东海之极有巨渊，深不知几万丈。碧波之下隐有宫阙万千，琉璃为瓦，水晶作墙，夜明珠缀若星河，乃东海龙王敖广所居。时值癸亥年仲夏，忽有黑云压海，飓风摧波，万丈深渊之下传来龙吟哀鸣，声震九霄。
敖广召巡海夜叉问曰：“近日海眼震动，水族不安，可察异状？”夜叉伏地颤答：“臣见归墟之畔有赤光冲霄，疑是上古封印松动。”龙王抚须沉吟，忆及《龙宫秘典》所载：禹王治水时，曾以定海神针镇九幽妖皇于归墟，另取女娲补天遗石炼就龙珠九枚，布九龙锁妖大阵。今已历三千六百劫，莫非封印将破？
忽有虾兵仓皇来报：“西海三太子赍礼来贺太子诞辰，舟至珊瑚林遭劫！”但见水晶屏上显出血色：金鳞龙舟尽碎，随行蚌女皆亡，唯见黑雾缭绕间隐现九首妖影。敖广震怒，令击震海钟聚四海龙王。
正当四海龙王共议妖患之际，忽有巡洋使者带一凡人闯入水晶宫。其人青衫落拓，背负桃木剑，竟不惧水压，怀中护持一明珠熠熠生辉。敖广惊见其珠：“此乃禹王勘水镜，何以落于凡人之手？”
凡人自称柳云卿，浙东书生也。言月前于雁荡山采药，见流星坠入深潭，捞得此镜。当夜梦神人授法，嘱其速往东海。恰逢南海观音座前龙女经过，轻呼：“此人掌心有龙纹，当与龙族有夙缘。”
忽闻宫外轰雷炸响，妖雾竟穿透水晶屏障。九首妖皇幻影当空长笑：“敖广老儿！可知汝太子敖丙实为吾第九首转世？今日时辰已到，还不归位！”但见龙太子额间突现黑鳞，双目赤红如血。原来当年大禹镇妖时，妖皇一首遁出，转生为龙族太子，暗藏三千六百载。
柳生忽举勘水镜照去，镜中现出惊人景象：东海之下竟另有一重倒悬之海，其中困锁八首妖身正喷吐黑焰冲击封印。敖广急令布玄冰大阵，却见敖丙狂性大发，直取龙王面门。柳生奋身挡驾，怀中勘水镜迸发七彩豪光，竟将妖气暂压。
观音龙女急道：“欲破此劫，需寻回散落九州的禹王龙珠。妾愿以净瓶柳枝暂镇妖气，然唯有身具龙纹者能承龙珠之力。”四海龙王遂取《四海舆图》示之：冀州黄帝陵、蜀山锁妖塔、昆仑瑶池底、南海普陀岩、西域火焰山、北冥玄冰窟、苗疆巫神庙、蓬莱仙人岛、及东海自身海眼，各藏一珠。
柳生慨然请命：“某虽凡人，愿往求珠。”龙王赐避水珠、巡海夜叉为导，龙女暗赠一缕青丝化作护身符。才出东海，忽遇鲛人部族泣血来告：南海龙珠已被妖皇麾下相柳盗取。相柳乃九头蛇妖，盘踞黑水沼泽千年。
黑水沼泽瘴气弥天，毒涎积潭。柳生以避水珠开道，忽见相柳九首各吐毒焰袭来。危急时龙女所赠青丝化碧绫护体，夜叉急引雷法击其一首。相柳狂啸震落星斗，其中一首竟衔着赤色龙珠。柳生急智生，取勘水镜反射月光，照出相柳本体原是大禹治水时镇压的相柳之尸所化。镜光过处，妖尸消融，龙珠坠入毒潭。
忽有巫山神女驾云而至，言：“此珠需以真情泪洗涤。”柳生忆及父母早亡，孤苦求学，不禁泪落珠上。龙珠骤放光华，净化毒潭为清泉。神女讶曰：“君非寻常书生，莫非是禹王转世？”遂赠玉瓶承装龙珠。
