康熙三十五年，第三次出征准噶尔之战开始。中路军先抵克鲁伦河，逼近准噶尔军。噶尔丹遥望清军势众，遂弃庐帐、器械，乘夜西撤。
康熙帝即命马思喀为平北大将军，与直郡王坐镇巴颜乌兰地区，又令乌拉那拉费扬古与淳郡王西路军截准噶尔军退路，设伏袭击，命内大臣纳兰明珠尽运中路军之粮以济西师。
康熙自率先锋追击三日，至拖诺山而返，准噶尔军退至特勒尔济时，仅剩万余人。
紫禁城这头，太子依旧监国理政，雍郡王坐镇户部，统辖一应兵马粮草调动事宜。
大军势如破竹，噶尔丹节节败退，一切都在往预计的方向进行，直到前线忽传皇上于中军帐内突发疾病，腹泻不止，并伴有高热，此病来势汹汹，随军太医能用的药都用过了，却还是束手无策。
主帅病危，噶尔丹趁机反扑，万余铁骑全部出击，追至昭莫多，前后包抄了费扬古的军队，费扬古殊死反抗，胜负即将分晓之时，淳郡王率西路大军后援及时赶到，从外围夹击，终险胜噶尔丹，将费扬古及其残余部下救了出来。
噶尔丹部众暂时逃脱，再次蛰伏起来。
此时太子收到舅父右相索额图的密信，信中告知康熙帝已陷入昏迷，失去意识，太医诊断恐命不久矣，让太子做好准备，在大军回銮之时提前登基为新帝，这边也会里应外合，在距大军进城的三十里外拿下直郡王，一路押解回京，到时一切尘埃落定，大清将改头换面。
太子拿着密信，久久不能平静，那至高无上的宝座离自己是如此近，只要自己想，即刻，他便可以是大清的新主子。可要做吗？能做吗？直郡王能这么容易伏诛？皇阿玛一定回不来吗？皇阿玛若是好起来了，自己该如何面对他？那可是他的皇阿玛，他最亲最爱的人。
胤礽的手在抖，有对即将到手的无上权利的渴望和兴奋，也有对皇阿玛的不舍与愧疚。
他无法决策，随即将雍郡王密招进了宫。
“太子殿下万万不可！”胤禛在看到密信时惊骇万分，却也立马意识到问题的严重性。
“四弟何意？本宫本为大清储君，皇阿玛病危，本宫承继大统乃是名正言顺，有何不可？”
“太子，皇阿玛此时只是病危，而非殡天，此时您提前登基岂非被后人诟病不孝？且大军正在准格尔开战，军心一体，您在此时登基，岂非是临战换帅？这是军家大忌啊，若是因此导致军心不稳而战败，大哥定会以此为借口说您背父篡位，不顾天下苍生，得位不正，到时岂不是给了他反扑的机会？”
“那四弟的意思是，按兵不动，一切如常？”
“将士们在前线浴血奋战，太子殿下只要守好紫禁城，做好皇阿玛交代的事即可，皇阿玛若得胜归来，您仍是合格的储君，他的好儿子，大清未来的君主，但若皇阿玛龙御归天，那届时您继承大统也名正言顺，大哥也没有借口阻止，否则他就是谋逆。”
太子听闻胤禛之言，深觉有理，也实在因为他内心深处是不希望皇阿玛有事的，便因此作罢。
而一切也如同胤禛预测的那样，中军帐内，太医纷纷摇头，直郡王暴躁的将太医们骂了个遍，直言“皇阿玛要是不好了，你们都要陪葬！”
他内心是惶恐的，皇阿玛若是此时驾崩，自己远在准格尔战场，紫禁城那边完全被太子占尽了先机，若是太子敢提前登基，他便以谋逆之名清君侧，可若是皇阿玛真的在这儿殡了天，朝中大臣拥立监国的太子登基是名正言顺，自己图有军功却无人响应，岂不是任由他宰割。
皇阿玛不能有事！至少，不能此时有事！这是直郡王最本能的反应。
“你们这群饭桶！快给本王想办法！皇阿玛若是有个三长两短，本王废了你们！”直郡王对着太医又是一脚。
“胤禔....”康熙迷糊中微微睁开了眼，喊了一声。
“皇阿玛！儿子在呢！”直郡王一步上前，握住了康熙的手。
“皇阿玛！”胤佑风尘仆仆，自帘外而入，刚从战场归来，听闻皇阿玛不好了，胤佑将军队暂交给老丈人费扬古就直奔中军帐而来。他身后两个穿着破破烂烂的西洋人也被一同带了进来。
“皇阿玛！您这是怎么了！怎的几日就瘦成这样！”胤佑跪下握住康熙另一只手。
“小七啊....战况如何，费扬古....可是....胜了？”康熙艰难喘息着说出这句话，仿佛耗尽了他所有的气力。
“皇阿玛放心，噶尔丹已被打退，费扬古大人无事。”
“那就好，你们听着，朕的病，不可....不可告知将士们，若敢泄露，乱了军心，朕....定当不饶....”说完这句话，康熙无力的想闭上眼。
“皇阿玛！”胤佑慌忙喊道。
“皇阿玛，这两人是儿臣自战场上随手救下的西洋传教士，他们精通西洋医术，如今皇阿玛抱恙至此，与其拖着，不如叫他们瞧瞧？”
“不可！西洋医术我等并不熟悉，怎么能让他们随便动皇阿玛的龙体？万一看坏了岂不是后悔都来不及？！七弟，你魔怔了不成？竟敢拿皇阿玛的龙体开玩笑！”
“大哥！与其拖着，看皇阿玛越来越严重，不如让他们试试，难道咱们就看着皇阿玛这般难受而袖手旁观，坐视不管吗？！”
“我不是这个意思....”
