随着地下祭坛的毁灭性爆炸和能量反噬，玄阴门总部遗迹的抵抗力量彻底土崩瓦解。负隅顽抗的邪修要么被崩塌的建筑掩埋，要么在龙魂局战士的猛烈进攻下被击毙或俘虏，更多的则是如同无头苍蝇般四散逃窜，试图逃离这片正在崩溃的死亡之地。
龙魂局的主力部队迅速控制了局面，战斗从激烈的攻防战转变为彻底的清剿和搜救。
为了找到生死不明的陈霄和南宫燕。一支由青囊亲自带领的精锐医疗和救援小队，冒着不断塌方的危险，沿着陈霄他们最后消失的往生井方向进行搜索。当救援队找到通往地底的螺旋石阶入口时，那里已经被塌落的巨石堵住大半。队员们动用小型工程设备和爆破手段，小心翼翼地清理通道。经过半个多小时的紧张作业，终于打通了通道。
在弥漫的烟尘中，他们发现了相互扶持、艰难向上跋涉的南宫燕和昏迷的陈霄。南宫燕脸色苍白，衣衫褴褛，多处受伤，但眼神依旧坚定，她用自己的身体尽可能护住了陈霄。陈霄则处于深度昏迷状态，气息微弱，显然是因为透支过度和受到能量冲击。
“找到他们了！快！医疗队！”青囊立刻冲上前，仔细检查两人的伤势，尤其是陈霄的情况。“陈顾问神魂和身体透支严重，需要立刻进行深度治疗！南宫姑娘也受了内伤和外伤！”
队员们迅速将两人抬上担架，通过临时建立的索道系统，以最快速度送往地面，然后由直升机直接转运回后方基地的最高级别医疗中心。
与此同时，大规模的清剿行动全面展开。山猫、铁盾等突击队长带领战士们，以小队为单位，逐寸清理废墟，搜捕藏匿的玄阴门残党。
反抗者格杀勿论，投降者则被戴上特制的禁灵手铐，集中关押。战斗基本结束，但零星的枪声和爆炸声仍不时响起，那是负隅顽抗的死硬分子在做最后的挣扎。
在清理过程中，战士们发现了一些令人触目惊心的景象：隐藏在建筑下方的囚牢、血池、以及各种惨无人道的实验场所，里面发现了不少遇害者的遗骸和一些奄奄一息的被囚人员。这些发现，更加印证了玄阴门的邪恶与残忍。
医疗队和后勤部队迅速跟进，救治伤员，收殓遗体，处理危险物品。
清剿中最大的收获，是找到了三名重伤濒死的玄阴门长老——鬼骨、血煞和阴符。他们被从废墟中挖出来时，已经只剩下半条命，但终究是活了下来。这三名长老是玄阴门的核心高层，掌握着大量机密，是极其重要的俘虏，被立刻进行紧急救治并严加看管起来。
此外，还抓获了十几名中层头目和一批低阶门徒。通过对他们的初步审讯，可以拼凑出玄阴门更多的组织结构和活动细节。
经过一天一夜不眠不休的奋战，龙魂局基本完成了对玄阴门总部的全面控制和清理。硝烟渐渐散去，废墟之上，龙魂局的旗帜被高高竖起，标志着这场持续数月、付出巨大牺牲的正邪之战，终于取得了决定性的胜利。
然而，胜利的喜悦中夹杂着沉重。牺牲战友的遗体需要护送回国，伤员需要长期治疗，而更重要的是，从这片罪恶之地挖掘出的秘密，才刚刚开始浮现。