混沌初开，鸿蒙始判，天地间有一缕先天清气，受日月精华千万年滋养，化形为神，自号昊天氏。彼时三界未定，群魔乱舞，人间哀鸿遍野。昊天氏发下宏愿，欲整肃乾坤，乃踏三十六重天，历一万七千五百劫，每劫十二万九千六百年。
这一日，昊天氏行至西昆仑绝顶，见紫气东来三万里，有玄鹤衔丹书而至。展开观之，乃天地至理凝结的《混元道经》。正参悟时，忽闻下界哭嚎震天，垂目望去，但见九幽血海翻涌，魔祖罗睺率八部天魔吞噬人间。昊天氏叹道：“不破不立，今日当证大道。”
遂取昆仑山五色石，采北极玄冰，纳南极真火，炼就一柄昊天剑。剑成之时，三十六重天震动，日月并耀于苍穹。昊天氏仗剑直下九重，与魔祖战于不周山下。这一战打得山崩地裂，罗睺召来亿万里血云，昊天剑引动周天星辰，斗到激烈处，忽见昊天氏头顶现出亩许大的庆云，其中三花聚顶，五气朝元，竟是勘破了混元道果。
魔祖见势不妙，欲遁入归墟，却被昊天剑斩去三首六臂。正当要绝其根本时，西方忽现七彩祥光，有道人乘青牛而来，言道：“天道贵生，魔祖虽恶，亦为造化一环，不如镇于北冥海眼，以全因果。”昊天氏稽首应诺，自此奠定三界秩序。
鸿钧道人显圣，册封昊天氏为“昊天金阙无上至尊自然妙有弥罗至真玉皇上帝”，统御诸天，综领万圣。登基之日，三十三重天钟鼓齐鸣，瑶池金母献蟠桃，老君呈金丹，如来奉金莲，三界仙真齐聚凌霄宝殿。
然天庭初立，百废待兴。玉帝首颁天条三百六十款，设雷、火、瘟、斗、水、痘六部正神，又立四海龙王司雨，十殿阎罗掌生死。却不想诸神久居散漫，常有怠职之事。
这年人间大旱，江淮流域三年不雨，赤地千里。百姓设坛祈雨，香火直透九重天。玉帝震怒，召四海龙王问罪。东海龙王敖广伏地请罪：“非臣等渎职，实是雨部天尊私改雨簿，将江淮雨水尽数拨与其凡间族亲。”
玉帝命千里眼、顺风耳查探，果见闽南某县三年风调雨顺，而县令正是雨部天尊胞弟。玉帝冷笑：“朕初登大宝，便有人试探天威。”即命雷部众神布设九霄神雷阵，将雨部天尊削去顶上三花，打入轮回。又亲执昊天剑，将私改的雨簿一斩为二：“天道无私，岂容徇情！”言毕口含天宪，敕令四海龙王即刻行雨。
但见四海龙王现出万丈龙身，腾云驾雾而来。雷公擂鼓，电母照镜，风伯展袋，雨师洒露。顷刻间甘霖普降，枯木逢春。百姓望空叩拜，感念天恩。
此事方了，西王母来报：“蟠桃园中三千六百株仙树遭虫蛀，恐是魔气侵染。”玉帝亲往察看，但见桃叶枯黄，果实萎缩。运慧眼观之，竟见一丝若有若无的幽冥之气。遂召地藏王菩萨共查，发现乃当年魔祖罗睺残存魔念，附于桃蚜之上，欲坏天庭根基。
玉帝沉吟片刻，取瑶池圣水混合三光神水，以太阳真火煅烧七七四十九日，炼成“净世琉璃瓶”。持瓶绕桃园三周，洒下甘露，魔气尽消。蟠桃树重焕生机，花开九重，香溢三十三天。
正值王母寿诞，玉帝特开蟠桃盛会。八洞神仙献艺，嫦娥起舞，天官赐福。却见齐天大圣孙悟空盗金丹、窃御酒，扰乱盛会。玉帝本欲遣天兵擒拿，忽心有所感，叹道：“此猴乃补天石所化，与朕同源而生，杀之不祥。”遂请如来佛祖施法镇压于五行山下，留待日后机缘。
三界稍定，玉帝忽感道心波动，知是尘缘未了。原来当年历劫时，曾有一世为凡间书生，与卖豆腐的老翁有半师之谊。如今老翁转世七次，今生投在江南为蚕农，正值困顿。玉帝乃化做游方道士，降临凡间。
但见桑田枯黄，蚕户面有菜色。打听方知，此地遭了“鬼蚕”之灾——蚕宝宝吐丝即断，户户绝收。玉帝夜宿破庙，运神通探查，见一黑气盘踞蚕神庙。原是当地庙祝勾结妖道，在神像下埋了厌胜之物，欲逼百姓献童男童女祭祀。