“皇阿玛，儿臣已无他法，皇阿玛可愿一试？”胤佑不再理会狂躁的直郡王，直接凑近康熙耳边轻声道。
康熙迷迷糊糊，最后轻吐一个字“准。”
两个传教士被叫到了皇帝跟前，他们翻了翻皇帝的眼皮，又拿出一个工具插在自己耳朵里另一头放在了皇帝敞开的衣襟上，半刻，他们转而站起身，用不太流利的汉语磕磕巴巴地说道“皇帝陛下得的是疟疾，是经由蚊虫叮咬或喝了带疟原虫者的水而感染血液的一种病症。”
“可能治？”胤佑急道。
“能治，能治，我们国家有一种药，叫金鸡纳霜，可以治愈这种急症。”
“那烦请大夫快快用药吧！”
“不可！外邦的药，怎可直接给皇阿玛服用？万一出事怎么办？”直郡王阻止道。
小七与太子关系密切，感情甚好，谁知道他是不是受了太子嘱托，想趁机要了皇阿玛的性命，好让远在紫禁城的太子登基，他不能相信小七！
“大哥！讳疾忌医是大忌，你为何这般迂腐！”
“金鸡纳霜有一定的过敏反应，在注射之前我们也需要做过敏测试，否则是不能给病人用药的。”
“注射？何意？”直郡王问道。
“就是用针管，把药，打进血液里去，起效快，可以直接杀死细菌。”
“放肆！你们还敢伤龙体！来人！给本王把他们拉下去斩了！”
“且慢！皇上未发话，本王看谁敢！”胤佑站起来怒目直视将领。
两位都是王爷，谁也不敢放肆。
“其实，金鸡纳霜的过敏反应是遗传的，你们不放心可以找一个和皇帝陛下有血缘关系的人来试一试，他不过敏的话，大概率皇帝陛下也不会过敏。”西洋传教士说道。
直郡王听完皱了皱眉，没说话。
“那本王来吧，还请大夫施针。”胤佑闻言挽起了袖子。
随着针管扎入胤佑的血肉，一阵刺痛让胤佑皱了眉，一点点蓝色药剂被推入了胤佑的血管中，注射的周围立刻隆起了一个小包。
“好了，只要等待一会儿，身上没有起疹子和其他不舒服的反应就说明没有过敏了。”
胤佑闻言放下了袖子，他没注意到身后床上康熙微闭着的眼角，有一丝湿润。
又过了半刻钟，胤佑再次挽起袖子接受西洋传教士的检查，确认无误后，他们给康熙注射起来，这一次，直郡王没有阻拦。
用药两个时辰后，康熙显而易见的脸色好了些，又过了半个时辰，康熙退热了，腹泻的次数也明显减少了。
第二日，康熙接受了第二次注射，到了傍晚，人已经可以意识清醒的表达了。
到了第三日，注射了最后一针药剂的康熙已经可以坐起身用些稀粥面条了，太医把脉后直呼皇上洪福齐天，龙体已然在痊愈了。
而身在京城的太子得到消息，万分庆幸自己听了老四的劝阻。
随着康熙的康复，众人都松了一口气，尤其是胤佑。此时他真是无比想见到他的宜修，若不是出发前夜，宜修的一句“此去战场要好好照顾自己，若是太医不中用，试试其他医术也可，凡事不要迂腐拘泥小节，一切以康健为重。”提醒了自己，所以在救下那两个西洋传教士并且得知他们会医术的时候，便毫不犹豫的带到了皇阿玛面前。
“娇娘，多谢你，你真是我大清的福星啊。”胤佑望着浩夜星空，喃喃道。
康熙痊愈后，大军再次向准格尔内部挺进，五月十三，大清的西路大军再次进抵昭莫多，距特勒尔济三十里地扎营。
费扬古军队以逸待劳，将东阵兵陈于山上，一部份则沿土拉河布防于西面，骑兵主力隐蔽于树林中，以孙思克率绿营兵居中，先锋官年羹尧率四百精骑至准噶尔军营地挑战，诱其入伏。
噶尔丹果然上当，率残余部将勇士向清军阵地猛扑。清军居高临下，依险俯击，弩铳迭发，藤牌兵继之，每进则以拒马木列前自固。
准噶尔军受挫，乃下马力攻，冒矢铳鏖战，伤亡甚众，却仍不肯退兵。
费扬古军队见其后阵不动，知大多为妇女和牲畜所在，即令一部迂回横冲，一部袭其后阵，准噶尔军顿时大乱。
扼守山顶的直郡王和淳郡王乘势奋击，上下夹攻，斩杀三千余人，俘获数百人。噶尔丹之妻阿努可敦被击杀。
最后，噶尔丹只带了几十名骑兵脱逃。
康熙帝闻讯则带兵渡过黄河乘胜追击，这时候，敌方一个消息传来，伊犁已经被噶尔丹侄儿策妄阿拉布坦占领，众将士已拥护他为新的准噶尔领袖，策妄阿拉布坦听说清军来到，示好投降，愿意做清军的向导。
最终噶尔丹在众叛亲离的情况下，服毒自尽。
至此康熙平定噶尔丹叛乱之战终于结束，喀尔喀重新归属于大清版图。