就在杨行密斩获宣州大捷的同时，孙儒也动手了。直接攻打杨行密的根据地庐州，蔡俦不战而降，庐州沦陷。
十月，杨行密派大将田頵进攻常州（江苏常州）。田頵安排部分士卒佯装攻城，其他人则从城外向城内挖掘地道，一个月后地道挖通。
当天半夜，众多旌旗、甲兵，突然从常州制置使杜棱的寝室钻出，杜棱在目瞪口呆之下被生擒活捉。田頵遂率三万士卒戍守常州。
十二月二十一日，孙儒从扬州引军渡过长江。二十五日，攻向常州，田頵力战不敌只得弃城而逃。孙儒派刘建锋戍守常州，自行返回扬州。刘建锋又乘胜夺占润州（江苏镇江市润州区），刺史成及逃遁。
江淮一带的藩镇，战斗力普遍不强，基本上只能满足戍防需要，很少参与朝廷组织的机动支援作战。这也是之前裘甫、庞勋、黄巢等贼寇一旦挺进南方，往往势如破竹的原因所在。
田?位列南吴“三十六英雄”，是杨行密麾下猛将，遇到孙儒这些从北方来的悍将，却连招架之功都没有！
大顺元年（890年）正月，剿灭黄巢残部秦宗权的朱全忠，指派大将庞师古以救援杨行密为名，从颍上（安徽阜阳辖县）出发直奔淮南。
庞师古所部对外号称十万，渡过淮河后，一举攻克天长（安徽滁州市天长）。
庞师古来自忠武军，是当年威震关中的“忠武八都”之一，与秦宗权、孙儒、刘建锋，以及占据西川建立前蜀的王建，都是曾经的同事。
正月二十日，庞师古进占高邮，逼近扬州。
二月十三日，孙儒与庞师古在陵亭（江苏泰州兴化南三十里）大战，庞师古战败，率军退出淮南。
庞师古这种浅尝辄止的试探性打法，很可能是在为朱全忠下步经营淮南做准备，但却在客观上帮了杨行密的大忙。
杨行密没有错过这千载难逢的机会，派将领马敬言率军五千，重新夺回润州(江苏镇江市润州区)；李友率军两万屯驻青城，进逼常州；安仁义、刘威、田?三将合力于武进（江苏镇江东南十八里），击败刘建锋。
马敬言、安仁义、刘威屯驻于润州，刘建锋退出常州。
八月十三日，孙儒再攻润州，马敬言等据城死战；杨行密所部将领李友，进占苏州。
十月，杨行密派将领张行周为常州制置使。刘建锋第二次攻占常州，并出兵包围苏州，张行周战死。
十二月，孙儒攻陷苏州，杀死李友。马敬言、安仁义等闻讯大感恐慌，焚毁润州民舍，趁夜逃遁。孙儒派沈粲驻守苏州，归传道驻守润州。
孙儒、杨行密像一对拳击手般，在苏、常、润三州之间的舞台上殊死角逐。经过近一年较量，孙儒略占上风，保持着主动进攻的势头；而杨行密则步步为营，虽落下风却也并未崩盘。
大顺二年（891年）正月，孙儒集结全部主力渡江，从润州向南转战而前。
田頵、安仁义屡败，杨行密沿途所属各城池、营寨、堡垒均望风溃散。
正月二十二日，孙儒前锋将领李从立，孤军深入至宣州城东的宛溪。杨行密守备未竣，军中上下惶恐异常。
夜晚，杨行密派大将台蒙，率五百人屯驻宛溪西侧。台蒙让部众冒充军队行军，不停大声呼喊传令。李从立误以为是大军将至，引兵退去。
孙儒一部抵达溧水（江苏南京溧水区），杨行密将领李神福佯装畏怯向后退却，趁其松懈连夜发兵袭击，俘斩千余人。
四月，杨行密派大将刘威、朱延寿率兵三万在黄池（安徽当涂县境）设防阻击，被孙儒打得大败，黄池失守。
五月，黄池爆发水灾。大水浩荡而下，冲垮了孙儒营寨，孙儒只得退守扬州。临行前，派将领康暀、安景思分别戍守和州（安徽省和县）、滁州，杨行密随即派李神福一举收复了和、滁二州。
七月，朱全忠派使者过来与杨行密约好合攻孙儒。
孙儒仗恃兵力强盛，计划先灭杨行密，再与朱全忠角逐。于是通告天下藩镇，列举杨行密、朱全忠罪状，并声称：“待我平定杨行密、朱全忠二贼，再率军入朝，诛除君王身边小人。”
为了体现背水一战的决心，孙儒放火焚毁扬州，驱赶城内壮丁、妇女渡江，老弱残幼全部杀掉充做口粮。
杨行密待他们离开扬州，秘密派将领张训、李德诚进入城内灭掉余火，抢救出数十万斛还没烧毁的粮食赈济饥民。
