建武十二年（公元36年 丙申年）
春天，正月，吴汉在鱼涪津打败公孙述的将领魏堂和公孙永，接着就去围攻武阳。公孙述派女婿史兴去救援，吴汉迎击，又把史兴打败，顺势进入犍为郡境内；各县城都据城坚守。刘秀下诏让吴汉直接攻打广都，占据公孙述的要害之地。吴汉于是进军攻打广都，拿下了它，还派轻骑兵去烧毁了成都市桥。公孙述的将领们十分恐惧，日夜有人叛离，公孙述就算诛杀叛离者的全家，也没办法阻止。刘秀一心想让公孙述投降，又下诏劝他说：“别因为来歙、岑彭被害就心生疑虑，现在及时前来归降，你的宗族还能保全。这诏书可是我亲手写的，这样的机会不会有很多次。”但公孙述始终没有投降的意思。
秋天，七月，冯骏攻下江州，俘获了田戎。
刘秀告诫吴汉说：“成都有十多万人，可不能轻视。你只要稳稳地占据广都，等他们来进攻，千万别主动和他们硬拼。要是他们不敢来，你就转移营地逼近他们，等他们疲惫了，再发动攻击。”吴汉却趁着胜利的势头，亲自率领两万步兵和骑兵进逼成都；在离成都城十多里的地方，靠着长江北岸扎营，还搭建了浮桥，让副将武威将军刘尚率领一万多人驻扎在长江南岸，两座营地相距二十多里。刘秀得知后十分震惊，责备吴汉说：“之前给你下了那么多指令，你怎么临到事情就乱了套！既轻敌深入，又和刘尚分开扎营，一旦有紧急情况，根本来不及互相救援。敌人要是出兵牵制你，再派大军攻打刘尚，刘尚一败，你也就完了。幸好现在还没出大事，赶紧带兵撤回广都。”诏书还没送到，九月，公孙述果然派大司徒谢丰、执金吾袁吉率领十多万人，分成二十多个营，出兵攻打吴汉，又派别的将领率领一万多人去袭击刘尚，让他们无法相互救援。吴汉和他们大战一天，战败后逃进营垒，谢丰趁机包围了吴汉。吴汉于是召集各位将领激励他们说：“咱们跨越艰难险阻，转战千里，好不容易深入敌人腹地，到了他们城下，可现在我和刘尚两处受围，形势隔绝，这祸事可不小。我想悄悄带兵到南岸和刘尚会合，集中兵力抵御敌人。要是大家能齐心协力，各自为战，就能立下大功；不然的话，必定全军覆没。成败就在此一举了。”将领们都说：“好！”于是给士兵们开饭，喂饱战马，关闭营门三天不出，还多插了很多旗帜，让烟火一直不断，到了夜里，士兵们嘴里衔着枚（防止出声），悄悄带兵和刘尚的军队会合。谢丰等人没有察觉，第二天，他们分出一部分兵力在北岸抵御，自己亲自率军攻打南岸。吴汉出动全部兵力迎战，从清晨一直打到午后，终于把谢丰的军队打得大败，斩杀了谢丰和袁吉。之后吴汉带兵撤回广都，留下刘尚抵御公孙述，并把情况详细上奏，还狠狠地责备了自己。刘秀回复说：“你撤回广都，做得很合适，公孙述肯定不敢绕过刘尚来攻打你。要是他先攻打刘尚，你从广都带着全部步兵和骑兵，五十里的距离赶过去救援，正好能赶上他们危急困难的时候，一定能打败他们！”此后，吴汉和公孙述在广都和成都之间交战，八战八胜，于是把军队开到了成都外城。臧宫攻下绵竹，又攻破涪城，斩杀公孙恢；接着又攻下繁县和郫县，和吴汉在成都会师。
李通想避开权势，请求退休回家。过了两年，刘秀才同意他上交大司空的印绶，让他以特进的身份参加朝会。后来有关部门上奏要给皇子们封爵，刘秀感激李通最早参与谋划重大决策，当天就封李通的小儿子李雄为召陵侯。
公孙述陷入困境，着急地问延岑：“这事儿该怎么办啊！”延岑说：“男子汉应当在绝境中求生，哪能坐以待毙呢！财物很容易聚集，别舍不得。”公孙述于是把金银财宝都拿出来，招募了五千多敢死之士交给延岑指挥。延岑在市桥假装树立旗帜，击鼓挑战，却暗中派奇兵绕到吴汉军队后面发起袭击，把吴汉打得大败，吴汉掉进水里，拉着马尾才得以脱险。此时汉军只剩下七天的粮草，还暗中准备好了船只，打算逃跑。蜀郡太守南阳人张堪听说后，急忙去见吴汉，劝说他公孙述必败，不应该退兵。吴汉听从了他的建议，故意示弱来引诱敌人。