一行人顶着猛烈的暴风雨，历经波折，终于穿透了雨幕，望见了那座笼罩在诡异乌云下的岛屿——新岛。与其说是岛屿，不如说是一座矗立着中世纪风格城堡的人工堡垒。更令人不安的是，那狂暴的风雨仿佛正是以这座城堡为中心，在周围疯狂盘旋。无暇多想，他们踏上了码头。
码头位于岛的下方，光线昏暗，仅凭几盏摇曳的油灯照亮湿滑的石阶，空气中弥漫着阴冷潮湿的气息。一位提着油灯、身着长袍的少女静立等候，她的声音平缓得不带一丝波澜：“欢迎光临。”那双眼睛更是空洞，仿佛没有焦点。
小刚仔细端详着她，忽然开口道：“原来是你啊。”
少女毫无反应：“什么？”
“在港口寻人启事上看到的，”小刚肯定地说，“乔伊小姐。”
小霞也凑近看了看：“听你这么一说，还真有点像啊。”
少女面无表情地否认：“你在说什么？我从出生到现在就一直在这座城堡里工作。来，这边请，其他训练家都已经到达了。”她不再多言，转身引领众人踏上通往城堡深处的楼梯。
与此同时，天空中，一只粉红色、身形娇小如猫的幻之宝可梦——梦幻，正轻盈地飞来。它被岛上旋转的风车吸引，好奇地落在一扇扇叶上，自得其乐地玩耍起来。
城堡大厅内，灯火辉煌，与门外的阴森形成鲜明对比。长袍少女指向不远处：“在那边的，就是已经到达的训练家。”一张长桌旁，仅剩几个空位，只有三位训练家就座。
小智环顾四周，疑惑道：“只有三个人吗？”
小霞也感到奇怪：“刚才的那些人呢？”
少女回过头，语气依旧平淡：“无法穿越暴风雨的训练家，就算邀请他们也没有用。”
水奈敏锐地捕捉到关键：“这场暴风雨就是考验吗？”
少女避而不答，只是重申指令：“请从精灵球中放出宝可梦后入座。你们是被选中的训练家。”话音刚落，他们身后的厚重大门便缓缓关闭，发出沉闷的声响。
门外护栏处，火箭队三人组将一切听在耳中。
小次郎低语：“接下来，如果要潜入这座城堡……”
武藏指着下方一个幽深的洞口：“就只能从‘出口’进去了！”
喵喵顿时吓得结巴：“下下下...下下水道...我又不是老鼠！”
武藏恶狠狠地打断：“别啰嗦了！”小次郎和喵喵只能认命地叹气。
没人注意到，梦幻正悄无声息地飘在他们身后，好奇地打量着。武藏似乎有所察觉，猛地回头，却什么也没发现。
小次郎问：“怎么了，武藏？”
武藏摇摇头：“没事...走吧。”
大厅内，小智等人依言放出宝可梦：迷你龙、宝石海星、六尾、花漾海狮。
一位抚摸着比雕的训练家转过身来：“你们也来了啊。”
小智问：“你是？”
他自信地介绍：“我叫信一，我是飞过来的。对我的比雕而言，一飞就能穿越飓风了。”说完，他对身旁的宝可梦们示意：“各位，打个招呼吧。”飞天螳螂、沙瓦郎、妙蛙花、穿山王、铁甲犀牛纷纷发出充满活力的叫声。
小智赞叹：“很有精神嘛！”
这时，喷泉旁的宝可梦们也发出声响，那里聚集着海刺龙、尼多后、哥达鸭、毒刺水母、暴鲤龙、水伊布。
小智看向那边：“那是..”
