万历三十九年的朝堂，尚未从去年科考带来的微妙变化中喘息，便迎来了更为猛烈的政治风暴——辛亥京察。这场由吏部尚书孙丕扬主持、旨在考核京官、决定升黜的常规行政程序，在明末党争的发酵下，彻底演变为一场你死我活的政治清洗。
孙丕扬素以“严明”着称，其背后亦有东林势力的推动与影响。在京察大计中，大量被标记为齐党、楚党、浙党以及与东林党不睦的官员遭到贬谪、罢黜，其中不乏一些具备实务能力但派系色彩鲜明的官员。朝野为之震动，被处分者及其支持者怨声载道。尽管朝廷明令禁止被察官员上疏自辩，但一种新的斗争方式出现了——编书申辩。反对者们迅速编刻了《万历辛亥京察记事始末》等书籍，详细记录京察过程，指斥孙丕扬及东林党“挟私报复”、“考察不公”，将这些书籍在官员和士绅间私下流传，舆论哗然。
这场京察极大地激化了东林党与其他政治派系的矛盾，使得朝堂之上的合作氛围荡然无存，任何政策的推行都难免被打上党争的烙印。沈惊鸿和他所代表的“技术务实派”虽未直接卷入这场政治漩涡的中心，但也深切感受到了其带来的寒意。一些原本在军工、财政等领域与他有合作、但属于被清洗派系的官员去职，导致项目推进阻力增大，协调沟通变得异常困难。沈惊鸿不得不更加小心谨慎，将精力集中于技术本身，避免在公开场合对京察发表任何看法，以免引火烧身。
几乎与京察同时，另一场政治风波——李三才入阁争议也达到了高潮。凤阳巡抚李三才因其反对矿税的强硬立场和卓着的政声，被东林党人力推入阁。然而，他的刚直也树敌众多，御史徐兆魁等人弹劾他“阴持计典”、“结党营私”，引发朝堂激烈争论。尽管东林领袖顾宪成等人极力为其辩护，但最终李三才还是在巨大的舆论压力下自请去职。此事再次暴露了万历皇帝怠政下，中枢权力的真空与失控，以及党争对人才擢用的致命影响。
北疆新策与建州困局
在纷乱的朝局之外，北疆的形势却因沈惊鸿带来的改变而呈现出不同的面貌。蓟辽总督王象乾，在获得了更多由“精密制造局”生产的新式火器和得到了初步职业化训练的部分边军后，底气大增，逐渐改变了以往过于依赖“抚赏”来羁縻蒙古各部的策略。他采取更为积极的防御姿态，加强哨探，精研战法，并利用火器射程优势，对敢于犯边的部落进行更具威慑力的打击。同时，他也并未完全放弃“抚”的手段，但将赏赐与各部表现严格挂钩，恩威并施，使得边境局势反而比以往更加稳定。
而曾经在辽东掀起巨浪的建州女真，在努尔哈赤死后，内部权力争夺加剧，加之失去了早期掠夺明朝边境以壮大自身的机遇，以及面对明军逐渐更新的装备和战法，其发展势头受到了严重遏制，陷入了相对衰弱和分裂的时期。虽然仍是潜在的威胁，但短期内已无力发动大规模攻势。这为沈惊鸿推行内部改革，争取了宝贵的时间。
天灾频仍与格物济世
然而，帝国的根基却在接连不断的天灾中继续动摇。八月，河南大水之后，又遭蝗灾，飞蝗蔽野，禾稼尽毁，灾民流离失所。九月，山西平遥一带发生六级地震，屋舍倾颓，伤亡惨重。
消息传至京师，户部束手，朝堂之上依旧充斥着党争的喧嚣，对于具体救灾事宜却争论不休，效率低下。沈惊鸿再也无法坐视，他联合徐光启，避开党争锋芒，直接向太子朱常洛上《赈灾弭祸急务疏》，提出一系列基于“格物”理念和实证经验的救灾方案：
1. 应对蝗灾： 一方面，建议地方政府组织民众，利用夜间火光诱捕、开挖深沟掩埋等土法扑杀；另一方面，他根据对生态的粗浅理解，建议在蝗虫滋生的滩涂区域尝试组织放养鸭群（生物防治雏形），并焚烧虫卵密集地区的植被。
2. 地震救灾与重建： 强调迅速搭建简易窝棚（参考后世抗震棚结构）安置灾民，防止次生灾害；建议利用水泥（他已在小规模试验烧制）和本地材料，快速修复关键道路和水井；提出在重建房屋时，考虑加入简易的木质框架结构以增强抗震性，并绘制了示意图。
3. 灾后防疫与民生： 再次强调其与苏卿卿、吴有性总结的隔离、消毒、饮水清洁等防疫措施，防止大疫发生。同时，强力推行“以工代赈”，利用灾民疏浚河道、修复驿道、参与重建，发放粮食或工钱，既恢复生产，又稳定秩序。
这些方案具体、可行，且部分思路新颖。朱常洛在权衡后，力排众议，下令河南、山西两地官府“酌情采行”。尽管在推行中依旧遇到各种阻碍，但凡是能有效落实的地区，灾情确实得到了更好的控制，民众怨气得以稍缓。沈惊鸿的名字，在底层百姓和务实官员中，逐渐与“能办事”、“真救人”联系在一起。
澳门风云与强硬立场
南方亦不平静。葡萄牙驻澳门当局，以抵达的护航舰队为“王家兵船”为由，拒绝像以往一样向明朝缴纳船税。消息传到京城，主管市舶司的官员不敢擅专，上报廷议。
多数官员主张怀柔，认为澳门葡人历年“恭顺”，为免边衅，可稍作让步。沈惊鸿得知后，却在私下向太子和兵部官员陈述利害时，态度异常强硬：“此风断不可长！澳门乃天朝土地，泊船纳税，天经地义。若以其船坚炮利便可免税，则国威何在？日后红毛（指荷兰人）等其他西夷纷起效仿，海疆何以宁靖？当明确告知葡人，速按旧例缴税，并补偿滞纳之款。让他们想想，那西班牙总督如今还在天牢之中，等待赎金！”
他的强硬立场，得到了部分担忧海防的将领和希望树立朝廷权威的官员支持。最终，朝廷向澳门葡萄牙当局发出了措辞严厉的敕谕，并调动广东水师在澳门附近海域巡弋示警。在明朝罕见的强硬态度和军事威慑下，葡萄牙人权衡利弊，最终选择了妥协，如数缴纳了税款。此事虽小，却标志着明朝在沈惊鸿等少数人的影响下，开始尝试改变以往在涉外事务上过于被动的姿态。
丁未科的新血与隐忧
这一切纷扰，万历三十九年的丁未科会试也录取了一批新科进士，其中便包括了历史上后来权倾一时的周延儒、温体仁等人。这些新晋官员，面对的是京察后更加对立、僵化的朝堂格局。他们或选择依附一方，或试图独善其身，其未来的走向，为已然复杂的政局增添了新的变数。
沈惊鸿冷眼旁观着这一切。他深知，技术的进步可以强兵，医学的革新可以活人，但若无法扭转这日益腐朽的政治生态，所有的努力最终都可能付诸东流。京察风暴、天灾人祸、涉外争端……这一切都如同巨大的绞索，紧紧缠绕着这个古老的帝国。而他，必须在这令人窒息的困局中，继续寻找那一线生机，为他深爱的妻子，也为这个文明可能拥有的、不同的未来。