冬天，十一月，臧宫驻军在咸阳门；戊寅日，公孙述亲自率领几万人攻打吴汉，派延岑抵挡臧宫。双方展开大战，延岑三战三胜，从清晨打到中午，士兵们都没吃饭，疲惫不堪。吴汉趁机派护军高午、唐邯率领几万精锐士兵发动攻击，公孙述的军队大乱；高午冲进敌阵，刺杀公孙述，刺穿了他的胸部，公孙述坠马，左右侍从把他抬进城里。公孙述把军队交给延岑指挥，当天夜里就死了；第二天一早，延岑献城投降。辛巳日，吴汉杀光了公孙述的妻子儿女，把公孙氏家族斩尽杀绝，还灭了延岑的族，然后放任士兵大肆抢掠，焚烧了公孙述的宫殿。刘秀得知后非常生气，责备了吴汉。又责备刘尚说：“成都城投降都三天了，官吏百姓都已顺服，老老小小，数以万计，你们却突然放任士兵放火抢掠，听着都让人心酸。你刘尚是宗室子孙，又曾经担任过官职，怎么忍心做出这种事！抬头看看天，低头看看地，想想秦西巴放了小鹿和乐羊喝儿子肉羹这两件事，哪个更仁义？你们这样做实在是失去了斩杀敌将、安抚百姓的大义啊！”
当初，公孙述征召广汉的李业做博士，李业坚决称病不出来。公孙述觉得请不动他很丢脸，就派大鸿胪尹融带着诏书去威胁李业，说：“你要是出山，就封你公侯之位；要是不出山，就赐你毒酒。”尹融劝说道：“如今天下分崩离析，谁知道是非对错呢，你何必拿自己这小小的身躯去试探那不可测的深渊呢！朝廷仰慕你的名声品德，为你空着官位，到现在已经七年了，四季的珍贵礼物，都没有忘记给你送去；你应该对上侍奉知己，对下为子孙考虑，这样既能保全自身又能留下好名声，不也挺好的嘛！”李业叹息着说：“古人说危险的国家不进入，混乱的国家不居住，就是这个道理。君子遇到危险，会不惜牺牲生命，怎么能用高官厚禄来引诱我呢！”尹融说：“你应该叫家里人来商量商量。”李业说：“我自己心里早就做了决定，何必和妻子儿女商量！”于是喝下毒酒死了。公孙述怕担上杀害贤人的名声，派使者去吊唁祭祀，还赠送了一百匹布帛，李业的儿子李翚逃走了，推辞不接受。公孙述又征召巴郡的谯玄，谯玄也不去；公孙述也派使者拿着毒药去威胁他，太守亲自到谯玄家里，劝他听从命令，谯玄说：“我要保全自己的志向和高洁的品格，就算死了又有什么遗憾的！”于是准备喝下毒药。谯玄的儿子谯瑛哭出血来，向太守磕头，愿意拿出家里的千万钱财来赎父亲的命，太守为他向公孙述求情，公孙述答应了。公孙述又征召蜀郡的王皓、王嘉，怕他们不来，先把他们的妻子儿女抓起来，使者对王嘉说：“赶紧收拾行装，这样你的妻子儿女就能保全。”王嘉回答说：“狗和马都知道主人，何况是人呢！”王皓先自刎，把自己的头交给使者。公孙述大怒，就杀了王皓的家属。王嘉听说后叹息道：“我比他慢了一步啊！”于是对着使者也拔剑自杀了。犍为的费贻不肯为公孙述效力，就用漆涂满身体，假装患癞病，装疯来躲避征召。同郡的任永、冯信都假装双目失明来拒绝征召。刘秀平定蜀地后，下诏追赠常少为太常，张隆为光禄勋。谯玄已经去世，刘秀用中牢的礼仪祭祀他，下令当地官府归还谯家的钱财，还在李业居住的里巷立表旌表。征召费贻、任永、冯信，正好任永、冯信因病去世，只有费贻出来做官，做到合浦太守。刘秀认为公孙述的将领程乌、李育有才干，都提拔任用了他们。于是蜀地的人都很高兴，没有不归心朝廷的。
当初，王莽任命广汉人文齐为益州太守，文齐教导百姓务农，训练军队，使各个夷族部落归降，相处十分融洽。公孙述掌权时，文齐坚守险要地势抵抗，公孙述扣押了他的妻子儿女，答应封他为侯，文齐也不投降。听说刘秀即位后，他派人从小路去通报自己的情况。蜀地平定后，文齐被征召为镇远将军，封成义侯。
十二月辛卯日，扬武将军马成代理大司空的事务。