一位壮汉接口，声音洪亮：“我叫海斗，这是我的暴鲤龙！我是骑着它越过海洋的！这点程度的风浪，小意思！”
另一位轻抚胖可丁的女生优雅地说：“我叫美月。我的宝可梦，是它们。”她身边跟随着烈焰马、九尾、霸王花、水箭龟、白海狮。
突然，所有灯光熄灭，一道光柱从穹顶垂直降下。长袍少女转向众人，用一种近乎吟诵的语调宣告：“各位，让你们久等了。最强的宝可梦训练家，即将现身。”光柱中，一个身影缓缓飘落。
少女的声音带着崇敬：“没错，这位即是最强的宝可梦训练家，也是最强的宝可梦——超梦大人！”
小智一行人闻言色变，瞬间想起了小茂此前绝望的描述。
海斗猛地站起，满脸不信：“宝可梦是宝可梦训练家？哪有这种事！”
少女的声音骤然变化，一个更低沉、直接在众人脑海中轰鸣的声音响起：“不行吗？我的规则由我自己来决定！”
小霞惊疑：“这个声音..？”
小刚判断：“心灵感应？”
只见超梦缓缓抬手，无形的念力瞬间攫住海斗，将他提至半空。海斗痛苦地挣扎着。超梦随手一挥，将他扔回他的宝可梦旁边。海斗忍痛指挥暴鲤龙攻击，却被超梦轻描淡写的一击瞬间瓦解。
超梦转向长袍少女：“已经没你的事了。”念力控制解除，少女软倒在地，露出了真容——正是失踪的乔伊小姐！
乔伊小姐醒来，茫然四顾：“这里是哪里？我为什么会在这种地方？”
超梦的声音再次响起，毫无情感波动：“为了让你照顾我，把你从宝可梦中心带了出来。有对宝可梦身体状况很熟悉的医生，很方便。你帮我很多忙，虽然你可能什么都不记得了。”
小刚怒不可遏：“你说什么啊！”
超梦的回答带着绝对的力量威压：“拥有我这样的力量，区区人类可以随意操控。”
小霞厉声斥责：“这太过分了！”
而另一边，火箭队从下水道摸上来后，来到一个不知名的房间。里面是许多类似培养皿的东西，里面培养着喷火龙、水箭龟、妙蛙花这样的宝可梦。
武藏感叹着：“好像不是实物的感觉...”就随便找了个地方坐下，没想到正好坐到一个按钮上。
只见这台机器开始断断续续播放影片：「复制宝可梦首先绝对要...这台机器的.....作用...用于取样...」
这时，后面伸出一把机械钩子，抓住喵喵就要往传送带上放去！武藏和小次郎赶忙把喵喵拉回来，但挣扎之下，机器还是拔走了喵喵尾巴上的三根毛。
上方又开始投影，显示了喵喵的三根毛。机器开始道：「这么微量也可以...只要分析出其中宝可梦的成分...就有办法复制出另一只宝可梦...」
只见投影上喵喵的三根毛组合在一起，迅速变成了3d建模版的喵喵。随着机器工作，喵喵的复制版就从一根传送管落入了培养皿中。
机器还在播放道：「怎么样...我们做出来的复制品比想象中的精细吧...」
又播放一张梦幻的石壁图片，道：「这是发现...的传说中...的宝可梦...它的.名字叫...梦幻...我们成功找到梦...幻睫毛的化石，带回后分析它的宝可梦成分。我们利用这台机器创造出了...超梦，创造出世界上最强大的宝可...梦是我...们的梦想...不过超梦个性的暴力...不可控制...已经结束了...研究所...被破坏...剩下的路...只能废弃这里逃生了...」
火箭队三人组目瞪口呆地看着这一切。梦幻也飘在后面，静静地看着。
武藏问小次郎：“研究所是说这个地方吗？”小次郎道：“应该是吧。”
喵喵也说：“是吧。”
小次郎紧接着表示：“不过好像什么也没发生过。”
武藏道：“一定有人重建了！”
小次郎疑惑道：“会是谁呢？”
大厅内，超梦继续它的宣言：“我曾经想和人类一起生活下去，但是我失望了。人类是比宝可梦更低等的生物。如果让人类那样既弱小又过分的生物来支配，这个星球就会完蛋。”
小刚愤怒反驳：“那也是说，要由你这种宝可梦，来支配这个星球吗？”
超梦摇头：“宝可梦也不行。要说为什么，因为这个星球一直被人类所支配着，为人类而活的宝可梦是无法胜任的。”
皮卡丘从小智肩头跳下，对着超梦“皮卡皮卡”地激烈辩解。
超梦解读着它的意思：“你说什么？你并不是只会被人类指使，因为喜欢才和那个训练家在一起？”
皮卡丘用力点头。
超梦却否定道：“你和他在一起，这本身就是错误的！”念力勃发，将皮卡丘猛地向后抛去！小智飞扑接住皮卡丘，随后重重摔在地上。
超梦冷语：“软弱的宝可梦才会依靠人类。”
水奈急忙跑到小智身边：“小智，你没事吧？”
小智点头，怒火在眼中燃烧：“竟然敢对皮卡丘...”
