正在前往睡莲镇的小智一行人，现在来到了天冠山脚被丰饶的大自然所围绕的城镇——米季纳！
三人穿过了满是玉米的农田，走到了城外的大桥上，整个城镇一览无遗，清澈的河水环绕小镇，天气晴朗，令人心旷神怡，真不愧是神奥地区有名的观光城镇。
小光道：“太漂亮了！”
小光首先把自己的宝可梦们放了出来，换上了泳装的小光和波加曼以及菲欧纳在水中嬉戏。小智小刚见状也把宝可梦放出来愉快的游泳休息。
宝可梦们都很是惬意，尤其是不良蛙靠在了象牙猪的身上舒服的睡起了午觉。
“波加！”“皮卡！”“咪咪！”
在上游的波加曼、皮卡丘和卷卷耳发现有三个大西瓜一直向下漂流。小智三人一人抱着一个，小光奇怪道：“怎么会有西瓜呢？”
小智道：“应该是有主人的，我们先上岸吧！”
三人回到岸上换上了衣服，没有等多久，就看到一对蓝发兄妹找了过来。少年道：“这些西瓜是我们的。”
少女道：“我们把西瓜泡在水里降温，结果网子破了，结果就飘了下来。谢谢大哥哥帮我们捡回来。”
小刚顺着上游的方向看去，果然在河里有几个西瓜被网兜网住，其中一个网子破了个洞。
少年道：“大哥哥这些宝可梦都是你们的吗？要不这样跟我们进行一场双打对战，我们请你们吃西瓜如何？”
小光答应了下来，道：“有人要求对战，我是不会拒绝的，当然可以啊！小智跟我组队吧！”
小智道：“小刚，裁判就拜托你了！”
小刚点了点头。
“雪笠怪就决定是你了！”
“帕奇利兹，魅力登场！”
雪笠怪与帕奇利兹走了上前到自己的训练家面前，众宝可梦就在一旁观战。那对兄妹则是使用赫拉克罗斯与狩猎凤蝶。
“帕奇利兹，放电！”
小光发起了先攻，蓝色的强力电流攻向狩猎凤蝶，电系绝招对狩猎凤蝶的效果拔群。
“赫拉克罗斯，使用角撞攻击！”
“雪笠怪，冰冻之风！”
冰冻之风吹起寒冷的冰冻之风攻向了赫拉克罗斯。
“狩猎凤蝶，使用守住！”
狩猎凤蝶挡在了赫拉克罗斯的前面架起了保护罩。
“赫拉克罗斯，破坏死光！”
“狩猎凤蝶，银色旋风！”
破坏死光与银色旋风形成了双重攻击，一同攻向雪笠怪和帕奇利兹。小光微微一笑，道：“打雷！”
帕奇利兹用打雷形成了屏障挡下了攻击，雪笠怪吹起猛烈的暴风雪穿过打雷吹向狩猎凤蝶与赫拉克罗斯。
“高速星星！”
帕奇利兹趁机使用了高速星星进行了群体攻击，两只一同失去了战斗能力。
小刚宣布道：“狩猎凤蝶和赫拉克罗斯同时失去战斗能力，雪笠怪和帕奇利兹赢得胜利，所以胜者是小智与小光的双打。”
对战结束，大家一起坐在了树荫下吃着冰凉的西瓜，都很是开心。随后，兄妹两人给小智三人当了导游，带着他们逛了逛米季纳。
少女道：“既然都来到了米季纳，那么不能错过的就是米季纳遗迹了！”
少年补充道：“米季纳这里有座好几千年前神殿遗迹哦！景色也十分棒！你们顺着这条路差不多十分钟左右就能走到了，我们家里还有工作，我们就不陪你们了！”
兄妹两人跟小智三人告别，沿着他们所指的路，小智三人继续往前走。
米季纳遗迹位于一座山峰之上，山峰上倾泻而下多道瀑布，很是壮观。小智三人现在所处的地方就是瀑布所汇集而成的湖泊。
小刚道：“按照旅行手册所说就在这个附近了。有了有了，在山峰上！”
小智和小光顺着小刚手指的方向看去，山峰顶端就是米季纳遗迹。小光张开双手，道：“风吹得好舒服啊！”
小智突然道：“小光往后退！”
湖面上空突然出现了一个黑洞，将湖水吸了起来，龙卷风朝小智三人席卷而来。玛夏多从小智的影子出现，一发波导弹像是把利刃一般切断了水流。紧接着像是什么爆炸一般的强大能量释放出来，在米季纳生活的宝可梦纷纷向外跑去。
更为巨大的黑洞出现，强大的吸力似乎像是要把湖水吸干一般。
小光道：“这是什么？”
小智道：“神兽的力量！现在当务之急是要关闭时空黑洞！玛夏多......”
小智还没有说完，他们的不远处就出现了一个少年和一个少女，只见少女双手合十，身边就出现了一个黑洞，时间之神帝牙卢卡出现了。
“帝牙卢卡，拜托你关闭黑洞吧！”
帝牙卢卡居然听这个少女的话，飞上了天空，一发时光咆哮击中黑洞的中心，黑洞开始收缩，最终关闭，湖水也回归了正常。
玛夏多回到了精灵球里，小智解除了波导之力形成的保护罩，湖水中心却再次开启了反转世界的通道，骑拉帝纳出现！
骑拉帝纳和帝牙卢卡的事情已经解决了，这次骑拉帝纳的出现不是为了跟帝牙卢卡打架的，不多时帕路奇亚也出现了，三只神奥的时空传说中的宝可梦就这么互相看着对方。
那个少年不知道接下来会发生了什么，急忙对小智三人道：“这里太危险了，你们几个往后退！”
少女闭上眼睛，双手手指相扣，呢喃道：“超克去，时空的定律！”
橙红色的光芒从少女身上发出，但她却吃惊的睁开眼睛，道：“怎么会这样？”
小智解释道：“骑拉帝纳他们本来就没有要战斗的意思。”
虽然事情是解决了，但是骑拉帝纳还是不待见帝牙卢卡和帕路奇亚，它们都察觉到了阿尔宙斯即将苏醒，所以才一同出现的。骑拉帝纳给了它们一个背影就回了反转世界。
帝牙卢卡和帕路奇亚也回到了各自的空间中，小智刚才察觉到的能量波动不是骑拉帝纳它们的，这股凌驾于之上的感觉，只有一只宝可梦能做到——阿尔宙斯！
事情暂时平息了下来，少女道：“你们好，我叫希娜是米季纳遗迹的守护者。”
少年道：“我叫克宾，也是米季纳遗迹的守护者。”
小智三人也做了自我介绍，小智道：“刚才的超克之力吧！可以与宝可梦们进行心灵交流。”
希娜点了点道：“没错。”希娜走到了小智的身边道：“从前，雷之魔兽与魔兽使者改变了这座城镇的命运。这是米季纳的古老传说哦！”
小光和小刚对视了一眼，不会是在说波导勇者的事情吧？
希娜道：“会跟你们几位相遇说不定也是一种命运，而且我能感觉到小智你身上的力量很强大，请大家跟我去个地方吧！”