建文三年十二月十二日，朱棣誓师南征，此时的北方已经没有能阻拦燕军的官军，损兵折将的盛庸于德州还未恢复元气，何福的五万南兵水土不服不耐寒冷，驻守在济南城外。
半个月后，燕军避开了真定和德州的守军，从二者间隙直插山东进入淮北，朱棣派出李远等大将带领数千骑兵侦查官军动静，清扫道路。
官军的疲弱有些出乎朱棣预料，前军大将朱能首先一战击败官军指挥贾荣，斩杀七百人，擒获兵马二千。
李远八百骑兵偷袭从德州渡河北上的都指挥葛进的万人，官军下马渡河，把马匹放在最后，眼见李远也下马邀战，官军见燕军兵少，不免有些轻视，葛进大吼一声率先冲杀过来，李远带人转身撤退，立功心切的官军穷追不舍。
这时候二百燕军潜入敌后斩杀守卒，把马匹全部放跑，李远随即开始反攻，官军不敌往后退却，发现马匹都不见了，一时间军心大乱，李远带兵乘势冲杀，一仗斩首四千余级，许多军士溺水而亡，不少马匹落入燕军手里，葛进仅以身免。
两战两胜，使得朱棣极为高兴，尤其是以八百兵力大破万人的李远立下大功，所部将士加以褒奖，前军都指挥以下军校皆升一级。
得知盛庸的兵力不过三四万，根本无力进犯河北，而大将瞿能因伤病死，陈晖去了西北募兵，铁铉困在济南城内，没了顾忌的朱棣遂带兵锐意南进，攻克馆陶渡过卫河抵达东阿，拔东平，陷汶上，一路望风披靡所至克捷，绕过孔子老家曲阜，两日即攻破重镇东平，守将指挥詹璟兵败被擒。知州等文官逃得无影无踪了。
建文初年被贬的东平小吏郑华等人，坚守瓮城死战不退，城破后绝食五日而死。
正月十五日，燕军攻下沛县，颜真卿的后人知县颜环留下一首绝命诗后，自刎于老父亲身边。主簿廖子清、典史黄谦誓死不降，二人从容赴难。
燕军继续进攻徐州，支将王聪进攻萧县，知县郑恕城破殉难。徐州乃南北咽喉之地，城内兵精粮足。向来易守难攻。
不知为何。高歌猛进的燕军没带来威力巨大的新式火炮。张辅的神机营被留在了河北。
因此尽管朱棣连番使用计谋，也未能拿下徐州，停留一个月后开赴宿州，宿州是燕王外祖父徐王的老家。徐王姓马，乃高皇后马氏的父亲。
眼看宿州近在眼前，朱棣告诫全军将士那里有外祖坟地，不得骚扰，因朱棣一向自称高皇后嫡生，再次严令部下和百姓秋毫无犯，派都指挥女婿李让前往祭奠，厚赐徐王亲族。
宿州也因此没有抵抗，燕军穿过宿州引徐州兵马追来。留下都指挥金铭迎敌，金铭于河边设下埋伏，但不慎惊到了官军，官军随即展开反击，金铭见状赶忙带兵逃回河对岸。徐州守军眼睁睁目送燕军离开，没有军令只得无奈返回。
燕军继续前进蒙城，驻于涡河。铁铉得知燕王南进的意图，调集多地守军仓促组织了四万人前来堵截。
为了争取民心，八万燕军几乎很少劫掠百姓粮食，后方的补给无法输送，是以携带的粮食吃的差不多了，埋伏多日不见官军踪迹，诸将沉不住气，纷纷请求回军，朱棣则坚决不同意，否决了调大连徐灏率领船队载满物资赶来支援的提议。
五天后，没了粮食的燕军大败四万官军，于小河斩杀官军两万，擒获将领丁良和朱彬，残余官军退回南岸，迎来盛庸的主力四万人，合兵一处。
燕军获得官军遗留下的粮食，得以饱腹，而官军则没了粮食，不得已只能采摘野菜充饥。
二十二日，两军在齐眉山发生了一场激战，互有伤亡，忽然大雾弥漫，战场上难辨敌我，于是双方各自收军还营。
盛庸有感兵力逊于燕军，采取步步为营的战法，每天挖壕沟以御燕军，往往通宵修筑好的壕垒即将完成，就得放弃起兵追逐燕军往前，等燕军列阵，又得慌忙后退十里地继续挖土，为此士兵疲惫不堪，战力大受影响。
反观燕军行军不挖堑壕，不筑营垒，只是分布队伍，列戟为门，因此将士可以得到充分休息。
不过盛庸没让燕军占到任何便宜，沉着指挥冷静应战，以疲惫之师牢牢牵制敌人。朱棣除非狠下心决战，不然奈何不了官军。
燕军长驱而南下，深入京畿中心地区，所遇到的阻力越来越大。又累又饿的盛庸军半个月后终于得到周围府县的粮饷供应，后继援军源源不断的赶来，每过一日，双方的差距渐渐拉平乃至很快朝着官军一方倾斜。
与此同时，徐灏乘船抵达北平，对着失去燕王消息的谋士官员大发雷霆，怒斥顾成等将领无能，他官职最高没有人敢出言辩解，灰溜溜的被撵了出去。
徐灏留下解缙和杨士奇，对着朱高炽和姚广孝说道：“就这么傻坐着？什么都不做？”
朱高炽苦笑道：“父王临走时严令守住北平，还能怎么办？”
徐灏没好气的道：“出兵将近三个多月了，孤军在外万一战败怎么办？起码派遣一支军马前往助战，提供军需粮草。眼下四方没有人能威胁到北平，坐在这里只能证明你无能。”
