楚云一释放出所有的“灵能净化无人机”，无人机群围绕巨型共生体释放灵能净化波，彻底阻止了它的融合。解决掉巨型共生体后，星穹-V终于抵达灵能核心塔。这座塔高万米，塔身布满了灵能触须，塔顶悬浮着一颗直径达百米的“灵能共生核心”，核心表面缠绕着无数的灵能触须，连接着殖民星的各个角落。
核心塔周围环绕着“灵能护卫共生体”——这些护卫是由精英共生体融合而成，体型达五百米，手中握着“灵能共生刃”，能释放出灵能斩波，同时还能操控周围的机械碎片形成防御屏障。它们见星穹-V靠近，立刻组成防御阵，灵能斩波与防御屏障交织，挡住了所有的进攻路线。
核心塔的攻坚战与共生核心的暴露
楚云一驾驶星穹-V在防御阵周围盘旋，寻找进攻机会。他发现灵能护卫共生体的防御屏障存在“能量间隙”——每三十秒，屏障的能量会出现一次短暂的波动。他抓住这个机会，启动“星核过载”，将灵能分解炮的能量提升三倍，在屏障波动的瞬间发射光束，击中一只灵能护卫。护卫的机械装甲被分解，内部的灵能触须暴露在外，楚云一趁机发射灵能干扰弹，护卫瞬间失去控制，崩解为碎片。
但剩余的灵能护卫立刻调整阵型，填补了防御缺口。楚云一不得不采用“声东击西”之计：他操控星穹-V向核心塔左侧发起佯攻，吸引大部分护卫的注意力，然后释放出“灵能诱饵弹”，模拟灵能共生核心的能量信号，进一步分散护卫。趁护卫阵型混乱，楚云一驾驶星穹-V从右侧突破防御阵，抵达核心塔底部。
核心塔底部有一座“灵能能量门”，这是进入塔内的唯一通道，门表面覆盖着一层灵能护盾，常规攻击无法穿透。楚云一通过探测仪发现，能量门的护盾能量来自核心塔周围的“灵能能量柱”。他驾驶星穹-V，依次摧毁了四座能量柱，能量门的护盾终于消失。
星穹-V驶入核心塔内部，塔内布满了灵能触须和机械管道，空气中弥漫着浓郁的灵能粒子。随着不断深入，灵能波动越来越强烈，星穹-V的仪器开始出现故障，楚云一的精神也受到轻微的干扰。终于，他抵达了核心塔的顶层，灵能共生核心就在眼前。
灵能共生核心的摧毁与殖民星的净化
灵能共生核心察觉到入侵，释放出“全域灵能共生波”，星穹-V的抗共生涂层在波冲击下开始磨损，舰体内部的灵能警报声响起。楚云一启动“灵能稳定系统”，将星核能量注入涂层，加固防御。同时，他将所有的灵能分解炮能量集中，发射出一道巨型灵能净化光束，击中灵能共生核心。
核心表面的灵能触须纷纷崩解，但核心内部的灵能能量依然在涌动。它突然分裂出“核心共生体”——由核心能量直接形成的共生体，体型达三百米，能释放出比巨型共生体更强的灵能共生波。核心共生体挥动触须，向星穹-V袭来，触须上的灵能光芒足以瞬间摧毁战舰的护盾。
楚云一驾驶星穹-V灵活闪避，同时将星舰的能源核心与灵能净化系统融合，制成“灵能湮灭弹”。他手动操控弹丸，将其贴在灵能共生核心表面，然后启动倒计时。核心共生体察觉到危险，不顾一切地冲向核心，试图阻止炸弹引爆。楚云一启动“星核冲撞模式”，驾驶星穹-V撞向核心共生体，两者碰撞的瞬间，灵能湮灭弹爆炸。
灵能共生核心在爆炸中崩解，所有的灵能触须瞬间失去活性，灵能共生体纷纷停止活动，殖民星上的灵能波动逐渐平息。楚云一启动“全域灵能净化系统”，星穹-V释放出大量的灵能净化剂，净化殖民星上残留的灵能粒子。一周后，殖民星恢复了正常，失去联系的居民也被成功解救。但探测仪显示，灵能共生核心崩解时，一股异常的“超灵能信号”向“灵能维度”传播而去。
超灵能文明的入侵与宇宙灵能防线的建立
一个月后，宇宙中多个灵能资源星域同时出现灵能共生体的身影，超灵能文明的“超灵能舰队”终于抵达。舰队由上千艘“灵能共生战舰”组成，每艘战舰都能释放出“超灵能共生波”，覆盖范围达百万公里，能同时控制上万台机械和生物。
宇宙共生联盟紧急召开会议，楚云一被推选为“宇宙灵能防线总指挥”。他制定了“灵能防线计划”：在各个灵能星域部署“灵能守护塔”，释放灵能净化能量，阻止共生体扩散；组建“灵能防御舰队”，每艘战舰都配备抗共生涂层和灵能分解武器；研发“超灵能探测仪”，提前预警超灵能舰队的入侵。
在“灵能水晶星域”的防御战中，超灵能舰队的超灵能共生波控制了五颗殖民星球的居民和机械，防御舰队陷入腹背受敌的境地。楚云一驾驶星穹-V，带领精锐舰队冲向超灵能舰队的主力。他发现超灵能战舰的核心是“超灵能共生晶核”，只要摧毁晶核，战舰就会失去控制。
楚云一将星穹-V的灵能分解炮升级为“超灵能分解炮”，融合星核能量与纯净灵能，能释放出更强的净化光束。光束击中超灵能战舰的晶核，晶核瞬间崩解，战舰也随之瘫痪。但超灵能文明的“超灵能主宰”亲自驾驶“超灵能旗舰”参战，旗舰释放的“终极超灵能共生波”能直接控制整个星域的生物和机械，防御舰队面临全军覆没的危机。
灵能维度的远征与超灵能本源核心的对决
楚云一通过分析发现，超灵能文明的能量都源自“灵能维度”的“超灵能本源核心”，只要摧毁核心，就能彻底切断超灵能文明的能量供应。宇宙共生联盟组建“灵能维度远征军”，由楚云一担任总指挥，舰队规模达五百艘战舰。
远征军穿过灵能维度的入口，进入这个由灵能粒子构成的维度——这里的天空呈现出幽绿色，地面上布满了灵能水晶山脉，