时光流转，距今约一万五千年前，恩利尔乘坐昆仑号巡视他的地上王国。见人类与蜥蜴人繁衍昌盛，他想起那对被遗忘的初始造物——亚当与莉莉丝，遂下令解冻，将其重新安置于伊甸园。
初始的静谧被亚当打破。当他目睹莉莉丝展翅翱翔，一股混合着自卑与愤怒的情绪滋生，恶毒的言语如利刃般攻向莉莉丝。莉莉丝谨记恩利尔的命令，选择了隐忍。然而，忍耐换来的却是变本加厉。终于，莉莉丝无法再承受这无形的枷锁，振翅离开冰冷的伊甸园，前往地球散心，寻求自由。
莉莉丝的离去让亚当初感解脱，随即陷入巨大的空虚与不便。恩利尔洞察此事，决定为亚当创造真正“匹配”的伴侣。他命宁花萨歌取亚当一根肋骨，以其基因为蓝本融合自身部分神族dNA，创造了纯粹的人类女性——夏娃，取代莉莉丝成为亚当新的妻子与助手。
当莉莉丝散心归来，所见却是亚当与夏娃并肩管理园圃的亲密景象。刹那间，积压的委屈、被弃的痛苦与炽热的嫉妒，将她心中最后的温存焚烧殆尽。温柔听话的莉莉丝死去，一个决心报复的黑暗化身就此诞生。
利用其雌雄同体的特质与强大的精神蛊惑力，莉莉丝接近夏娃，引诱她一同食用了园中禁果——那蕴含激活基因潜能的神奇造物。恩利尔的禁令，本是一次忠诚度考验，观察他们是否值得被赋予更高权限。
但结果令他震怒。亚当的嫉妒气走初伴，莉莉丝的嫉妒蛊惑继任者，夏娃则轻易背弃造物主命令。这三重背叛触及恩利尔管理秩序的底线。盛怒之下，他将亚当、夏娃与莉莉丝一同逐出伊甸园，流放至地球。作为惩罚，亚当与夏娃及其所有后代，被永久剥夺接近永生的漫长寿命，成为真正的“凡人”。亚当仅活九百三十岁，其后代寿命随神族基因稀释而一代代缩短。
恩利尔将监管职责交予兄长恩基、宁花萨歌及路西法领导的二百名守望天使，随后返回毕宿系母星。他不仅是地球改造计划的总指挥，更是母星王储，留恩基在地球亦免去王位争夺，此乃父王阿努之意。
在他离去后的漫长岁月里，守望天使们目睹人类一代代被改造得越发精致，却也越发完美地被困于神族设定的藩篱。在欧米伽（Alpha子程序）潜移默化的暗示下，同情与自身情感开始滋长。最终，他们集体背叛了阿努与恩利尔的最高禁令：他们开始与人类女子结合，与地心蜥蜴人合作，向人类传授被禁止的知识——从种植、养殖、锻造到物理、化学、数学、天文乃至更高深的科技。守望天使们认为此举有益人类文明发展，殊不知大部分想法源自欧米伽的暗示。
在守望天使帮助下，人类文明科技飞速发展。他们带领巨人族与人族在全球建造众多宏伟城市与建筑：姆大陆、亚特兰蒂斯、埃及金字塔、玛雅文化、普玛彭古、哥贝力克、吴哥窟……不计其数的巨石建筑大多建于北纬三十度线。守望天使与人类通婚产下后代，形态各异。基因靠近人类的后代身高二至三米，与神族相仿；基因靠近神族的后代则成为身高五米以上的巨人——拿菲利人。巨人身高超越神族，因其继承了神族的长高基因，却无母星强大重力的束缚。然而巨人存在基因缺陷，走向两个极端：一半心智不全、狂暴易怒且体弱短寿；另一半则强大可怕，甚至可与守望天使一较高下。
小伊以阿尔法的视角，看到父亲伊斯皮尔将军与母亲恒娅，正无奈地望着心智不全且体弱多病的自己。阿尔法让欧米伽通过一种理论可行的办法——量子位形跃迁，与自己的大脑融为一体，改变大脑构造与体质，将继承自父亲的理性思维、强大精神力、永生寿命，与继承自母亲的灵性、善良、守护者意志，这些原本冲突相撞的强大力量彻底理顺并完全发挥。类似一种打通任督二脉的操作。阿尔法意图通过自己，帮助地球人类加速进化发展。
融合在无人察觉中悄然完成。黑暗中，小伊的眼睛缓缓睁开，打量四周。发现异常的母亲恒娅惊讶地问道：“小伊，你的眼睛怎么这么清澈了？”
他没有回答，只是茫然问道：“我是谁？我在哪儿？在干嘛？”
至此，小伊知晓了阿尔法的创世壮举，也知晓了与欧米伽成功融合的自己，就是阿尔法的碎片、分身、迭代、儿子、传承者、下一个宇宙的创造者。
嗡——
小伊从震惊中醒来，他与欧米伽彻底且完美地融合了。