辽东战线趋于稳定后，朱由检审时度势，开始着手对这片正处于复苏中的土地进行关键的人事布局，意图将军事上的胜利转化为稳固的行政统治。
他首先下达了两项重要任命：
擢升原镇江知府阎应元为辽东知府；
调任以清廉刚直着称的原太原知府杨廷麟为辽南知府。
这两项任命本身便极具象征意义。
尽管辽东大部分疆土，包括其传统的政治中心沈阳（盛京）仍在满清控制之下，但朱由检对此毫不在意。他以一种近乎于“凭空画图”的魄力，直接打破常规，将辽东知府的治所定于前线要塞大凌河城，而将新设的辽南知府治所设于沿海枢纽营口城。
在敌境前沿设立府衙，是一种强有力的政治姿态，明确宣告大明从未放弃对辽东的主权，且必将恢复全境。
将行政中心置于军事要塞之内，意味着未来的辽东收复工作，将是军事开拓与民政管理同步进行，旨在将每一个收复的据点，都迅速转化为能够自我维系、提供赋税兵源的坚实基地。
选择阎应元这等善于守城、意志坚定的干吏，正是希望他能在大凌河这座最前沿的堡垒中，建立起一套能在战时有效运转的行政体系；而杨廷麟则需在营口这片新开拓的土地上，妥善安置流民，恢复生产，为前线提供稳固的后方。
为确保军政大权的统一与前线策略的连贯，朱由检再次加封袁崇焕“都督检事”衔。这道任命清晰地表明，尽管设立了民政官员，但袁崇焕依然是辽东地区集军事、政治最高权力于一身的负责人，阎应元与杨廷麟均在其实质领导之下，协同作战，共图恢复。
崇祯十七年。十月，
辽东督师、加授都督检事的袁崇焕端坐主位，新任辽东知府阎应元与辽南知府杨廷麟分坐两侧。这是朱由检钦点的辽东军政核心的首次会面。
袁崇焕首先开口，语气沉稳而有力，他指向身后悬挂的巨幅辽东舆图：“阎太守，杨太守，陛下将二位比作萧何、李冰，派至这烽火前沿，其意深远，非止于守成，更在于开拓。
如今虏酋新丧，建奴内斗正酣，此乃天赐于我大明之良机。然战机稍纵即逝，需以雷霆之势巩固根本，方可图谋长远。”
他的目光首先看向阎应元，这位以江阴血战名震天下的守城英雄：“阎太守，你这辽东知府，治所便在这大凌河城。此地乃我军锋镝所向之前哨，亦是吸纳辽民之门户。
你首要之务，并非寻常钱谷刑名，而是要将城外数万流民，以保甲连坐之法，迅速编户齐民，甄别安顿。
丁壮充入军屯，老弱妇孺亦需组织起来，从事纺绩、畜牧等业。我要此城不仅为军事堡垒，更要成一方乐土，使来归者有所依，令观望者生向往。你可能做到？”
阎应元面容坚毅，毫无畏难之色，拱手沉声道：“督师放心。今有督师雄兵为恃，更无后顾之忧。编户、屯田、安民之事，下官必亲力亲为，于此地立下规矩。定教这大凌河城，成为插在建奴心腹之地的一根拔不掉的硬刺！”
袁崇焕点头，眼中闪过一丝赞赏，随即看向杨廷麟：“杨太守，你那辽南知府，担子同样不轻。营口、耀州、盖州新复之地，百废待兴，且直面海上威胁。陛下与你‘辽南’之名，意在让你经营好这片沿海基业。你的职责，在于‘通’与‘生’二字。”
他详细解释道：“通，即畅通海路。需与登莱、天津乃至江南粮商、船队建立联系，利用海运之便，源源不断输入我急需之耕牛、种子、工匠，同时将辽东特产输出，以战养战。”
“生，即恢复生产。辽南土地肥沃，当大力推行军屯、民屯。工部送来的黑麦种，要优先在辽南试种推广。你还要设法吸引更多辽民前来垦殖，陛下已许我开矿、煮盐之权，此等利源，皆需你逐步厘清、开发，以为长久之计。”
杨廷麟素有干才，闻言心中已有方略，肃然应命：“下官明白。营口码头，便是辽南命脉所在。下官将即刻着手厘定税则，招徕商贾，组织屯垦。必使辽南之地，成为督师稳固之后方与粮饷之仓廪，绝不负陛下与督师重托！”