玉帝假意应征庙祝，被引至密室。见妖道正炼邪法，供桌上摆着七盏魂灯。玉帝现出真身，喝曰：“朕统三界，岂容邪祟害民！”妖道大惊，化黑风而逃。玉帝屈指一弹，昊天剑分身追出三千里，将妖道钉在峨眉山绝壁。又取三光神水洒向桑田，枯木逢春，蚕宝宝重吐银丝。
蚕农感念，欲为道士立生祠。玉帝笑而不受，踏云而去时，空中飘落金简一枚，上书《养蚕真经》。百姓方知遇天帝临凡，望空叩拜不已。
返回天庭途中，忽见东海恶浪滔天。巡海夜叉来报：“龙王三太子被九头虫所困，水晶宫危在旦夕。”玉帝蹙眉：“朕已敕封四海龙王，何妖敢犯天威？”亲临东海，见九头虫现万丈妖身，九个头颅喷吐毒火玄冰。原来竟是上古相柳遗种，欲夺四海之精修炼魔功。
玉帝脱去九章法服，现出混元道体。头顶现出亩许庆云，其中三花旋转，五气结成华盖。也不用法宝，只将右手一指，喝声：“定！”周天星辰顿止运转，万里波涛凝如琉璃。九头虫九个头颅齐喷本命毒焰，玉帝张口一吸，竟将毒焰尽数吞入腹中，运三昧真火炼成一颗毒珠。
“汝修炼不易，奈何逆天行事。”玉帝叹道，将毒珠掷还。九头虫被自家毒焰所伤，现出原形——竟是共工怒触不周山时，溅出的一滴精血所化。玉帝取八景宫灯，将其封印于北冥之眼，永世不得出。
龙王感激涕零，献上定海神针铁。玉帝笑道：“此物合该另遇明主。”命龙王好生保管，日后自有缘法。
刚回凌霄殿，忽感心潮涌动。掐指一算，原是当年镇压魔祖罗睺时，其一丝残魂附在昊天剑上，潜入天宫。此刻正蛊惑执掌天条的青童君，欲篡改天道法则。
玉帝急赴天条殿，见青童君双目赤红，正在篡改姻缘簿。原来魔魂欲乱三界人伦，使人间夫妻反目，父子成仇，从根本上动摇天庭气运。
“道友迷了。”玉帝轻叹，头顶现出混沌珠，照定青童君元神。那魔魂尖啸欲逃，被玉帝一掌罩住。却不料魔魂竟自爆本源，污了三百条天条。玉帝不惜损耗本命元气，口吐真言，字字化成金色符篆，将破损天条逐一修补。
忽见一道天条崩裂，化作流光坠向凡间。玉帝分神追赶，见那流光投生在一书生之妻腹中。来年此子降生，取名包拯，日后将成为铁面无私的判官，补全人间法度——此乃后话。
修补天条毕，玉帝元气大伤，闭关九九八十一日。出关时忽见三界怨气升腾，原是人间帝王失德，战乱四起。玉帝欲降天罚，太白金星谏曰：“天道无为，人道自强。若事事干预，反失造化之机。”
玉帝颔首：“善。”乃命九天玄女降世，传授兵法韬略；遣文曲武曲下凡，辅佐明主；又让四海龙王节制雨水，使恶君之地旱涝交替。不过三年，民心归附有德之君，天下重归太平。
这日巡视天河，见织女坐望凡尘，面有忧色。问之，乃思凡间牛郎。玉帝感其真情，特准每年七月七日鹊桥相会。却不想开此先例，引得瑶池仙女皆动凡心。
王母忧心忡忡，玉帝笑曰：“天道无情亦有情。神仙若不知情为何物，又如何普度众生？只需设下考验，不使沉溺私情即可。”遂立情劫之规，欲成大道者，须经情关考验。
忽有巡天灵官急报：“北天门震动，似有异宝出世！”玉帝率众前往，见北天门裂开一隙，混沌之气涌入。原来是盘古开天时遗留的一处漏洞，此刻因星轨错乱即将崩裂。
玉帝不顾危险，只身踏入混沌。但见地水火风翻涌，仿佛重归鸿蒙。运大法力定住四方，却发现漏洞中心悬浮一物，竟是盘古大神的一节指骨。指骨感应到玉帝气息，忽然化作流光没入其眉心。
玉帝顿时明悟前因后果——自己原是盘古大神一丝执念所化，使命便是完善天地秩序。当下与指骨合一，道行圆满，周身放出无量光明，照彻三十六重天。挥手间补全漏洞，北天门恢复如初。
