告别了柳伯馆主，小智和小银继续他们的旅程。
离开卡吉市后，他们来到了一个名为绿荫镇的小镇。这个小镇被一片茂密的森林环绕，空气清新，与之前冰天雪地的景象截然不同。
他们刚走进小镇，就看到一个熟悉的身影在不远处挥手。
\"妈妈？！\"小智惊喜地大喊。
原来是小智的妈妈花子，她提着一个野餐篮，笑容满面地走了过来：\"小智！真的是你！我刚好路过这里，就想着说不定能遇到你呢！\"
\"太好了！妈妈，你怎么会在这里？\"小智跑过去，开心地抱住了花子。
小银也走上前，礼貌地打招呼：\"阿姨您好。\"
花子笑着说：\"我啊，是出来旅行，顺便给你送点东西的。对了，我刚才在镇子中心看到一座好漂亮的结晶塔，你们要不要一起去看看？\"
\"结晶塔？\"小智和小银对视一眼，都感到有些好奇。
\"好啊好啊！\"小智立刻答应。
于是，三人一起朝着小镇中心走去。很快，一座高耸入云的白色塔状建筑出现在他们眼前。这座塔通体由类似水晶的物质构成，在阳光下闪烁着奇异的光芒，塔顶似乎还有紫色的能量在盘旋。
与此同时，在结晶塔的内部深处，一个名叫小羽的小女孩正站在一个巨大的控制台前。她是研究未知图腾的大力博士的女儿。小羽从小就非常思念她早逝的母亲，这份强烈的情感无意中与塔内沉睡的未知图腾产生了共鸣。
未知图腾感受到了小羽心中那份纯粹而深沉的\"思念\"，它们开始苏醒，并试图将这份思念具象化。
就在小智他们欣赏结晶塔的时候，塔内的未知图腾突然活跃起来。它们围绕着小羽，将她的思念能量放大，并投射到了塔外。
\"那是……\"小智注意到塔顶光芒异样。
下一秒，一只全身覆盖着金色毛发、拥有巨大犄角的神奇宝贝的虚影在塔顶缓缓凝聚成型。它发出一声威严的咆哮，正是传说中的炎帝！
这只炎帝并非实体，而是未知图腾根据某种古老的传说信息，结合小羽想要\"守护\"和\"团聚\"的潜意识，创造出的幻想造物。
炎帝的虚影越来越清晰，最终化作实体，从塔顶一跃而下，落在了小智他们面前。它的眼神空洞，身上缠绕着淡淡的紫色雾气。
\"妈妈，快躲到我后面！\"小智立刻挡在了花子身前。
然而，炎帝并没有攻击他们。它的目光被花子慈祥的面容吸引了——这与小羽记忆中母亲的形象产生了重叠。炎帝伸出巨大的爪子，一道柔和的紫色光芒包裹住了花子。
\"啊！小智！\"花子发出一声惊呼，身体不由自主地飘了起来，被炎帝抓在了爪子里。
\"妈妈！\"小智心急如焚，想要冲过去，却被炎帝身上散发的强大气场弹开了。
炎帝抓着花子，转身朝着结晶塔飞去，很快就消失在了塔内的黑暗中。那些未知图腾也紧随其后，一同飞入了塔中。
整个过程发生在电光火石之间，小智和小银根本来不及反应。
\"妈妈！\"小智朝着结晶塔大喊，声音中充满了焦急和愤怒。
就在这时，一个穿着白色研究员制服、戴着眼镜的年轻女子慌慌张张地跑了过来：\"你们……你们看到刚才那只炎帝了吗？还有那些未知图腾？\"
\"看到了！\"小智激动地抓住她的肩膀，\"我妈妈被炎帝抓走了，关进了那座塔里！你知道这是怎么回事吗？\"
\"我叫小美，是镇上神奇宝贝研究所的研究员。\"女子惊魂未定地说，\"这座结晶塔是大力博士研究未知图腾的地方。我想，这一定和博士的女儿小羽有关。小羽太想念她的妈妈了，她的思念可能无意中唤醒了未知图腾。\"
小银冷静地补充道：\"不止是唤醒。未知图腾能将思想和情感具象化。那只炎帝是幻想，是小羽的思念与未知图腾力量结合的产物。它抓走阿姨，可能是因为阿姨的样子让它产生了某种共鸣。\"
\"幻想？\"小智喃喃自语，随即眼神变得坚定，\"不管它是真的还是假的，我都要把妈妈救出来！\"
小银也点了点头：\"我陪你一起去。\"
两人让小美在塔外等候，然后小心翼翼地走进了结晶塔。
塔内的景象令人震惊。整个内部都是由晶莹剔透的蓝色结晶构成，墙壁上闪烁着微弱的光芒。空气中漂浮着许多未知图腾，它们发出的低语声，给人一种神秘而又诡异的感觉。
\"妈妈！妈妈你在哪里？\"小智大声呼喊着，但没有得到任何回应。
他们沿着螺旋状的楼梯向上攀登，每走一步，都能感觉到空气中的能量变得越来越浓郁，未知图腾的数量也越来越多。
终于，他们来到了塔顶的平台。
平台中央，有一个由未知图腾组成的圆形阵法。阵法的中间，小智的妈妈花子正被一个透明的能量罩包裹着，陷入了昏迷。而在阵法的最中心，漂浮着一块散发着诡异紫色光芒的神秘晶石。旁边，一个小女孩蜷缩在角落，正是小羽。那只\"幻想炎帝\"就守护在阵法旁边，看到他们到来，立刻发出一声愤怒的咆哮，眼神中充满了敌意。
一场为了拯救亲人，也为了安抚一颗思念之心的激烈战斗，在结晶塔的顶端，正式展开！