袁崇焕见二人皆信心十足，面露欣慰之色。“好！自此，辽东军事攻守，由本督一力承担；境内安民屯垦、招徕流亡、恢复生产，则仰仗二位太守！我等当同心戮力，不负圣恩。望数年之后，这舆图之上，我大明之府县治所，能自大凌河、营口，一步步向北推进，直至光复辽沈，犁庭扫穴！”
辽南，
这片刚刚从烽火中复苏的土地，在南京的庙堂衮衮诸公眼中，或许只是舆图上的一个战略节点；但在精于算计的商贾眼中，尤其是在那位深谙“搞钱”之道的皇帝朱由检心里，它却是一个不折不扣、流淌着奶与蜜的“宝贝”。
无他，这里的物产太过诱人。
那御寒极品、专供权贵的紫貂皮、狐皮；那滋补圣品鹿茸、虎鞭、熊胆；更有那生长于林海雪原之间，价比黄金的辽东野山参，以及盛开于苦寒之巅、被视为起死回生神物的雪莲……每一样运至江南、京师，乃至更遥远的南洋，都是足以让巨贾倾家荡产争抢的硬通货，是真正一本万利的买卖。
过去，这些珍宝需假手晋商、辗转蒙古，冒着被层层盘剥乃至人货两空的风险，才能零星流入关内。如今，局面彻底改变！
仗着大明水师战舰在渤海湾往来巡航，牢牢掌控着制海权，一条安全、便捷的“海上淘金路”被迅速打通。
东南沿海那些嗅觉敏锐的海商，如闻到血腥味的鲨鱼，庞大的船队满载着丝绸、瓷器、茶叶、铁器，齐刷刷地扬帆北上，汇聚于已成为大明辽南行政与贸易中心的——营口。
昔日以军事要塞闻名的营口，几乎在一夜之间，变成了喧闹无比、充满机遇的黄金口岸。
一幅波澜壮阔的、由官方主导与资本驱动的 “大明版闯关东” 历史画卷，就此在辽南沿海正式展开。尽管广袤的关东大地，其腹地与北方仍牢牢控制在满清手中，但这丝毫阻挡不了人们追逐财富的脚步。
在商人眼中，风险与机遇从来并存。
如今，有大明水师巡弋海道，有营口坚城作为依托，有袁督师雄兵虎视在侧，这条北上之路的安全性已远超以往。“赚钱嘛，不寒碜。”—— 这句最朴素的生存哲学，驱动着形形色色的人群，如同追寻水草的羊群，浩浩荡荡地涌向这片充满危险与机遇的土地。
崇祯十七年十一月，南京。
在经历了近五年的“南洋风暴”般的坐镇与经营后，崇祯皇帝朱由检终于起意，准备摆驾北返北京。
这五年，对于习惯了承平岁月、诗酒风流的江南士绅而言，堪称一场漫长而深刻的“洗礼”。皇帝的锐意改革、对工商的扶持与对旧有利益格局的冲击，在他们眼中，无异于一场持续的“霍霍”。如今，听闻这位极能“折腾”的皇帝终于要起驾回銮，无数人在私下里弹冠相庆，长长舒了一口气，仿佛送走了一尊带来无数麻烦的“瘟神”。
然而，他们显然低估了朱由检的“套路”。
就在北返仪仗准备就绪，众人以为尘埃落定之际，一道突如其来的诏书，如同晴天霹雳，震得整个江南官场目瞪口呆——
皇帝陛下，竟册立皇太子朱慈烺为监国，全权留守南京，总理南直隶及南方诸省军政要务！
“没想到吧？”——这几乎是所有得知消息的江南士绅脑海中瞬间闪过的念头。喜悦的笑容僵在脸上，转而化为无尽的错愕与深深的忧虑。刚送走了手段老辣的父亲，却留下了一个正值年轻、或许更想有所作为的儿子！这“瘟神”不是走了，而是换了个更年轻的，要常驻于此！
朱由检这一手，绝非临时起意，而是经过深思熟虑的布局：
他用五年时间，以南京为中心，推行了新政，建立了新的利益集团，也压制了旧的势力。
太子留守，意味着这套新的运行机制不会被废弛，皇帝的意志将通过太子得以延续，确保南方这个巨大的财赋和人力的基地，能够持续为北方的战事和改革输血。
将太子放在南京这个经济文化中心、利益交织的复杂之地“监国”，是最好不过的历练。在此处理政务，平衡各方势力，应对可能的挑战，远比在深宫之中学习经史更能培养一位合格的继承人。
太子在南京，本身就是皇帝必将回来的最强信号。这能有效震慑那些以为皇帝北返后便可故态复萌、阳奉阴违的旧势力，让他们不敢轻举妄动。