工科举的施行，如同在寒川的官僚体系中凿开了一道清泉，使得大批身怀绝技的实干之才得以涌入仕途，为科技兴邦的宏图伟业注入了新鲜血液与专业活力。技术官僚们走上岗位，以其精通业务、务实高效的作风，迅速提升了各技术衙门的运转效能，令王玄策等内政重臣倍感欣慰。然而，就在这行政管理层面因专业化而气象一新之际，一场更深层次的危机，却在寒川科技事业的核心驱动层——基础研究与前沿探索领域，悄然浮现。
这一危机，并非源于资源匮乏或外力压迫，而是来自寒川科技体系内部的“成长的烦恼”。随着蒸汽机、后装枪、磺胺药等重大应用技术的相继突破并进入改进和完善阶段，禽滑略、华棠等顶尖学者和他们的核心团队，日益感到一种“后劲不足”的乏力感。
一日深夜，麒麟工业区的总设计室内依旧灯火通明。禽滑略面对着一张复杂的新型高压锅炉设计图，眉头紧锁。为解决蒸汽机效率低下的顽疾，他试图提升锅炉压力，但现有材料在高压下疲软变形、焊缝开裂的问题屡屡出现。“知其然，不知其所以然啊……”他放下绘图尺，疲惫地揉着眉心，对一旁的助手叹道，“我等可依样画葫芦造出机器，然则钢材为何在高温高压下会变软？何种合金方能抗此疲乏？其间道理，犹如隔纱观物，朦胧不清。若无根本之理支撑，终是撞大运式的试错，事倍功半！”
几乎同时，药石司的秘药工坊内，华棠也对着一组磺胺衍生物的试验记录陷入沉思。某些衍生物杀菌效果更佳，但毒性也陡增；有些则稳定性差，难以保存。她无法从分子结构层面理解这些差异的根源，只能依靠大量的、耗时费力的活体筛选。“犹如盲人摸象，”她对最得意的弟子坦言，“我等虽偶得珍宝（指磺胺），然天地药库浩瀚无涯，若不能洞悉药性相生相克之根本法则，终难再有磺胺般的奇遇。医药之道，需从‘经验积累’迈向‘理论指导’才行。”
类似的困境也出现在其他领域：研制更精密的望远镜透镜，却受限于对光线折射规律的粗浅认知；试图改良火药配比以求更猛烈的爆破力，却无法精确控制燃烧速度与压力释放的关系。寒川的科技之树，在应用技术的枝干上已然枝繁叶茂，但其深入土壤汲取养分的根系——基础科学理论，却显得相对孱弱。这种“重应用、轻基础”的失衡，若不能及时纠正，必将导致寒川的科技创新逐渐陷入瓶颈，失去持续发展的原动力。
这一隐忧，在禽滑略和华棠联名上奏的密折中，被尖锐地提了出来。他们并非请求更多资源去攻关某个具体项目，而是恳切地呼吁：“主公，寒川科技，已至由‘技’入‘道’之关键隘口。亟需设立一专门之所，聚天下英才，抛却急功近利之念，专司探究天地万物之根本原理与法则。此乃百年大计，关乎我寒川能否真正屹立于时代潮头！”
这份奏折，深深触动了林牧之。他回想起格物园中那些探讨杠杆原理的少年，回想起自己对于“科技文明之根”在于理性探索的论断。他意识到，工科举解决了“技术官僚”的问题，但寒川还缺少培育“科学思想家”和进行“原始创新”的摇篮。成立一个超越部门界限、专注于基础研究的最高学术机构，已是势在必行。
经过与王玄策、禽滑略、华棠等人的反复筹划，并力排部分官员“虚无缥缈、不急国用”的质疑，林牧之最终乾坤独断，颁布了《成立寒川科学院诏》。诏书中明确宣告：
“为究天地之奥，穷万物之理，固我寒川科技万世之基，特设立 ‘寒川科学院’ 。此院非为寻常官署，乃聚贤研理之圣地，求真创新之渊薮。其使命在于：系统探究格物致知之学，夯实百工技艺之基，引领未来科技之方向。”
