小刚将即将要发生的事情全部告知了达摩斯，达摩斯道：“原来如此！你们从未来而来不就是想要将真正生命宝玉归还给阿尔宙斯吗？我现在只知道生命宝玉在奇辛的手里，剩下的就......”
“当时米季纳的土地受到了严重的损伤，是阿尔宙斯的帮助才让这片土地变得富饶。我怎么可能会伤害我们的恩人呢！”
小智道：“达摩斯先生，你拥有超克之力对吧！现在请让我们助你一臂之力，夺回生命宝玉。”
希娜还是太单纯了，三言两语就被奇辛诓骗，奇辛给了希娜假的生命宝玉让她去归还，小智用达克莱伊的黑洞将人一路放倒，来到了之前的那座大殿里。
日蚀开始了，希娜拿着权杖来到了阿尔宙斯面前，希娜道：“我是希娜，我来归还生命宝玉。”
阿尔宙斯问道：“达摩斯呢？”
希娜道：“达摩斯准备背叛你，所以就由我来归还！”
一旁的达摩斯扶额道：“小智这就是我的后代吗？真是天真的可以！”
小智无奈道：“我也没有想到希娜小姐这么容易就相信了奇辛。”
希娜将权杖递给阿尔宙斯的时候，里面居然是空的。奇辛一声令下，电系宝可梦们同时使用了电系的绝招。
阿尔宙斯愤怒道：“你竟然敢欺骗我！”
“倒下银之水！”
银色的液体从四面八方涌出，阿尔宙斯被液体击中落入了大殿的地下牢笼中，银色的液体瞬间凝固困住了阿尔宙斯的脚，限制住了它的行动，电系绝招再次攻向阿尔宙斯。阿尔宙斯发出痛苦的叫声。
奇辛从怀中拿出了生命宝玉，对希娜道：“希娜小姐，生命宝玉是不可能还给阿尔宙斯的！”
希娜才明白她被骗了，道：“你一直都在骗我对吧！”
奇辛笑道：“我还要感谢你告诉我未来发生的事情。多亏你，未来才能改变！”
奇辛想要将希娜也一起用银之水毁灭，千钧一发之际，达摩斯拉住了希娜的手，救了她。希娜与达摩斯的超克之力交汇，才知道了她误会了达摩斯。希娜自责道：“我闯下了大祸！”
达摩斯道：“这件事总要有人去做，说到错要是我一开始就发现奇辛的野心，也不会这样。小智已经去抢回生命宝玉了！”
小智道：“梦幻，精神强念，皮卡丘，铁尾！”
皮卡丘的铁尾直接就将青铜钟给废了，梦幻使用精神强念与席多蓝恩缠斗了起来，皮卡丘解决完了青铜钟后，就加入了梦幻的战局，冠军级的皮卡丘与神兽级的梦幻联手，也够席多蓝恩喝一壶的了。
“皮卡丘，十万伏特，梦幻，水炮！”
两只的绝招完全压制住了席多蓝恩的熔岩风暴，梦幻进接着用精神强念使得席多蓝恩失去了战斗能力。神出鬼没的梦幻身影，将奇辛手里的生命宝玉拿到了小智手里，小智将其放进系统空间里。
奇辛激动道：“还给我！你们不能将生命宝玉还给阿尔宙斯！”但他的行动被梦幻完全控制住了。
小智道：“生命宝玉本来就是阿尔宙斯的东西，不是你的！”
奇辛道：“我这么做都是为了米季纳！失去生命宝玉，这里将会再次变得荒芜！未来也将什么都没有！”
小智道：“你真以为这所谓的银之水就能杀死阿尔宙斯吗？那我明确的告诉你，阿尔宙斯是神明中的神明，生命宝玉只是辅助，想要杀死它银之水恐怕还不够资格。而且真正使得米季纳变为富饶之地的是你们，是你们的辛勤耕耘。为了私心就想要占据生命宝玉，你今日的所作所为会给未来的人带来多大的灾害你明白吗？”
小智将奇辛直接交给了达摩斯，相信他会给奇辛一个处置的结果的。
小刚与小光也成功破坏了银之水注入的装置，梦幻的精神强念将阿尔宙斯救了出来，小智将生命宝玉也归还给了阿尔宙斯。重新恢复力量的阿尔宙斯，道：“少年，你叫小智对吧！真是非常感谢你！”
日全食之日，阿尔宙斯如期降临，达摩斯也按照约定将生命宝玉重新归还给了阿尔宙斯。达摩斯和希娜共同使用了超克之力，将事情整个告知了阿尔宙斯。
阿尔宙斯道：“达摩斯，希娜你们的想法已经传达给我了！没关系的！”
此时日全食已经过去了，生命宝玉的光芒重新化为了阿尔宙斯的五个生命之源，重新融入了阿尔宙斯的体内。
阿尔宙斯恢复了力量，但历史的原因还是使得它陷入了沉睡。阿尔宙斯回到了它自己的空间里，小智它们也在达摩斯的送别下回到了原来的空间。
达摩斯在众人临行前，跟他们保证道：“小智、小光、小刚、希娜，你们放心，未来的米季纳只会更加富饶。”
小智四人回到了现实，此时的米季纳已经恢复了没有被阿尔宙斯的制裁光砾破坏前的样子，被众神兽围着的阿尔宙斯也停下来了动作。阿尔宙斯看向了小智道：“历史得到了修复！好久不见，小智！你们的世界真是一个美丽的地方！”
小智道：“是我们的世界！”
阿尔宙斯笑道：“我都忘记了，我也是这个世界的一份子！”
小智见阿尔宙斯想起了千年前的记忆，就把自己的宝可梦们收进了精灵球里。整个米季纳如达摩斯说得那样，变得更加繁荣富饶了！米季纳变得富饶，依靠的还是人类与宝可梦的共同努力。
宾客找到了小智四人，他与希娜兴奋的抱在一起，小刚的心彻底碎了！
时空三神也各自回到了各自的空间中，众人再次目送阿尔宙斯远去。米季纳遗迹中多出了一块石碑，上面画着的正是小智四人、达摩斯与阿尔宙斯。
小光道：“大家来看，这里多了一个石碑。上面画的是我们哎！”
希娜看着石碑上的字翻译道：“教导何为信赖之心的未来的孩子们啊，希望米季纳的未来会成为一个更美好的地方，我会永远为你们祈祷，你们所处的未来是什么样的地方呢？”
希娜感动道：“达摩斯先生！”
【完成剧情任务超克的时空，奖励积分】
小光为了参加睡莲镇举办的华丽大赛，一行人再次踏上了旅程。