七月十八日，孙儒自苏州出发，在距宣州一百四十余里的广德（安徽广德县）扎下营盘。杨行密率军迎战，被孙儒包围，幸得将领李简率百余精锐拼死力战，攻破孙儒阵营，这才逃出生天。
十二月，疯狂的孙儒又将富庶的苏、常二州付之一炬，进逼宣州（安徽省宣城市宣州区），旌旗招展绵亘百余里。
杨行密屡败之下不得不向镇海军（治所位浙江杭州）节度使钱镠求援。
钱镠也是乱世英豪，后来当上了吴越国的开国君主，与杨行密惺惺相惜。他自然不愿让孙儒这个杀人狂占据江淮，趁孙儒放弃苏州出兵进占，支援杨行密拒敌。
景福元年（892年）正月，杨行密在孙儒大军逼迫下，想要弃守宣州，退守铜官（安徽铜陵市西）。
将领刘威、李神福劝道：“孙儒远道而来毫无基础，必想速战速决。我当凭借险要坚壁清野，待其师老兵疲，用骑兵断其后路，让他求战不得，求退不能，必可将他斩于淮南。”
戴友规也进言：“孙儒与我们相持数年，胜负参半。现今集中全部主力与我决死一战，我如望风而退，就中了他的计策。淮南士民随您来到宣州，以及从孙儒军中投降而来的人有很多，您应先派军队将他们送回故土，让他们各复其业。如此以来，孙儒军中的淮南人士必有思乡之情。人心既散，他又怎能不败。”
杨行密听了他们的意见非常高兴，立即让他们分头落实。
正月十二日，孙儒率军包围宣州。为彻底弄死杨行密，孙儒让驻守常州的铁哥们刘建锋一同攻城，刘建锋临行前留下将领陈可言率千余人驻守常州。
杨行密将领张训自扬州突袭常州，陈可言仓促应战，被张训亲手杀死，占据常州。杨行密又派将领夺占润州，孙儒在淮南所占地盘尽失，只剩下宣州城外一座大营。
四月，形势开始逆转。杨行密屡胜孙儒，攻破了他的广德大营（安徽宣城市广德县）。
张训又屯驻安吉（浙江省湖州市），切断了孙儒粮道。孙儒所部既无粮可食，又遇到瘟疫爆发，伤亡惨重。
六月初六，杨行密率众向孙儒发起总攻。战斗发起时天降大雨，彪悍凶残的孙儒部众早已无心恋战，各自溃亡。
安仁义率骑兵踏破孙儒营寨五十余座，田頵在阵中生擒骑马逃遁的孙儒，将他就地斩首。
孙儒部众大多归降杨行密，其他七千余人则跟着刘建锋、马殷向南逃往洪州（江西南昌）。
马殷后来统一了湖南全境，做了南楚王。
六月二十五日，杨行密率众自宣州出发，重返扬州。
扬州富庶甲天下，当时人称扬州第一、益州（四川成都）第二。这次惨遭秦彦、毕师铎、孙儒、杨行密兵火荼毒，江淮之地，东西千里毫无所留。
八月，朝廷任命杨行密为淮南节度使，杨行密自此成为淮南一带的合法统治者。
从孙儒那里投降过来的士卒，大多是蔡州人（河南驻马店汝阳县），勇悍善战。杨行密从中选拔了五千名体格尤为健壮的士卒另组一军，给他们丰厚的待遇和赏赐，让他们用黑衣蒙甲，号称“黑云都”。
每次作战，都把他们当成锋锐的尖刀，派在最前面冲锋陷阵，淮南四境之敌极为畏惧。
杨行密因经费紧张，想用茶、盐换取民众布帛。掌书记高勖提议：“现在战争刚刚结束，坊间十室九空，如果再去抢夺民众财物，那是逼他们造反！不如拿我们有的，去邻近藩镇交换我们没有的，完全可以保障军队所需。同时，选拔贤良爱民的官员鼓励民众耕植，这样不出数年仓库就能丰实起来。”
杨行密听从了他的意见，田?闻讯赞叹：“这才是利在长远的事情！”
杨行密的骑射、武技都不算高明，但他为人宽和质朴，有大智慧，善于统驭将士，肯与他们同甘共苦。能够推心置腹的待人接物，从不猜忌他人。
一天早上，随从将他坐骑上的镶金马络头拿去卖了。他知道后并未过问，第二天马络头原封不动的归还回来，人们都佩服他的度量。
淮南罹患战火六年，士民们或避难他乡，或死于非命。杨行密刚任职时，赏赐给有功将吏的物资，不过数百文、几尺布。
他本人勤俭节约，招抚流民，轻徭薄役，不及数年，淮南便恢复了往日的繁华富庶，成为乱世中的“桃源”。