在小美将手放在小霞手里的时候，绿色草原的结晶化开始减少，从外围开始结晶化现象正在消失。
但是突然消失的结晶却以更快的速度再次蔓延。
通信装置接通，大木博士道：\"小智，你们怎么样？\"
小智道：“我们没事！”
大木博士道：“结晶化蔓延的越来越快了！”
小智道：“怎么会？”
大木博士道：“应该是未知图腾失控了，之前的力量一次性释放了太多，现在要结晶化消失就只能阻止未知图腾了！”
小智道：“我知道了！”
小茂的声音从通信装置中传来，他道：“我先带着爷爷他们去避难，很快宝可梦中心也危险了！”
小智道：“你先带着大木博士他们走，小茂你将闪电鸟先放回空间，超梦和梦幻就留下保护你们！”
小茂道：“好！”
通信装置挂断。
小美低着头道：“小智哥哥都是我的错吗？”刚才小智与大木博博士的通话，她完全都听到了。
小智将手搭在了小美的肩膀上，安慰道：“你放心，小智哥哥会解决的，我会将你爸爸带回来的。小美，你知道未知图腾的位置吗？”
小美道：“应该在大厅！”
小智召出了三圣鸟道：“出来吧，火焰鸟、急冻鸟、闪电鸟！火箭队你们三人照看好小美！”
小次郎疑惑道：“小鬼头你什么时候有三圣鸟的？”
喵喵打断道：“现在不是说这个的时候喵！小鬼头你要加油啊喵！”
小智、小刚、小霞三人坐到了三圣鸟的背上，三圣鸟联手在结晶化的墙上开了一个洞后它们就往小美所指的方向飞去。
炎帝走到了小美的身边：“小美只要你相信我，我就是最强的！”
小美抱住了炎帝，柔声道：“爸爸，我相信你！”
炎帝看着小智他们离开的方向道：“我也走了！”
小美问道：“爸爸你要到哪里去？”小美的心中突然有种不好的预感。
炎帝道：“我要去帮忙，解决这些事情！”
小美不舍道：“那爸爸还会回来吗？”
炎帝温柔道：“会的。我会回到你的梦中的！你每晚睡着都能见到我的。”
炎帝大吼一声追随着小智他们的脚步而去。
大厅中，无数的位置图腾悬浮于半空中。炎帝的声音响起：“不要靠太近，这里有像是屏障一样的东西。”小智三人与三圣鸟并肩而立。
小智看向炎帝道：“我让火焰鸟它们联手攻击，炎帝你能帮忙救出那个光球中的秀力博士吗？”小智到了这里才能感觉到，光球的力量中的波导，是个人类。
未知图腾的能量核心在中间的光球中，小智想到要是未知图腾能制造出炎帝来当小美的爸爸，那么秀力博士就一定在光球中。他要做的就是救出秀力博士，并且阻止未知图腾。
炎帝点头道：“你们联手撕出道口子就行！”
“火焰鸟过热，急冻鸟绝对零度，闪电鸟电磁炮！”
三圣鸟在小智的指挥下同时发动了攻击，与未知图腾的力量相撞，绝招搭在未知图腾制造的屏障上，但神兽的力量终究还是要强大一些的，不一会就出现了一道口子！炎帝跳入了未知图腾制造出来的屏障中，朝中心的光球而去。
“皮卡丘你去帮炎帝！”
“皮卡！”皮卡丘也跳了进去，炎帝与皮卡丘对视一眼，炎帝使用了喷火，皮卡丘使用了打雷，两只宝可梦合力破坏了中心的光球。秀力博士从光球中掉了下来，炎帝将其接住。
三圣鸟这边的攻击也停了下来，未知图腾的力量正在消失。炎帝将秀力博士放到了地上后，身形也开始消散。炎帝道：“帮我告诉小美，能成为她的爸爸我很开心！”
小智点了点头，道：“炎帝你放心！”
未知图腾的正上空随着光球能量的消失，未知图腾慢慢都被吸进了能量旋涡中，炎帝消失后的身体碎片也与未知图腾进入到了一处地方。
光球能量消失的同时，那些奇怪的文字卡牌从半空中掉落，小智喃喃道：“炎帝......”
小霞与小智将地上的卡牌整理好，庄园以及整个绿色草原开始恢复正常，花朵再次绽放，青草迎风摇摆。庄园的大门被小霞推开，小刚与小智架着秀力博士往外走，等在门口的小美看到了自己的爸爸，激动的抱住了她的爸爸，父女俩相拥而泣。
小智抬头看向天空的时候，一朵很像是炎帝的云正在朝他微笑。小智看着头顶的云消散，天空开始放晴。
大木博士他们去避难的，在看到结晶化现象消退后，开着车来到了庄园，花子见到小智就将其揽入怀中：“小智你没事吧！”
小智回抱住花子，道：“妈妈你放心！”
大木博士看着秀力博士和小美相聚也感慨不已，看向小智道：“你们还真的救回秀力博士了啊！”
小智遗憾道：“只是炎帝它走了！”
大木博士安慰道：“炎帝本就是未知图腾制造的嘛！你也不用太难过。但这次的事情，也让我们见到了未知图腾的强大的力量，以后也能避免了！”
小智点了点头，道：“嗯。”
小霞四下看了一圈道：“说起来，火箭队的三个人呢？”说起来他们从大门出来后好像就没有见到火箭队三人。
小刚倒是看见了道：“已经走了！他们这次没有捣乱，还帮了忙呢！”
小霞笑道：“下次我们动手就轻点吧！”
小刚也笑出了声。
小智他们送别了大木博士和花子，他们这边开车回真新镇。小茂则是在跟小智三人打了声招呼后，也再次踏上旅途。
没过几天，小美的妈妈也回到了庄园，以后都可以陪在丈夫和女儿身边，一家人再次和和美美的生活在一起，小美再也不会孤单了！秀力博士还说，他不再做研究了，以后都陪在女儿身边。
小智走前，向小美转达了炎帝消散前的话，小美只是说，她会在梦里见到炎帝爸爸的。
小智他们继续着前往满金市的旅途。
【结晶的帝王塔剧情任务结束，奖励积分】