信一站了出来：“不管是什么宝可梦，只要是宝可梦，我一定能制服！去吧，我的铁甲犀牛！”铁甲犀牛悍勇冲锋，却在超梦的念力下被轻易控制、弹飞、倒地不起。
超梦宣告：“没用的。我一诞生，就比这个星球上任何宝可梦都要强。”
小智握紧拳头，斗志不减：“这种事情，不试试怎么知道！”
超梦应战：“要试吗？”
小智斩钉截铁：“求之不得！”
超梦意念一动，培养皿中的复制体御三家——喷火龙、水箭龟、妙蛙花睁开双眼，身上带着奇异的花纹，走向超梦。梦幻也无声地跟随上去。
超梦介绍：“以成为训练家为目标的人，都会有最初的宝可梦——小火龙、杰尼龟、妙蛙种子。这些都是我做出来的，它们进化型的复制品。”
大厅后方的墙壁轰然打开，露出一个宽阔的竞技场。
小刚道：“竞技场！要进行宝可梦对战吗？”
信一上前：“我有妙蛙花！”
美月紧随：“我有水箭龟！”
小智掷出精灵球：“喷火龙，就决定是你了！”
喷火龙出场直接朝超梦喷出炽热的火焰，却被超梦的念力屏障轻易阻挡。
小智汗颜：“喷火龙！这是偷袭啊！”
超梦评价：“真是没教养的喷火龙。”
众人来到竞技场。超梦询问：“第一个对手是谁？”
信一的妙蛙花缓缓走上对战场。
信一道：“刚才是我大意了，这次可不会轻易放过你！”
超梦也派出他的复制妙蛙花对战。
信一指挥：“妙蛙花，使用飞叶快刀！”
超梦指挥他的妙蛙花：“使用藤鞭！”
复制妙蛙花的藤鞭直接打飞了飞叶快刀，然后藤鞭抓住信一的妙蛙花，就把它扔了过去！妙蛙花摔在地上，失去了战斗能力。
美月道：“下一个是我！去吧，水箭龟！”
美月指挥水箭龟率先使用水炮，却被超梦这边的水箭龟一个高速旋转直接挡住，并且撞在身上，打飞出场地，失去战斗能力。
水奈看着小智，提醒道：“小智，小心点！对方的技能威力很强！”
小智对喷火龙说：“喷火龙，我们不是靠力量，而是以速度分胜负！”
两只喷火龙飞在空中缠斗起来。
小霞担忧道：“这哪里能用速度分出胜负来？”
小刚也表示：“对手太快了！”
双方打得你来我回，但最终小智的喷火龙还是被超梦的喷火龙抓住机会，使用一招地球上投给打败了。
超梦道：“速度，力量都不足。”
紧接着，超梦用念力凝聚出三颗黑色精灵球（为了方便我下面直接写超梦球），将三人刚刚战败的宝可梦收入其中。
小霞抗议：“你怎么可以抢走别人的宝可梦！”
超梦纠正：“抢？不对。我是要用你们自豪的宝可梦，来创造出更强的复制品，更适合我的复制品。”更多超梦球浮现。
小智怒吼：“住手！你这样做是违反规则的！”
“不准对我指指点点！”超梦驱动念力将小智狠狠撞向小刚，两人倒地。“我的规则是由我自己制定的！”
超梦球蜂拥而至，捕捉其他宝可梦。小智让大家收回精灵球，但超梦球竟连训练家的精灵球一同吸收！
小刚意识到不妙：“在这里是不行的，我们先出去吧！”
混乱中，唯有皮卡丘未被捕获，遭到超梦球追捕。它慌不择路逃向上层楼梯，小智紧追不舍。皮卡丘力竭坠楼，小智飞身去接，却眼睁睁看着皮卡丘被收入超梦球。小智抓住那个超梦球落入水池，随即滑入输送管道，竟来到了火箭队所在的房间。
武藏小次郎一惊：“小鬼头？！”
小智道：“火箭队？不好意思，今天没空理你们！”说完，他朝着传送带前面，终于抓住了装有皮卡丘的超梦球，但是里面的机械臂也开始和他争夺起来。挣扎之下，有一些机械臂开始坏掉，机器也开始慢慢出现电流。小智拼尽全力挣脱出来，皮卡丘也被放了出来！