二人方离黑水，忽遇西域妖僧拦截。妖僧祭起人皮鼓，诵咒召来修罗恶鬼。恰逢昆仑剑仙路过，御剑斩破妖法，疾呼：“蜀山锁妖塔崩裂，第二颗龙珠已被妖皇夺去！”三人急驾云往蜀山，但见剑峰摧折，妖气贯空。妖皇幻影正以龙珠之力吞噬镇塔剑灵。
柳生怀中所获龙珠忽生感应，化作金龙虚影与妖皇相斗。昆仑剑仙趁机布两仪微尘阵，夜叉引东海之水助阵。恶战中勘水镜现出天机：欲收龙珠需以太古五弦琴奏《清心普善咒》。柳生幼时曾于古墓学得此曲，遂折焦尾桐木为琴，削蛟筋为弦。琴声起时，万千剑灵归位，竟从妖皇手中夺回龙珠。
妖皇怒极而笑：“纵使得回二珠，可知北冥玄冰珠已融于万年寒冰？”众人赶赴北冥，果见玄冰窟崩裂，龙珠与冰川浑然一体。龙女曰：“需以三昧真火炼珠，然凡火难融玄冰。”柳生忆及勘水镜所示，割腕以血绘禹王符咒，引太阳真火入体。经脉尽焚之际，怀中两珠忽转，化阴阳二气护住心脉，终取第三珠。
归途遇观音现身云端：“妖皇已遣幻妖化作汝等模样，盗走东海龙珠。”急返龙宫，果见两个“柳生”并立殿前。龙王以照妖镜难辨真伪，因幻妖乃人心暗影所化。柳生本体重演黑水沼夺珠旧事，幻妖竟不能模拟龙女青丝护心细节，遂露破绽。妖物暴起发难时，柳生忽悟勘水镜妙用，照出殿中所有人心魔，四海龙王皆见自身妄念，顿生警醒。
连番恶战间，柳生渐觉记忆复苏：自己实为大禹治水时佩玉所化，曾随禹王布阵镇妖。而龙女竟是女娲补天所遗灵石，与龙珠本出同源。二人灵犀相通，双剑合璧竟能暂压妖皇凶焰。
敖丙太子忽冲破禁制，抓走龙女直坠归墟。柳生急追而下，见归墟中倒悬海竟是一片上古战场，禹王麾下神将石像皆被黑雾侵蚀。妖皇八首盘绕定海神针，狂笑：“待第九首归体，便可颠倒阴阳，重开混沌！”龙女被缚于祭坛，额间灵石渐显裂痕。
柳生奋起余力，奏太古琴曲。琴声引动禹王神将石像复苏，与妖首混战。敖丙神识暂醒，泣告：“欲镇妖皇，需有九龙献祭...”言未尽又堕魔道。柳生忽见勘水镜映出真相：当年禹王留谶“玉石俱焚，方得新生”，原需龙珠承载者与补天石同入阵眼。
正当犹豫，四海龙王齐至，各现真龙本体镇住妖皇七首。敖广长吟：“吾儿敖丙本为妖首，愿舍龙身镇之！”竟引天雷击向太子。龙珠离体时，敖丙恢复清明，一笑坠入阵眼。另七颗龙珠受感召，自四海龙王额间飞出。
柳生与龙女相视而笑，各持勘水镜与补天石，化作流光投入最后阵眼。九龙珠齐耀，重布天罡大阵。妖皇哀嚎中被压归墟，定海神针轰然重立。
沧海平复后，人们传说东海时有双星闪耀。有渔者曾见青衣书生与素衣龙女携手巡海，凡遇风浪处，弹指即平。而东海深处新生的定海神针上，隐约可见九龙盘绕，其中二龙首交颈缠绵，似诉前世今生。
此劫过后，观音重炼补天石残片为九盏明灯，分悬九州镇守气运。东海龙王每岁仲夏开海市，必有青衫客携明珠来换美酒，醉后常以桐木琴弹《清心普善咒》，闻者皆忘烦忧。偶有幼童见其踏浪而去，衣袂间隐现龙纹，遂成海上奇谈。
太古遗碑载：天地有劫，众生度之；劫波渡尽，真心不灭。此谓东海龙珠传，亦曰情天宝鉴录。