山县有朋退回了城里之后，在人民革命军攻进日军最后据点之前，烧毁军旗、机密文件，砍断自己官印，在自己的指挥所切腹自尽。
一八九五年三月三十日上午，随着人民军消灭残存的日寇，失陷五个多月的大孤山城收复了。至此，日本在辽东半岛东部所有据点均被清除，在野外日军据点的日军残余部队退回朝鲜义州，与人民革命军隔着鸭绿江对峙。
围攻大孤山城一战，人民革命军共击毙日军3329人，日军统帅山县有朋大将自尽，是人民革命军第一个日本大将。因为，日军在最后关头，进行了破坏，此战人民革命军只缴获步枪2171支，子弹发，各类炮弹共3101发，粮食700余吨，草料900多吨，马匹381匹，日本银元、清朝银锭、黄金等各类财物约折合清朝库平银八十万两。
到此，为期不到一个礼拜的围点打援战役结束，日军伤亡两万余人，日军陆军大将山县有朋等诸多日军高级将领自裁，消息传回日本，迅速掩盖了前几天传来日本的日军在山东大胜的消息，日本朝野一片哗然。
一八九五年，三月三十日，日本明治天皇紧急召开了御前会议。日本在国内的重要明治政府要员都参加了这场会议。这场会议开了整整一天，中间除了吃饭时间之外，所有与会者都没有离开会议室。
日本大本营各个官员从内政、外交、军事分析了这场战争走向。从军事上来看，开战以来，虽然到现在日军还占领辽东、山东不少地方，但是自从岳天的横空出世，使得日军在近四个月在各个战役中伤亡已经超过八万多人，这八万人还不包括病死和战死的雇佣民夫。而战前日本有现役部队12.3万人，预备役部队23万，总共也就36万人左右，现在伤亡已经占到近四分之一，从各方情况来看，已经远超清军伤亡，当然其中主要伤亡是来自岳天，他领导的部队就造成日军伤亡近六万人,其中被击毙和俘虏的就有五万多人。所以现在整个战场上日本海军、陆军，加上在国内近卫师团只剩下十万兵力，预备役只剩下十七万左右，关键本土库存的武器不管是步枪还是火炮，都储备不足，甚至陆军弹药供应将面临新的问题。因此日本缺少铜矿，此时日本生产子弹的铜矿都需要进口，所以尽管他们进行了储备，但是未曾想到竟然有如此多的弹药被岳天缴获。
不管是为了继续战争还是促进和谈，日军必然要对预备役再进行征召以及紧急向西方弹药生产进口原料和步枪、火炮，特别是采购人民革命军已经大量使用并效果明显的加特林机枪。因此，这次御前会议，第一项决议便是再征召陆军预备役五万人、组建日本第七师团、第八师团，由于第三师团、第五师团皆全军覆没，所以御前会议决定取消这两个师团的番号；在海军方面，在征召海军预备五千人补充日本海军部队，一系列征召在四月十五号前征召完成，进行一周的集训，于四月二十五号将新征召的海陆军运往中国辽东战场。
此时，西方列强表面上在清日战争中是中立的，但是他们还是希望能够通过日本来敲打清廷，签订新的不平等条约，以便各国通过单方面最惠国待遇，享受新的侵略权益。所以，对于资源贫瘠的日本来说，大量生产原料出口是绕开中立的必要渠道，只要价格给得够高，走私武器到日本也不是不可以的。所以日本御前会议第二项决议便是决定由外相陆奥宗光主持从西方各国特别是英美两国采购武器弹药生产原料以及加特林机枪、步枪、火炮等装备。
日本陆军多次战败，死伤增多，抚恤金赔付的增加，使得日军的军费开支急剧增加。战争初期（1894年8-12月）月均军费达 1200万日元，但是到了1895年1月之后月均军费逐月增加，到3月份已经达到2600万日元，几乎翻了一倍多，开战到现在军费开支已经超过日本战争预算的2.2亿日元。此时日元是指日本银元，一日元相当于0.713两清朝库平银，还是相当值钱的。到目前，日本军费的75% 通过国内渠道筹集，形成 “国债 + 税收 + 银行信贷” 的三维结构，所以总的来说虽然压力很大，但是从整个日本财政来说，依靠发行新债券和加征税收，应该还能支撑半年左右。所以，日本御前会议决定第三项决议，便是再发行 1亿日元战争公债，同时开征 “军事特别税”，对企业利润征收 20% 附加税，对每个公民征收1日元的特别税，此时日本人口约为4100万人，军事特别税可以筹集4500万日元左右。最后，号召全国富商为战争再次募捐，明治天皇亲自捐献了20万日元。一番操作下来，日本应该能再筹措1.5亿日元左右，够再进行四个月左右高强度的战争。若是这四个月战争还不能够结束，此时以此时日本还未崛起的国力来说，1894年日本财政收入不过?9239万日元?（约合4620万美元），相当于 ?5000万两白银，将面临着财政彻底崩溃，未来十年为了清偿战争借款，恐怕无法再进行扩军和投资近代工业了。因此，这项决议是孤注一掷了。
正因为如此，加上担心俄国趁自己国力耗尽之时对自己开战，收割自己在朝鲜的战果，甚至入侵北海道等地，日本御前会议决定最快迫使清政府和谈。所以日本此次御前会议第四项决议，便是由日本外相陆奥宗光主持公关美国驻华公使田贝，让其尽力、尽快促成清日和谈，同时将日本在人民复兴党实控地区拥兵自重的情况转告清廷，挑拨清廷内部关系，迫使清廷内部满清贵族尽快接受和谈。至于结束战争的条件，御前会议提出最佳方案是清廷战争赔款四亿两清朝库平银、割让辽东半岛、台湾岛等，最低方案是清廷战争赔款两亿两清朝库平银，割让辽东半岛、台湾岛，只在战争赔款上做让步。
在日本召开御前会议的时候，清朝政府也召开了朝议。二月二十八日，日军彻底占领威海卫之后，清廷一度陷入极度恐慌之中，但是两天之后，获得岳天部在九连城、大孤山城接连取得大捷，歼灭日军两万余人，收复两城，日本陆军第一集团军全军覆没，迫使包括日军第一集团军司令山县有朋等日军高级将领自杀，若是岳天部能率部进攻盖平、营口日军，收复两地，那么日寇对京畿的威胁就大为减弱。