这时，培养皿复制的宝可梦也出来了，在场众人都是一惊。那些宝可梦朝着外面走去。
小次郎疑惑道：“那些复制品要去哪里？”
这时候机器突然炸掉，超梦球里面的精灵也全都被放出来了！
武藏道：“哎呀呀，原版的也出来了！”
竞技场内，超梦对着在场的众人道：“人类啊，我还不至于要你们的命，赶快回去吧。”说完，使用念力打开了门。“如果你们能通过那场暴风雨的话。”
这时候超梦后面传来爆炸声！复制品宝可梦走到了超梦的身边。小智从烟雾中缓缓走出来，身后跟着被超梦球收服后又被他解救出来的宝可梦，坚定地道：“不可饶恕！我无法原谅你！”
水奈等人惊喜：“小智！”
超梦质问：“是你放跑的吗？”
小智目光坚定：“我..我的宝可梦，我的好朋友，由我来保护！”他热血上涌，徒手冲向超梦，拳头却被无形的屏障弹开。小智起身，又是一拳打过去！这彻底激怒了超梦，它用念力将小智狠狠砸向上方的岩壁！
千钧一发之际，一个粉色泡泡凭空出现，接住了小智。
超梦惊疑：“那是什么？”
只见梦幻的身影缓缓浮现。接着，泡泡破掉，小智掉在岩石上，摔了一个屁股墩。梦幻捂着嘴，发出轻快的笑声。
超梦朝着梦幻的方向疯狂地攻击，没想到一发不中。梦幻飞到了超梦的面前。
超梦缓缓道：“梦幻...世界上最罕见的宝可梦。我的确是以你为原型创造出来的。不过，强者是我！我才是真正的本尊！”而一旁的众人都有些疑惑。
超梦道：“能活下去的，只有我！”
梦幻朝着天上飞去，超梦紧跟其后。
超梦道：“为何不和我决一胜负？你逃避战斗，是因为害怕我吗？”两人又开始你追我赶。超梦使出一发暗影球，打中了梦幻，但被梦幻直接反弹过来，将超梦打倒。
烟雾散去，超梦缓缓起身道：“看来是个稍微有点棘手的对手。现在就来决定谁才是正牌的！梦幻和我谁比较强？原本的你们和我们比较，谁更强？我们就是为了变得比原来更强而创造出来的！”
梦幻发出叫声，说了些什么。
火箭队刚好从地底下爬出来，武藏疑惑地问喵喵：“它在说什么呢？”‘
喵喵翻译道：“他说‘正牌就是正牌，不使用技能而以身体互相攻击的话，本尊是不会输给复制品的’。”
超梦怒不可遏：“你竟然说‘正牌就是正牌’！”说完朝着梦幻攻击过去，攻击最终落在小智呆的那块岩石上，小智赶忙躲开。
超梦对着下面的复制宝可梦说：“听好了！谁是本尊，不必依靠技能来决定！你们才是强者！去吧！”说完之后，这些复制宝可梦朝着原版宝可梦攻击过去！而原版的宝可梦也朝着复制宝可梦攻击过去！
小智站在高处目睹着这些同族相残的惨状，心如刀绞。
乔伊小姐悲恸：“这场战斗到底有什么意义？正牌的也好，复制的也好，大家现在都活着！”
水奈轻声道：“大家都是生物...”
小刚沉痛地说：“就算是被创造出来的，也是活在这个世界上的生物。”
小霞也无法理解：“正牌的和复制的一样是生物，还要分什么输赢...”
火箭队这边，气氛低沉。
小次郎喃喃道：“既然你诚心诚意地发问了...怎么说呢...”
武藏面露哀伤：“总觉得很可怜，很可悲...”
小次郎道：“自己在欺负自己...”
武藏感同身受：“好像在看着以前的自己，又好像在看着现在的自己...”两人抱在一起：“好讨厌的感觉...”
