宇宙恢复平静后的第三十七个星日，新生的蓝星表面波光粼粼，这座重建的星球被选为纪念陆辰的圣地。林小羽伫立在高耸入云的创世碑前，指尖轻轻摩挲着碑面上陆辰的浮雕，金色眼眸中泛起水雾。碑身由三神器共鸣时散落的星屑铸就，在阳光下流转着创世的光辉，仿佛在诉说着那场惊心动魄的决战。
“他本该亲眼看看这重归安宁的宇宙。” 苏晴的声音从身后传来，青铜吊坠不再发烫，却始终散发着柔和的微光，如同陆辰留下的守护。艾克斯的机械躯体已完成修复，新增的金色纹路与创世碑遥相呼应，他调出全息星图，语气沉重：“虽然百目之主已灭，但宇宙各处仍有混沌能量残留，部分星域的引力场至今还在异常波动。”
星耀联盟与暗渊遗族组成的联合议会正在召开重建会议。巨大的环形会议桌旁，艾琳抚摸着旗舰的残骸碎片，眼中满是疲惫：“半数舰队在战斗中损毁，资源补给线也濒临崩溃。” 暗渊遗族首领的触须轻轻摆动：“我族愿意开放部分星域的熵能矿脉，但我们需要星耀联盟的科技协助修复圣殿。”
然而，表面的平静下，暗流正在悄然涌动。在宇宙边缘的 “永夜星域”，一团漆黑如墨的物质突然剧烈翻滚，从中探出一只布满鳞片的巨爪。爪尖滴落的黑色液体腐蚀着周围的陨石，空气中回荡着低沉的嘶吼：“百目... 不过是弃子... 真正的混沌... 即将苏醒...”
林小羽在巡查时，突然感受到一股熟悉的波动。她驾驶战机追至一片陨石带，发现这里的陨石表面竟生长着暗紫色的晶体，晶体的律动频率与天籁之弦产生共鸣。“这不可能...” 她将光刃抵在晶体上，却见晶体突然渗出黑色雾气，凝聚成黑袍人的虚影。
“别来无恙啊，林小羽。” 虚影发出沙哑的笑声，“陆辰以为牺牲自己就能终结一切？混沌的意志永存于宇宙的缝隙中。看到那些晶体了吗？它们是百目之主留下的‘混沌孢子’，当孢子数量达到临界点...” 虚影未说完，便被林小羽的光刃斩碎，但那些暗紫色晶体依然在疯狂生长。
与此同时，苏晴在研究青铜吊坠时，发现了一段被隐藏的符文。当她将吊坠贴近创世碑，符文投影出一个陌生的星域坐标，那里正是混沌孢子出现的永夜星域。“原来陆辰在献祭前，就已经预感到了危机。” 她的手微微颤抖，立刻将消息传给同伴。
艾克斯在分析晶体样本时，脸色骤变：“这些孢子不仅在吞噬周围能量，还在篡改空间法则！如果放任不管，整个宇宙都会被同化成混沌领域！” 他调出模拟画面，只见暗紫色的浪潮以惊人的速度吞噬着星球，与当初百目之主的攻势如出一辙。
联合议会紧急召开会议，气氛凝重得仿佛能拧出水来。“我们必须主动出击。” 林小羽握紧拳头，金色残羽再次燃起火焰，“不能让陆辰的牺牲白费。” 暗渊遗族首领点头：“我族会派出精锐战士，启动‘熵能净化阵列’协助作战。” 艾琳却面露难色：“可我们的武器对混沌孢子根本无效，该如何是好？”
就在众人一筹莫展时，创世碑突然爆发出强烈的光芒。一道熟悉的虚影从中浮现，正是陆辰！他的身体半透明，周身环绕着创世三神器的光辉：“我的牺牲唤醒了神器的本源力量，在永夜星域的核心，沉睡着三神器的终极形态 —— 创世星核。只有集齐星核碎片，才能彻底净化混沌孢子。”
虚影消散前，陆辰的目光落在林小羽身上：“小羽，你与光刃的共鸣最深，星核碎片的其中之一，就在光刃的残片里。” 林小羽闻言，取出早已残破的光刃，只见刃中果然藏着一块散发微光的碎片。艾克斯立刻分析：“根据能量波动，另外两块碎片应该在青铜吊坠和我的机械核心中！”
当三块碎片拼凑在一起的刹那，整个宇宙都为之震颤。创世星核在众人手中缓缓成型，它如同缩小的宇宙，星系在其中流转，秩序与混沌的力量在核心处完美平衡。“出发吧，这一次，我们将彻底终结混沌的威胁。” 林小羽高举星核，金色光芒照亮了众人坚定的脸庞，一场新的征程，就此拉开帷幕......