根据空木博士指引，天宇一行人朝着白银山的保护区出发。刚刚进入白银山，天空中飘下来一只迷路的未知图腾，刚好砸到了小霞头上。
这一砸让小霞了解到了未知图腾所在的世界，于是众人便决定帮助未知图腾寻找他所在的神秘世界，期间偶然在未知图腾的帮助下，众人走进了由基拉的内心世界。
在这里众人知道了当初是谁偷走了由基拉的蛋，也明白了由基拉的内心有多么痛苦。最后在小智的呼唤下，由基拉清醒了过来，也对众人放下了戒备，接受了大家。
紧接着众人继续赶路，走进白银山保护区后，来到一座吊桥边。小刚看着地图，寻找武藤所在的神奇宝贝保护中心。
一瞬间，由基拉像是感应到了什么一般，径直往吊桥对面的森林跑去。天宇一行人不论怎么呼喊由基拉都没有反应，没有办法，天宇等人只好追了过去。
来到森林后，幼基拉斯的精神变得极为欢快，对四周没有任何恐惧，似乎彻底解开了心结。
“由基拉这小子真的很高兴啊。”
“由基拉他知道自己已经回到故乡了吗？他在这里的时候还只是一颗蛋啊。”
“他可以从蛋里面看到周围，感受到周围，所以来到这里，他马上就知道了。”
“小智说的没错，神奇宝贝即使还处于未孵化状态，也是可以感应外界情况的。”
一行人边走边聊，跟着幼基拉斯往森林的深处走去时，不远处正有一辆奇怪的车子盯着由基拉。
车辆内坐着三个男子，正是当初偷走由基拉蛋的三个神奇宝贝猎人。
“古尔大哥，发现由基拉了！”
“和他在一起的皮卡丘也抓过来吧。”
左右一胖一瘦两个人正准备对由基拉和皮卡丘进行抓捕，但被坐在中间的人阻止了。
“操之过急可是会坏事的，欲速则不达，我自有考虑。”
坐在中间的古尔一副胜券在握的样子，左右两边的小弟赶忙上前拍马屁。
“真不愧是大哥。”x2
随着天宇一行人深入森林，四周传来一阵愤怒的吼叫声。小刚和小霞害怕的后退，但天宇和小智自从成为虹之勇者之后，就明显能感应到神奇宝贝声音中传来的意思。
“这个声音，是班基拉斯，恐怕就是由基拉的母亲。”
小智也听出其中的含义，激动地来到由基拉身后。
“太好了，由基拉你听到没有，你的妈妈来了。”
随着声音越来越近，一道巨大的绿色身影走来，正是由基拉的最终进化型，班基拉斯。
精灵：班基拉斯
属性：岩石、恶
招式：恶之波动、以牙还牙。。。
等级：71
特性：扬沙
资质：冠军
众人注意到班基拉斯身上的伤口，在由基拉的记忆里，他的母亲也有一样的伤口。由此可以断定，这只班基拉斯一定是由基拉的母亲。
众人让由基拉上前与母亲相认，但班基拉斯似乎将天宇一行人当做之前抢走由基拉的坏人了，一发破坏死光打了上去。
危急时刻，小智使出波导之力创造护盾，挡住了破坏死光。
这段时间小智也在自己摸索波导之力，已经逐渐掌握住这股力量，虽然还不能像发射波导弹那样随心所欲，但在关键时刻制造护盾还是可以的。
在小智阻挡住班基拉斯攻击的时候，天宇也使出常磐之力安抚住班基拉斯，同时让由基拉慢慢靠近对方，以此来证明自己不是神奇宝贝猎人。
由基拉慢慢靠近班基拉斯，班吉拉斯在看到幼基拉斯后眼神不再凶狠，变得温柔起来。
随着由基拉逐渐靠近，班基拉斯的眼角露出了泪花，由基拉也忍不住哭了出来。
天宇不好打扰这段母子重逢的戏码，只要持续使出常磐之力安抚住对方，方便之后解释。
眼看母子俩就要相拥在一起，一道大网飞了过来，目标正是班基拉斯。
“皮卡丘，使用铁尾。”
“皮卡。”
大网即将射中班基拉斯的前一刻，皮卡丘及时使出铁尾破坏了网子。
早在进入森林之前，天宇和小智就察觉到躲在暗处的神奇宝贝猎人。只不过天宇不想打草惊蛇，所以才没有让小智直接动手，等他们暴露之后更好解决。
“可恶，你们居然敢破坏我精心制作的神奇宝贝捕捉袋！”
眼看自己的计划被破坏了，古尔气的咬牙切齿。但就在他想要发怒的时候，班基拉斯显然认出了对方的身份，被他们攻击的伤口再次痛了起来，一怒之下发射破坏死光打向古尔三人组。
被瞄准的古尔赶忙躲回车里，同时让手下两个小弟继续发射网子捕捉神奇宝贝。
天宇本来准备动手的，但班基拉斯先一步使出破坏死光，由基拉也跟着使出了破坏死光。两发破坏死光下，对方的网子全部都被毁了。
眼看计划失败了，古尔也只能撤退，临走之前还不忘对他们放狠话。
“可恶，你们给我记住，下次再被我们发现，我绝对不会放过你们的！”
古尔等人正准备撤退，可惜还没行动就被拦住了。早在一开始天宇将让波士可多拉和尼多王潜伏在暗处，等对方想要逃离之后再出手拦住。
两只神奇宝贝共同出手，直接将整辆车翻了过来，小智再让皮卡丘补上一发十万伏特，车子瞬间报废，古尔三人也一块被抓住了。
将吉尔三兄弟捆住后，一辆摩托车出现在天宇一行人身后。摩托车上是一位戴着墨镜的女子，背后还坐着一只蓝鳄。
“你们是什么人，为什么会出现在神奇宝贝保护区？不知道这里是禁止外人进入的吗！”
见到女子的容貌，小刚再一次犯起了花痴，上前握住女子的手深情告白。
“美丽的小姐，你一定就是神奇宝贝保护官武藤小姐。”
见小刚兴奋地样子，武藤有些害怕，下意识的点了点头。
为了防止问题变得更加麻烦，小霞赶忙上前捏住小刚的耳朵将其拉开。天宇拿出了自己的证明，同时也说出了空木博士的委托，武藤听后这才松了口气。
“原来你就是天宇博士，幸会。刚刚空木博士才联系我，说你们差不多到了，没想到竟然会在这里见到你们。”
解释清楚后，天宇又将古尔和他的小弟交给武藤。由基拉也顺利送回了家，天宇一行人准备继续踏上旅程，之后就要挑战白银大会了。
临走之前，由基拉上前抱住小智，这一路的陪伴早已让由基拉习惯了小智陪在身边，现在要分离他根本舍不得。
小智也十分不舍由基拉，但小智也知道，班基拉斯好不容易和孩子重逢，她更需要孩子的陪伴。
“由基拉，我向你保证，等我们打完白银大会之后，一定会回来接你的。到时候，我们再一起去旅行。”
由基拉听后，这才松开了小智。告别由基拉，小智再三保证，一定会回来接他的。但天宇知道，小智最后肯定会忘，这一次有他提醒，决不能让他再忘了。