黑色神殿的石台旁，始祖意识投影悬浮在虚空中，暗黑色的能量如潮水般向四周扩散，陈玄手中的光剑凝聚着平衡基石与七大核心的融合能量，金黑光芒在黑暗的神殿中显得格外耀眼。他能清晰感受到，投影的能量中蕴含着不甘与疯狂，显然始祖知道能量晶一旦被摧毁，自己的意识载体将不复存在，却仍在做最后的挣扎。“陈玄，你以为摧毁能量晶就能赢吗？我的意识早已留下备份，只要备份抵达黑暗深渊，用不了多久，我就能借助深渊的黑暗能量，重新凝聚实体，到那时，跨宇宙将再无你的容身之地！” 投影的声音带着狂妄，暗黑色的能量突然凝聚成一道巨大的能量爪，向陈玄袭来。
“平衡能量?双生护盾！” 陈玄挥手构建一道金黑屏障，挡住能量爪的攻击，屏障表面泛起剧烈涟漪，却始终没有破碎。“苏璃、暗影使者、时空守护者，你们牵制意识投影，为我创造摧毁能量晶的机会！能量晶周围的三道能量环是防御核心，只要破坏能量环，就能直接攻击能量晶！” 陈玄大喊，纵身向能量晶冲去，光剑的金黑能量刃直指第一道能量环。
苏璃立刻释放生命能量，淡绿色的能量缠绕住投影的四肢，限制他的行动；暗影使者则用双生能量刃，不断攻击投影的能量核心，分散他的注意力；时空守护者释放时空滞缓场，让投影的动作变得迟缓。陈玄趁机来到能量晶旁，光剑劈向第一道能量环 —— 金黑能量刃与黑色能量环剧烈碰撞，能量环出现一道裂痕，暗黑色的能量开始泄漏。
“不！你不能破坏能量环！” 投影疯狂地挣脱苏璃的束缚，释放一道黑色能量波，向陈玄袭来。“时空能量?冻结！” 时空守护者立刻将时空滞缓场升级为冻结场，投影的动作瞬间停滞，能量波也被冻结在半空。“就是现在！” 陈玄加大能量输出，光剑再次劈向能量环 ——“咔嚓” 一声，第一道能量环彻底破碎，能量晶的防御削弱 30%。
暗影使者与苏璃趁机发起攻击，双生能量刃与生命能量同时击中投影的核心，投影的能量波动明显减弱，身体也变得透明。陈玄则继续向第二道能量环发起攻击，金黑能量刃再次劈下，第二道能量环也随之破碎，能量晶的防御只剩下最后一道能量环。
“我不会让你得逞的！黑暗本源?终极攻击！” 投影强行突破时空冻结，释放出所有剩余的能量，一道巨大的黑色能量柱向陈玄袭来。陈玄没有躲避，反而将平衡基石的能量全部注入光剑，金黑能量刃与黑色能量柱剧烈碰撞 —— 两股能量相互排斥，形成一道巨大的能量冲击波，将整个神殿震得剧烈摇晃，墙壁上的符文全部破碎，化为黑色能量消散。
在冲击波的掩护下，陈玄纵身跃起，光剑劈向最后一道能量环 —— 能量环瞬间破碎，能量晶失去所有防御，暴露在陈玄面前。“平衡本源?七核净化斩！” 陈玄将七大核心的融合能量全部注入光剑，金黑能量刃如耀眼的太阳般，劈向始祖能量晶 ——“轰” 的一声巨响，能量晶在能量刃中剧烈震颤，暗黑色的能量快速被净化，最终化为无害的宇宙能量，彻底消散。
当能量晶完全消散时，始祖意识投影发出一声不甘的嘶吼，身体也随之透明，最终彻底消失。“成功了！始祖能量晶已被摧毁！” 苏璃的声音带着兴奋，神殿内的众人都松了一口气，可陈玄的眉头却始终紧锁 —— 他能感受到，在能量晶消散的最后一刻，一道微弱的黑色意识能量顺着之前发现的能量线，向黑暗深渊的方向快速转移，显然始祖的意识备份已成功逃脱。
“探测仪检测到，一道与始祖能量晶相同的意识能量信号，正以超常规速度向黑暗深渊转移！信号强度虽弱，却异常稳定，显然是始祖的意识备份！” 少年的声音带着紧绷，屏幕上的信号轨迹显示，备份已进入黑暗深渊的外围区域，即将消失在探测范围之外。
“意识备份没有被彻底清除！” 陈玄的心中涌起一阵焦虑，“黑暗深渊是我们从未探索过的区域，那里的黑暗能量浓度远超黑暗星云，若始祖的意识备份在那里成功凝聚实体，实力会比之前更强大，跨宇宙将面临更大的威胁！”
