父亲独孤信冤死的阴影，如同永不消散的阴霾，笼罩在独孤氏的后宫生活之上。她被宇文毓安置在偏僻的宫殿，名义上是为了静心守孝，实则是权力绞杀下无奈的避祸之举。这座宫苑，虽然少了正殿的喧嚣与瞩目，却也成为了乱世中一对帝王夫妻仅存的、能够短暂喘息的情感孤岛。
在这里，繁华与荣耀都被隔绝在外，留下的只有刻骨的哀痛和相濡以沫的温情。宇文毓的每日探视，是独孤氏灰暗生活中唯一的光亮。他不再穿着象征权力的朝服，常常只是一身素雅的常服，带来一些她爱吃的点心，或是几卷新抄录的诗文。他们的话题，小心翼翼地避开了朝堂的纷争与家族的悲剧，更多地转向了书籍中的义理，往昔生活中的趣事，或者是对未来平静生活的、近乎奢侈的幻想。宇文毓会握着她的手，低声描述他理想中的田园生活：“待他日海内澄清，世事安稳，我愿效仿范蠡，泛舟五湖，与卿归隐田园，课读子孙，再不理这恼人的权柄争斗。” 独孤氏则依偎在他身旁，苍白的面容上会浮现出一丝虚弱的笑意，轻声应和：“若得如此，妾身愿为夫君洗手作羹汤，布衣蔬食，此生足矣。”
这些对话，充满了乱世儿女的悲哀与无奈，却也真挚地映照出他们之间超越政治联盟的深厚情感。在冰冷的宫廷规则下，他们用沉默的陪伴和细微的关怀，构筑起一道脆弱却坚韧的情感屏障，共同抵御着来自外部的巨大压力。
然而，现实的利刃总能刺穿这短暂的宁静。宫廷之中，遍布宇文护的眼线。他们夫妻的一举一动，乃至一句无心之言，都可能被添油加醋地汇报给权臣。独孤氏深知此点，她变得更加沉默寡言，行为举止愈发谨慎，几乎足不出户。她开始潜心礼佛，在青灯古卷和袅袅檀香中，寻求心灵的片刻安宁，也为冤死的父亲和身处险境的丈夫祈福。这种深居简出的生活，虽然保全了暂时的平安，却也加速了她身心的损耗。忧思与惊惧，如同慢性毒药，侵蚀着她的健康，她的身体日渐消瘦，气色也越发不佳。
时光在压抑中流淌至北周武成元年（559年）。这一年，宇文毓在表面上已经完全顺从了宇文护的掌控，使得权臣放松了些许警惕。八月，宇文毓认为时机已到，决定正式称帝，改元武成。这不仅仅是一个名号上的改变，更是他试图在法理和仪式上重新确立皇权尊严的一次努力。而在他登基之后，所做的第一件大事，便是要正式册立独孤氏为皇后。
这一决定，再次引发了朝堂的暗涌。宇文护及其党羽自然不愿看到独孤氏的地位进一步巩固，这意味着独孤家族的影响力（尽管已遭重创）借由皇后之位得以延续，也意味着皇帝正在尝试摆脱纯粹的傀儡身份。他们或许会以“皇后需德仪天下，独孤氏新遭父丧，忧思过重，恐非吉兆”等理由加以阻挠。
但此时的宇文毓，展现出了比两年前立后时更为坚定的决心。他深知，这可能是他能为妻子做的、为数不多的事情之一。他不仅要给她一个正式的名分，更要将此作为一种象征，一种对强权的、悲壮而无声的反抗。他力排众议，甚至不惜再次与宇文护正面交涉，坚持己见。最终，在他的坚持下，册后之议得以通过。
武成元年（559年）八月，盛大的册后典礼在长安皇宫举行。这是北周开国以来第一次正式的皇后册立大典，仪仗煊赫，礼乐庄严。文武百官朝服跪拜，山呼千岁。然而，在这极致的尊荣之下，隐藏的是无尽的悲凉。当册封使臣宣读册文，当凤冠霞帔加诸于身时，端坐在殿上的独孤皇后，内心是何等滋味？她或许想起了含冤而逝的父亲，未能亲眼见到女儿母仪天下的这一刻；她或许感受到了台下权臣宇文护那冰冷而充满审视的目光；她更清楚地知道，自己这具被哀伤与病痛折磨得虚弱不堪的身体，是否还能承载起这顶沉甸甸的后冠。
她强撑着病体，完成了所有繁复的礼仪。她的面容在厚重的脂粉下依然难掩憔悴，她的步伐在宫娥的搀扶下依然显得有些虚浮。这一幕，与民间“宁为太平犬，莫作乱离人”的悲歌形成了凄厉的呼应。纵然身居皇后之尊，在乱世的权力倾轧下，她的命运依然如同风中之烛，飘摇不定。
值得一提的是，在这段深宫浮沉的日子里，独孤皇后并非完全与世隔绝。她与自己的妹妹们，尤其是后来嫁给杨坚的七妹独孤伽罗，很可能保持着某种隐秘的联系。尽管史书无明确记载，但考虑到独孤家族一贯的紧密关系，以及姐妹之间在长安的地理之便，她们暗中互通声气、互相慰藉是极有可能的。年轻的独孤伽罗，性格刚烈果决，她对姐姐的处境定然充满同情，对宇文护的跋扈也必然深感愤慨。这些发生在深宫闺阁之中的私语，或许也在潜移默化中，影响了独孤伽罗日后辅佐杨坚时，对权臣问题的极端警惕和果断处理。从某种意义上说，独孤皇后的悲剧，为其妹夫杨坚的未来崛起，提供了一面血淋淋的镜鉴。
皇后的名分，并未能给独孤氏带来真正的安宁与健康，反而可能因为典礼的辛劳和成为众矢之的的压力，加速了她生命的流逝。她就像一枚被强行推至舞台中央的棋子，在完成了她的象征使命后，身体的灯油，也已即将燃尽。