复制品喵喵走向喵喵，双方起初剑拔弩张，随即同时放下爪子。
喵喵看着自己的爪子：“这一定会很痛吧...”它对复制品说，“宝可梦们都在自相残杀，你这样太狡猾了！”
复制品喵喵叫了两声。
喵喵回应：“什么？你说我比较狡猾？为何不和你战斗？”它看了看自己的利爪，“被我的爪子抓了会很痛，被你的爪子抓了更痛...”两只喵喵索性一起坐下，放弃了争斗。
皮卡丘面对复制体的攻击始终不还手，只是不断劝说。复制皮卡丘的攻击渐渐慢了下来，最终停手，流下了眼泪。
小智爬下岩石，伙伴们扶住他。
他坚定地说：“我一定要阻止他们！”
小刚摇头：“不行的，只要梦幻和超梦不停手，战斗就会继续。”
乔伊小姐望着空中激战的两只宝可梦，悲伤地道出本质：“生物对和自己同样种类的生物，是不会轻易把自己的地盘让给别人的。会一直战斗到把对方赶走为止...这就是生物。”
小刚沉吟：“这就是生物...可超梦是人类创造的..”
水奈道：“但现在已经是生物了...”
小智喃喃自语，明白了关键：“现在都是生物...超梦和梦幻都是，皮卡丘也是，还有那只皮卡丘也是...”
超梦与梦幻再次俯冲而下，战斗的余波震晕了场内早已筋疲力尽的宝可梦。看着遍体鳞伤的宝可梦们，小智做出了决断，他毅然冲向了超梦与梦幻的能量碰撞中心！
水奈失声惊呼：“小智！”
能量散尽，小智倒在地上，身躯逐渐石化。
超梦道：“愚蠢！区区人类，居然想阻止我们的战斗！”
皮卡丘冲到小智身边，用电击尝试唤醒他，却毫无作用。水奈跪坐在旁，摇晃着小智的身体，泪水滑落。皮卡丘的眼泪也滴落在石化的小智身上。这真挚的情感引发了奇迹，所有目睹这一幕的宝可梦，无论是原版还是复制品，乃至火箭队，都流下了眼泪。泪水化作点点充满生命力的光辉，涌向小智。温暖的光芒笼罩了他，石化的身躯逐渐恢复血色与生机。
小智缓缓睁开眼，看着眼前泪眼婆娑的水奈和皮卡丘，轻声呼唤：“水奈...皮卡丘...”
水奈紧紧抱住了他，皮卡丘也跳上来，三个身影相拥在一起。全场所有的宝可梦，都为这生命的奇迹发出了由衷的欢呼！
梦幻与超梦进行着最后的交流。超梦望向小智的方向，说道：“的确...我和你都是存在着的，都是宝可梦...或许这件事情没有人知道最好...全忘记了..或许最好...”它运用强大的念力，带上所有的复制品宝可梦，与梦幻一同升空，向着远方飞去。
小智望着它们远去的身影，问道：“大家...要去哪里呢？”
超梦的心念传递到每个人心中：“我们都诞生了，都活着...我们要活下去...在这个世界的...某个角落...”
紧接着，整个竞技场爆发出强烈的光芒，淹没了所有人的意识。
光芒消退，小智一行人晃了晃有些昏沉的脑袋，发现自己仿佛做了一场大梦。眼前，君莎小姐正在对训练家们宣布：“船只由于暴风雨的关系，所以停止航行，请大家准备避难！”
这时，乔伊小姐走了过来，温柔地说：“请大家不要担心，作为避难场所，宝可梦中心随时开放，有需要的人，请跟我来。”
小刚看着两位女士，习惯性地感叹：“乔伊小姐，君莎小姐，波依嘉小姐...大家今天被雨淋湿，看起来格外漂亮...”
小智则一脸困惑：“但是...为什么我们会在这里呢？而且....”
水奈伸出手指，轻轻按在小智唇上，打断了他的疑问，随即从包里取出了那根闪烁着奇异微光的虹色之羽。
小霞看着他们奇怪的举动，疑惑道：“你们两个干什么啊，这么奇怪？因为在这里所以在啊。”
小智与水奈对视一眼，默契地放弃了深究，小智笑道：“算了！”
众人望向外面，暴风雨已不知在何时停歇。他们跑出宝可梦中心，波依嘉望着恢复平静的海面，难以置信地说：“真是不可思议...不过明天船一定能出航了。”
小智一行人站在码头，眺望着远方的天际。小智仿佛看到了一个粉色的、小猫般的身影一闪而过。
他指着天空：“那里！”
小霞顺着望去，什么也没发现：“是什么？我什么都都没看到。”
小刚也点头附和：“除了云，什么也没有啊。”
小智与身边的水奈再次相视，会心一笑，异口同声地说道：“没事啦！我们走吧！”