经此一事，玉帝神通更进一层，达到混元无极大罗金仙之境。却仍日日端坐凌霄殿，处理三界事务。这日批阅奏章至深夜，见烛火摇曳，忽然心有所感。
唤来司命星君，问：“朕执天条，可曾有失？”司命呈上善恶簿，玉帝亲自查阅。见一桩旧案：某年某地大旱，自己因与魔祖残魂争斗，迟了半刻行雨，致饿殍三千。
玉帝默然良久，脱冠解带，自囚于弥罗宫思过崖。三界仙神皆来劝解，玉帝道：“天子犯法，与庶民同罪。朕既疏失，岂能免责？”遂取打神鞭，自鞭三千。每鞭落下，皆有金光迸射，乃玉帝散修为补偿亡灵。
鞭毕，三界同悲。天道感其至公，降下玄黄功德，那些亡灵竟直接超脱轮回，化为三千护法天神。玉帝伤愈出关，见殿前多出三千金甲神人，皆跪拜曰：“愿永世护卫天庭。”
忽闻下界喧哗，原是东胜神洲有妖王聚会，欲反天庭。玉帝不怒反笑：“朕正欲完善天条，需集思广益。”竟降下法旨，请妖王赴蟠桃会。
群妖战战兢兢至南天门，却见玉帝撤去守卫，亲自相迎。宴间道：“天地本一体，何分仙妖？只要心存善念，皆可成道。”遂修订天条，增设妖仙司，准妖族修行正道者录入仙籍。
妖王感佩，尽数归顺。唯牛魔王倔强，玉帝也不强求，赐金丹一枚道：“且去修行，何时悟了，天门永开。”
自此三界宾服，万类和谐。玉帝仍日日临朝，事必躬亲。常对诸神言：“朕非统御三界，而是服务三界。天道无亲，唯与善人；帝心无私，只在众生。”
这一日，玉帝忽见人间汴梁城中红光冲天，推算是太祖赵匡胤黄袍加身。正要查看天命，忽感西方佛光炽盛，原来如来佛祖正开盂兰盆会。遂唤来太白金星：“朕欲微服私访，体察民情。”
化作游方僧人，行至华山脚下。见一老妇哭诉：女儿被山神强娶为妻。玉帝暗惊：“朕治下竟有此等事？”暗中查访，发现是假冒山神的熊精作祟。正欲出手，却见一书生仗剑而来，竟是华山三圣母之子沉香。
玉帝隐去身形，暗助沉香打败熊精。见其孝感天地，特赐开山神斧。待沉香劈开华山救母，方现真身道：“孝义可嘉，然触犯天条亦当受罚。”令沉香镇守华山百年，将功补过。
三圣母感激涕零：“陛下执法如山，有情有义。”玉帝叹道：“天条不外人情，然法度不可废。尔等好自为之。”驾云归天时，忽见华山之巅映出七彩霞光，原是沉香孝心感动天地，竟显出一桩大机缘——此又是后话。
回到凌霄殿，玉帝召集群臣，修订天条中不近人情之处。忽见南天门外祥云阵阵，老君骑青牛而来，笑曰：“陛下已得大道真谛矣。”玉帝忙降阶相迎。
老君道：“天道运转，如月盈缺。陛下可知为何每隔十二万九千六百年便有量劫？”玉帝沉吟：“可是阴阳消长之理？”老君点头又摇头：“然也，不然也。天地亦有寿数，唯道心永恒。”
玉帝恍然，即开混元道场，为三界众生讲说《道德真经》。天花乱坠，地涌金莲，无论神仙凡人、花草树木，皆得闻大道。讲经七七四十九日，竟有三千修士立地成仙，八万生灵开启灵智。
这日讲经完毕，玉帝独坐瑶台。望见月宫中嫦娥起舞，天河畔织女纺纱，凡间万家灯火，地狱度鬼诵经。忽觉心念通达，头顶三花凝聚成实体，胸中五气结成宝珠——竟是勘破了那混元无极之上的境界。
王母奉蟠桃而来，笑问：“陛下证得大道，可喜可贺。”玉帝却道：“道无止境，朕方才入门耳。”取昊天镜照向人间，见汴梁城中，真龙天子正在祈雨。
“起驾。”玉帝整冠起身，“朕该去行雨了。”
群仙讶然：“此等小事，何劳圣驾？”
玉帝已踏云而去，唯有天音回荡：
“天地大事，在雨一粟；三界至要，乃民生息。朕为玉帝，岂敢轻乎？”
云霭深处，但见万道金光洒向人间，甘霖普降中，隐隐传来苍生的欢笑。那笑声穿过九重天，竟在凌霄殿前凝成一株七彩禾穗，迎风摇曳，生生不息。