本源基因能量残留，应该是观测站的遗址。”
王承平带领多元共生者团队，乘坐穿梭舱降落在小行星上。小行星表面布满了陨石坑，一片荒芜，但在一个巨大的陨石坑底部，他们发现了一座半掩埋的金属建筑 —— 正是古老共生观测站的遗址。观测站的顶部已经坍塌，墙壁上布满了战斗的痕迹，暗灰色的无序能量残留如同疤痕般难以抹去。
“这里发生过激烈的战斗，观测站是被强行攻破的。” 岩峰用岩石能量清理掉观测站入口的碎石，露出了内部的景象：观测站的设备全部被摧毁，地面上散落着不同文明的遗骸 —— 有星核文明的晶体骨骼，有硅基文明的水晶残骸，还有碳基文明的骨骼碎片。
艾拉蹲下身，轻轻抚摸着一具星核文明的晶体骨骼，淡绿色的星核能量注入骨骼，一段模糊的记忆影像投射出来：画面里，观测站遭到了大量暗灰色能量生物的袭击，这些生物如同没有实体的影子，能穿透墙壁，侵蚀生物的基因；共生观测队的成员们奋力抵抗，用多元共鸣能量反击，但暗灰色生物的数量太多，观测站最终被攻破，队长在最后时刻启动了 “日志封存程序”。
“日志封存程序应该储存在观测站的核心数据库里。” 克里尔立刻开始寻找数据库的位置。在观测站的最深处，他们发现了一个被能量护盾保护的金属舱，里面正是数据库的核心部件。克里尔用硅基能量破解了护盾，将数据库接入 “溯源号” 的系统。
数据库启动后，一段段文字和影像开始播放 —— 这是古老共生观测队的最后日志，记录了他们最后的日子：
“星元 3729 年，无序之影苏醒，暗灰色的‘影蚀生物’开始攻击宇宙基因网络节点，它们以本源基因能量为食，能侵蚀生物的基因链，让其变成影蚀生物的同类。”
“星元 3730 年，我们在枯寂节点建立最后的防线，试图修复被破坏的节点，但影蚀生物的数量越来越多，我们的能量即将耗尽。”
“星元 3730 年冬，影蚀生物攻破观测站，我们无法抵挡。本源共鸣的启动方法已经记录在‘枢纽核心’，需要核心共生者带领多元共生者团队，在枢纽启动‘本源之火’，才能彻底净化影蚀生物和无序能量。”
“最后，我们将共生契约的副本和影蚀生物的弱点记录下来：影蚀生物害怕‘多元共生能量的纯粹形态’，核心共生者能融合所有文明的共生基因，释放出这种能量。”
日志的最后，是一段队长的影像，他的身体已经开始被影蚀生物侵蚀，却依旧眼神坚定：“希望未来的共生者能看到这份日志，记住我们的使命 —— 宇宙的基因平衡，需要多元共生来守护。无序之影的本质是‘基因自私的极致’，只有团结所有文明，才能战胜它。”
影像结束后，数据库自动弹出一个文件，里面是影蚀生物的详细分析和本源共鸣的启动步骤：启动本源共鸣需要核心共生者在枢纽的 “本源祭坛” 上，融合多元共生者的基因能量，点燃本源之火，火焰会顺着宇宙基因网络的丝线蔓延，净化所有影蚀生物和无序能量。
“原来影蚀生物的弱点是纯粹的多元共生能量。” 王承平恍然大悟，“我们之前的多元共鸣能量还不够纯粹，需要核心共生者和多元共生者团队完全同步，才能释放出能净化影蚀生物的能量。”
光曦点了点头：“我能感受到，你的核心共生基因已经开始觉醒，只要我们这些多元共生者与你完全同步，就能释放出纯粹的多元共生能量。”
修复枯寂节点已经不可能，但团队收集了观测站的遗骸和数据库，准备带回联盟安葬和研究。离开小行星时，王承平回头望了一眼坍塌的观测站，心里充满了敬意：“他们用生命守护了宇宙基因网络，我们不能让他们的牺牲白费。”
舰队继续朝着枢纽前进，多元共生者团队开始在飞船上进行同步训练，王承平作为核心，逐渐融合各文明的共生基因能量。而无序之影的追随者似乎也察觉到了他们的意图，舰队在接下来的航行中，遭遇了更多影蚀生物的袭击，但凭借着纯粹的多元共生能量，他们都成功击退了袭击，越来越接近宇宙基因网络枢纽。