这一年，参狼羌和其他部落侵犯武都，陇西太守马援打败了他们，投降的有一万多人，从此陇右地区安定下来。马援致力于广施恩信，宽厚对待下属，让官吏们各司其职，自己只抓大事，因此他的宾客和老朋友每天都挤满了他家门。各部门的官吏有时来汇报外面的事情，马援就说：“这是丞、掾他们的职责，哪用得着来麻烦我！可怜可怜我这老头子，让我能悠闲自在些。要是大族欺负小民，或者狡猾的官吏不听从命令，这才是我太守该管的事。”邻县曾经有人报仇闹事，官吏百姓惊慌地传言羌人反叛了，百姓们都往城里跑，狄道县长跑到马援家门口，请求关闭城门，发兵抵御。马援当时正和宾客喝酒，大笑着说：“那些贼寇哪敢再来侵犯我们！你去告诉狄道县长，回去守好他的官署。实在害怕得不行的，就躲到床底下去。”后来事情渐渐平息，郡里的人都很佩服他。
刘秀下诏说：“边境的官吏如果力量不足以作战就坚守，追击敌人、判断敌情的时候，不要用逗留不进的法律来约束他们。”
山桑节侯王常、牟平烈侯耿况、东光成侯耿纯都去世了。耿况生病的时候，刘秀多次亲自去看望，还任命耿弇的弟弟耿广、耿举同为中郎将。耿弇兄弟六人都身佩青紫印绶，在病床前侍奉医药，当时的人都觉得这很荣耀。
卢芳和匈奴、乌桓联合兵力，多次侵犯边境。刘秀派骠骑大将军杜茂等人带兵镇守北方边境，修整飞狐道，修筑堡垒，建造烽火台，和匈奴、乌桓大大小小打了几十上百次仗，始终没能取胜。
刘秀下诏让窦融和五个郡的太守到京城朝见。窦融等人接到诏书就出发了，他们的下属、宾客跟随一起，车马有一千多辆，马牛羊遍布郊野。到了京城后，他们到宫门前，上交印绶。刘秀下诏派使者把侯爵的印绶还给他们，召见他们，给予丰厚的赏赐和恩宠，轰动了整个京城。不久后任命窦融为冀州牧。又任命梁统为太中大夫，姑臧县长孔奋为武都郡丞。姑臧在河西地区是最富饶的，天下还没平定的时候，很多人不注重自身操守，在姑臧县任职的人，不到几个月就能积累大量财富；孔奋在职四年，一直努力保持清正廉洁，被众人嘲笑，大家觉得他身处富庶之地却不懂得给自己捞好处。等到他跟随窦融到京城朝见时，其他郡守、县令携带的财物装满了车辆，连绵不绝；只有孔奋没有财物，独自一人驾车赶路，刘秀因此奖赏了他。刘秀任命睢阳令任延为武威太守，亲自召见他，告诫说：“要好好侍奉上级官员，不要坏了自己的名声。”任延回答说：“我听说忠诚的臣子和上级不会一味附和，一味附和的臣子不忠诚。履行正道，奉公守法，这是臣子的节操；上下一味雷同，可不是陛下的福气。好好侍奉上级官员，这道诏令我不敢接受。”刘秀感叹地说：“你说得对！”
评论
建武十二年，刘秀政权在统一进程和国家治理上都迎来了重要节点。
军事方面，刘秀对公孙述的征伐终获成功。吴汉起初因轻敌深入、分营扎寨而陷入困境，但在危机中他能冷静应对，与刘尚合兵击败谢丰，此后与公孙述交战多次取胜。然而，吴汉在成都城破后的屠城抢掠行为，严重违背了刘秀安抚百姓的初衷，反映出部分将领在胜利后的失控，也凸显刘秀对维护军纪和安抚民心的重视。公孙述虽负隅顽抗，但其手下如延岑等将领也展现出一定抵抗能力，只是大势已去。臧宫一路攻城略地，与吴汉会师成都，为平定蜀地立下战功。
政治层面，李通主动避权势，刘秀对其不忘旧情，体现出君臣之间复杂而微妙的关系。刘秀对蜀地人才的任用政策颇为明智，无论是追赠常少、张隆，还是提拔程乌、李育，都有助于稳定蜀地人心，促进地区融合。而对窦融等人的厚待，既彰显皇恩，又能拉拢地方势力，巩固统治。
在地方治理上，马援在陇右展现出卓越的治理能力，他宽待下属、恩信并举，有效应对羌人之乱，稳定了当地局势。任延敢于直言拒绝刘秀“善事上官”的告诫，体现了其坚守正道的品质，也反映出刘秀政权内部对官员操守的探讨与重视。
边疆事务依旧严峻，卢芳联合匈奴、乌桓侵扰边境，杜茂虽多次征战却未能取胜，表明东汉初期边疆防御面临较大挑战。总体而言，这一年刘秀政权基本完成对蜀地的统一，在政治、军事、地方治理等多方面不断调整完善，但仍需应对边疆安全等问题，为国家的长治久安继续努力。