科学院的筹建，本身就是一项充满开创性的工程。
? 选址与定位：院址并未设在喧闹的工业区或威严的皇城，而是选在了相对僻静、环境清幽的“格物园”并进行大规模扩建，毗邻寒川最高学府“格致学院”，意在营造一个远离俗务、静心思考的学术氛围。林牧之亲题匾额“格物明道”，悬挂于主楼。
? 组织架构：打破传统衙门品级森严的旧制，仿效古代书院与理想化的学术团体，设立“院士”制度。首批院士，由林牧之亲自遴选并颁发证书，囊括了禽滑略（机械工程、热力学）、华棠（医药化学、生物学）、以及从各地征召或破格提拔的、在算学、天文、地质、农学等领域有独到见解的杰出学者，如精于历法算学的老学士墨翟、对北境地质矿产有深入研究的勘探师石磐等。院士地位尊崇，享有独立研究权，只需定期向林牧之和内阁提交研究报告，不受行政琐务干扰。
? 研究方向：科学院初期下设“数理格物部”（禽滑略兼领，研究力学、光学、热学、算学）、“医药生化部”（华棠兼领，研究药理、生理、化学）、“博物地矿部”（由墨翟、石磐等负责，研究天文、地理、生物、矿产）。林牧之特别强调，研究不以短期实用为目的，鼓励“为真理而真理”的探索精神。
? 资源保障：林牧之下令，从国库划拨专款作为“研究基金”，并赋予科学院调用工造总局、药石司部分资源进行实验的特权。同时，建立“科学院藏书阁”，广泛搜集天下典籍、图谱、手稿，成为寒川的知识宝库。
科学院的成立，在寒川知识界引起了巨大反响。
成立大典上，林牧之对首批院士和闻讯而来的格致学院师生发表了重要讲话，其思想之深邃，远超一般的政令宣示：
“朕设立此院，非为即刻造出更利之剑、更猛之药。乃为栽下一棵‘思想之树’！”他指着扩建后绿树成荫的科学院园址，“此树之果，或许十年、数十年方得成熟，其形或许非刀非药，或为一条算式，或为一则定理，或为一种未知物质之性……然，朕深信，今日在此播下之理性种子，未来必能长成参天大树，荫庇我寒川万代！”
“自此，寒川之学者，可在此心无旁骛，与古今先贤对话，与天地万物究理！望尔等敢疑古人之所未疑，敢探前人之所未探，敢言他人之不敢言！真理面前，人人平等！”
禽滑略作为首任院长（称“山长”），激动地代表院士宣誓：“臣等必恪守‘格物明道’之训，摒弃浮躁，甘守寂寞，为寒川，为后世，探求宇宙之真理！虽九死其犹未悔！”
此后，科学院内迅速呈现出一种与工坊截然不同的氛围。这里没有机器的轰鸣，只有书页翻动和低声讨论的声音；没有紧迫的生产任务，却有对一道算题、一次实验结果的反复推敲和激烈辩论。禽滑略组织学者们系统整理、验证和改进来自古籍和西方的力学、光学知识；华棠则开始带领团队，尝试用更精细的方法分析药材成分，探究药效机理；墨翟等人则开始绘制更精确的星图，勘探更深处的地层……
寒川科学院的成立，标志着寒川的科技兴邦战略，完成了一次至关重要的质变。它从侧重于技术应用和工程实现的层面，毅然迈入了重视基础科学研究和原始创新能力培育的更高阶段。这不仅是机构的新设，更是发展理念的升华，为寒川科技事业的长期可持续发展，埋下了最宝贵的种子。这棵“思想之树”的根，必将越扎越深，最终使寒川的科技之树，获得永不枯竭的滋养，从而能够真正地参天而立，荫庇万代。