朱高炽皱眉道：“没有军令能派谁人前往？你得镇守辽东，我得呆在北平，难道让高燧走一趟？”
“事出紧急顾不得了，请大师和二位大人留守。”徐灏又说道：“协助高燧镇守北平遥控辽东，咱俩一起南下。”
“你？”朱高炽顿时大感惊讶。
徐灏说道：“姑父这一次无疑是在孤注一掷了，要么攻下京师要么全军尽殁，没有其他可能。想如此重要关头，你还能守在北平毫无作为？胜！高熙威望会凌驾于你头上，你将来的处境之艰难无需我多说，败了就算姑父能逃回来，可是损失殆尽的八万精锐根本无法弥补。如果你有继承皇位的决心，那么你就要做出选择。”
朱高炽只觉得心脏砰砰乱跳，此言意味着大家挑开天窗说亮话了。眼前姚广孝身份超然可以不论，其他三人都是最拥护自己的心腹，徐灏说的不错，必须要马上做出决断，不然就会失去下面人的拥戴。
朱高炽腿脚不便身宽体胖，最后挣扎着苦笑道：“那我给你军令，由你南下还不成吗？”
徐灏感到很是失望，冷道：“可以，但高熙取代你怎么办？我帮你即是保住高熙性命，但高熙做了太子后。我拿什么去救你？”
“我明白了。”朱高炽白胖胖的圆脸流下汗水。此刻姚广孝突然间缓缓点头。顿时让他精神一振，咬牙说道，“家里就劳烦三位大人了。”
很快朱高炽不顾文武官员的劝阻，不顾母亲的不赞同。留下激烈反对的三弟朱高燧在北平，随徐灏五千人马去了沧州，命张辅的神机营一起乘船南下德州。
一万五千人的火枪兵，尤其是武装到了牙齿的徐灏麾下，清一色的最新型燧发枪，每人百发纸壳子弹加上锋利刺刀，补给源源不断经由沐皙船队运送，战力比之大量装配火铳火绳枪的神机营将士要强上许多，尽管火绳枪的精度距离要好于滑膛燧发枪。但远比不上其中整整两千支的线膛燧发枪。
当然打仗不能光凭武器精良与否，徐灏的士卒大多没有神机营善战，此乃不争的事实。但是合在一起就恐怕是这世上最恐怖的战力了，加上徐淞身经百战的火炮营，不费吹灰之力即攻占了防守虚弱的德州城。
正在和官军对峙的燕军军营里。天气已经日渐炎热，对北方士卒最难以适应的就是潮湿了，使得人人体力困乏，水土不服很容易染上疾病，孤军千里在外人生地不熟，使得燕军上上下下普遍产生了厌战情绪。
这一天，诸将相继来到燕王帐下，又向朱棣提起撤兵，理由是孤军深入和敌军相持，已经失去了出其不意的锐气，硬撑下去就要到了盛夏时节，这时候打仗乃兵法所忌。况且淮地多豪雨，燕军畏热，一旦发生大规模的瘟疫疟疾等疫疾，后果恐怕不堪设想。
张玉建言道：“小河东平野外多牛羊，且二麦将熟，城内外粮食充足，不如渡河择地驻营，休息人马，观敌而动，万全之道也。”
面对众将的请求，朱棣不免心焦，他已经几天没有解甲了，看上去非常憔悴。
没想到诸将会如此畏难，不由怒道：“兵事有进无退。”说不得耐下心来好一番解释鼓气，最后说道：“本王故意引其南来者，贼军多南方士卒，久劳于外，孰不思家？若能大败之，则各归故里，岂复能合？”
很多大老粗的将领频频点头，张玉朱能等少数人却听出了燕王是在有意诡辩，若说思乡，燕军远离故土，岂不是更思归？
这时候没人敢拆台，朱棣说道：“眼下官军靠着周围县城接济，*万人哪里够食？一渡小河，我军士气懈怠，且贼粮饷已达淮河，相去不远。如敌得到充足的粮草接济，军势复振，我军便难以与之久战了。今应乘彼疲，截断其粮道，可以坐困，不战而屈之。”
最后朱棣强调说：“我军深入，利已在我，不可少缓，容贼为计。”
这时大家伙都回过味来了，孤军深入本为兵法大忌，王爷却硬是说成了形势有利，怎么可能呢？人人都带兵打了三年硬仗，即使大字不识一个，也已经无师自通懂得兵法了。
朱能和张玉见状站出来支持朱棣的意见，诸将见他二位附和王爷，即使心里不同意也都不做声了。
战争胜负，往往在瞬息之间，而粮饷毫无疑问是军队的命脉，朱棣连续派遣多位悍将四处截断官军粮道，分散官军兵力。
如果盛庸要移师接应粮草，朱棣便亲自率领大军紧随其后，白天命游骑扰乱官军樵采，夜间派勇士偷袭营地，使得官军不得休息，还得被迫分兵护粮，而燕军又何尝不累呢？
朱棣为此一个多月没有解甲，整个人像个野人，但如此一来显得更加亲民，将士们有感于心继续坚持。
四月二十五日，官军缓缓移动到了灵璧，与陈晖的两万西北骑兵汇合，想以持久战拖垮燕军。
这时候，朝廷送来粮草五万石，军饷三十万两，命都督陈煜率京军马步六万人沿途押送。
何福的八万人秘密赶来，不知情的朱棣准备带领精锐前去偷袭。