众人快速离开黑色神殿，返回 “黑暗探查号”，战舰立刻向黑暗深渊的方向疾驰而去，试图追上意识备份。可当战舰抵达黑暗深渊外围时，意识备份的信号已彻底消失，探测仪只能检测到深渊内部传来的强烈黑暗能量波动，以及一股与远古封印相似的能量气息。“意识备份已进入深渊深处，超出我们的探测范围！深渊内部的黑暗能量会干扰探测仪的信号，无法继续追踪！” 少年的声音带着无奈，屏幕上的深渊模型被暗黑色的能量覆盖，无法看到内部的具体情况。
陈玄凝视着黑暗深渊，心中清楚，现在不是贸然进入深渊的时候 —— 深渊的环境未知，黑暗能量浓度过高，战舰的防御护罩无法长时间抵御；且团队经过连续战斗，能量消耗较大，需要返回枢纽补充能量，制定详细的探索计划后，才能再次前往深渊。“返回跨宇宙能量枢纽！” 陈玄做出决断，“我们需要收集黑暗深渊的相关情报，研究深渊的能量特性与地形，同时补充能量与物资，为后续的深渊探索做好准备；另外，通知七大文明，加强跨宇宙的防御，防止始祖的意识备份在凝聚实体前，通过其他方式干扰跨宇宙的能量平衡。”
三天后，“黑暗探查号” 抵达跨宇宙能量枢纽，陈玄立刻组织团队，开始收集黑暗深渊的情报。苏璃通过银镯查阅远古文献，发现文献中对黑暗深渊的记载极少，只提到深渊是 “远古黑暗势力的发源地”，内部存在 “远古黑暗封印”，封印着比始祖更强大的黑暗能量；机械向导则通过跨宇宙星图，结合深渊的能量波动，绘制出深渊的大致地形 —— 深渊呈漏斗状，分为外围、中层、核心三层，每层的黑暗能量浓度都比上一层高 50%，核心区域正是远古黑暗封印的所在地，也是始祖意识备份最可能前往的地方。
“银镯发现，远古黑暗封印的能量与七大核心的能量存在‘未知关联’！” 苏璃的声音带着震惊，银镯悬浮在文献旁，淡蓝色光芒标注出封印的能量纹路，“纹路中包含七大核心的能量符号，显然封印的构建与七大核心有关，甚至可能需要借助七大核心的能量才能加固或解除！”
陈玄心中一凛，若封印与七大核心有关，那么始祖的意识备份前往深渊核心，很可能是为了借助核心的能量，解除远古黑暗封印，释放更强大的黑暗势力，到那时，跨宇宙将面临灭顶之灾。“探测仪检测到，黑暗深渊的远古黑暗封印已出现‘能量松动’！封印的能量强度比远古时期下降 30%，若不尽快加固，不出一个月，封印会彻底破碎，内部的黑暗能量会扩散至整个跨宇宙！” 少年的声音传来，屏幕上的封印模型显示，封印表面出现了细微的裂痕，黑暗能量正从裂痕中缓慢泄漏。
“加固封印需要什么条件？” 陈玄问道，心中清楚，加固封印已成为比追踪意识备份更紧急的任务。苏璃的银镯快速解析文献：“文献记载，加固远古黑暗封印需要‘跨宇宙本源之力’！这种力量是跨宇宙诞生时产生的最纯净能量，藏在‘本源核心区’—— 那里是跨宇宙的能量源头，环境极其危险，充满了能量风暴与空间裂缝，普通战舰无法进入，需要对战舰进行特殊的‘本源能量改造’，才能抵御环境的威胁。”
陈玄凝视着屏幕上的本源核心区坐标，心中清楚，前往本源核心区获取跨宇宙本源之力，将是团队接下来的核心任务。“立刻启动战舰的本源能量改造计划！机械向导，负责改造战舰的防御护罩与推进器，确保能抵御本源核心区的能量风暴；苏璃，继续研究远古文献，寻找获取本源之力的方法与注意事项；暗影使者与时空守护者，负责收集本源核心区的地形与能量风暴的相关情报；我会与七大文明的首领商议，调配改造所需的稀有材料，确保改造工作能尽快完成！”
指令下达后，团队立刻投入战舰改造的准备工作。机械向导带领机械兵，开始拆卸战舰的旧防御护罩，安装新的 “本源能量防护模块”；苏璃则继续查阅文献，试图找到更详细的本源之力获取方法；陈玄则前往跨宇宙能量枢纽的主控室，与七大文明的首领商议材料调配事宜。
在黑暗深渊的核心区域，始祖的意识备份正悬浮在远古黑暗封印旁，暗黑色的意识能量缓慢融入封印的裂痕中，试图加速封印破碎：“陈玄，就算你能获取跨宇宙本源之力，也无法阻止封印破碎！深渊中的黑暗势力一旦被释放，跨宇宙终将属于黑暗！” 封印的裂痕在意识能量的注入下，逐渐扩大，黑暗能量的泄漏速度也随之加快。