除了进化机制的大幅改动之外，《宝可梦：驯兽师》的战斗系统也完全不同于原版《宝可梦》。
首先是在可携带灵兽方面：《宝可梦》原作中，玩家最多可携带6只宝可梦参与战斗，每只拥有4个技能。
而《宝可梦：驯兽师》则打破了这一设定。
现实中，驯兽师所能契约的灵兽数量会随修为提升而增加，神识天赋较强或修习特殊功法者还可额外契约。
但游戏并未完全照搬这一设定，而是允许玩家使用不同种类的契约符暂时捕获灵兽，数量不设上限。
不过，可同时上场参战的灵兽数量仍受玩家修为等级的限制。
获取特殊道具或者功法的话，能使玩家携带灵兽数量加一，但获取难度非常高。
如此设计主要是为了鼓励玩家尝试多种灵兽组合与战斗策略，积极捕捉、培育并探索不同进化路线。
有些灵兽光看外表或数据，根本无法判断是否真正适合自己——唯有实战才能检验。
游戏依然遵循“降低现实成本、鼓励积极试错”的原则，让玩家在虚拟环境中大胆尝试新的培养思路与阵容搭配，同时尽可能保持游戏机制与现实修炼的一致性。
为了进一步提升战斗的真实感和策略性，游戏中设置了十八座“道馆”，每座道馆都拥有独特的战斗风格与阵容特点，玩家需逐一挑战通关。
云芽不仅设计了丰富多变的Npc对手，涵盖各类灵兽组合与技能搭配，还为每位玩家量身定制了一个“劲敌”。
这位劲敌不仅会在每次失败后尝试新的阵容与战术，更关键的是，其阵容并非固定，而是会根据玩家当前的队伍进行针对性配置。
这样一来，玩家能清晰发现自己阵容的弱点，进而不断调整与优化。
这也避免了某些玩家依靠运气或单一阵容通关，却未能真正理解阵容搭配的优劣与策略变化。
该系统不仅帮助玩家更熟悉自己的灵兽与战术，也促使他们了解其他可能的搭配方式，从而在未来实战中做到心中有数、应对有方。
在战斗系统方面，云芽并未采用《宝可梦》传统的回合制模式，也未完全照搬动画中一对一的战斗方式。
她考虑到，现实中的驯兽师不仅会与其他驯兽师交手，更常需应对剑修、符修、禅修、丹修等各类修真者，甚至直接与妖兽作战。
因此，她最终借鉴了《宝可梦》特别篇漫画中的“无规则战斗”体系：不限制同时出场的灵兽数量，甚至允许直接攻击驯兽师本人！
整个战斗不仅需讲究灵兽之间的搭配，更要考虑驯兽师本身也是修真者——其战斗力往往不逊于灵兽，甚至可能远超灵兽。
当然，出于对现实的还原，云芽也对某些修真职业作出了限制：例如剑修、符修等通常只能契约一只灵兽，因此他们在游戏中同样仅可携带一只。但这并不意味着他们的战斗力弱于携带多只灵兽的驯兽师。
游戏中设置的九大道馆，分别对应修真界九大宗门的战斗风格：
作为新手教学的青云宗；
风格刚猛、突出一个“莽”字的藏剑宗；
剑气与灵兽并用、攻防一体的天剑宗；
战术繁复、层层设套的观书阁；
擅长隐身与偷袭的刺客流派月隐宗；
符修与灵兽协同作战的月影宗；
自身专注防御、灵兽负责主攻的金刚寺；
自己扮演治疗、灵兽以一敌多的丹宗；
以及驯兽师本家——兽门宗。
而剩下的九座道馆则更为特殊——它们并不位于修真界，而是设立在妖界之中！
玩家将在这里体验到与修真界截然不同的战斗模式，直面妖族独特的作战风格与充满未知的挑战环境。
妖界道馆的战斗规则更为残酷直接：场地中可能弥漫毒雾、地火喷发、幻象丛生，环境本身就成为对手的一部分。
妖族馆主不会遵循一对一的绅士对决，往往会同时召唤多只妖兽协同作战，甚至馆主本人也会化身半妖形态直接参战。
在这里，传统的战斗方式被彻底打破。妖族灵兽往往具备变异属性和诡异技能：有的会吞噬灵力恢复自身，有的死亡时会产生剧毒爆炸，还有的能寄生操控其他灵兽。玩家必须重新理解战斗逻辑，学会在混乱中寻找秩序。
最令人震撼的是，妖界道馆的终极挑战并非一定是击败馆主。
有些考验要求玩家在妖兽军团的围攻下坚守一炷香时间，有些则需要在被污染的环境中成功净化指定区域。
这些考验不仅需要强大的灵兽阵容，更要求驯兽师具备临场应变能力和战术智慧。
每个妖界道馆附近都还原了真实的妖界环境，玩家可以在这里遇到许多修真界从未出现过的妖兽，并使用特殊道具与之签订契约，从而丰富自己的战斗风格。
通关妖界道馆后，玩家将获得妖族特有的进化素材和契约符文，甚至有机会收服变异灵兽。
这些收获将彻底改变玩家的战斗方式，为即将到来的人妖大战做好最充分的准备。
值得一提的是，有些灵兽和妖兽的进化材料在修真界并不存在，玩家必须深入妖界击败指定妖兽才能获得。这些材料往往数量有限，有些甚至只有一次获取机会，非常考验玩家的随机应变能力。
例如火蜥蜴真龙一脉的最终进化形态——烛龙幼年期，虽然潜力无限，但其关键进化材料烛龙的认证就需要前往妖界的龙族地盘，完成烛龙的挑战后才能获得。
夜雨在设计这些内容时，特意融入了云芽提供的妖族战场真实情报。
每一个妖界道馆的设定，都对应着妖族军团的一种实战战术。玩家在游戏中的每一次挑战，都是在为现实中的生存而演练。
《宝可梦：驯兽师》能够一经推出便迅速登顶，除了其创新的战斗与培养系统之外，更让玩家津津乐道的，莫过于它丰富细腻的剧情内容！
作为修真界首部真正将宏大叙事与游戏体验深度融合的作品，它彻底拓宽了人们对“游戏”的认知边界——原来游戏不止是玩法与挑战，更可以是一个世界、一段人生、一个令人沉浸的故事。