不料，此举一出，幼稚得可爱的群臣真的以为万历皇帝很“开明”，要征求真实的改革措施。其实不过是皇上虚晃一枪而已，根本没想呼什么意见和建议。
于是，群臣中的许多人都挥笔写了奏疏，实心实意地给皇上提意见、建议，形成了奏疏的新一轮猛烈“轰炸”。
从皇上发出“罪己诏”的第二天起，言者蜂起，文牍铺天盖地而来。什么意见都有：有的指责皇上处事不公，恭妃位份低微，而郑妃不应飞黄腾达，位居“皇贵妃”之尊；有的催促兑现“立储自有长幼”的诺言，马上封朱常洛为太子；有的还直言不讳地指责他的种种过失，等等，那真是字字似利剑，直捣皇上要害。
万历皇帝看奏疏看得头痛，便伸出手将案头的文牍扫落在地，命太监悉数“留中”。于是，太监们便把这些奏疏，一股脑地扔进废纸库中。
万历弄巧成拙，徒生烦恼，伤透了脑筋。
表面上，这场由专宠郑贵妃而引起的“立储”之争似乎平息下去了。但平静的水面之下，却掩盖着险恶的暗礁和漩涡！
自从陈有年同赵南星等人举荐海瑞被朝廷起用之后，朝中官员无不对他们刮目相看。特别是赵南星，虽官职低微，居然如此远见卓识，敢于将重用海瑞这个争议很大的人物奏章呈上，足见胆识非同寻常。朝中文武百官谈起此事，无不充满敬意。也有人背后嘀咕，认为南星蓄意重用海瑞是别有用心......
总归，从这件事起，南星的名字在朝中百官中不胫而走，远近传扬。
这样功勋卓着的年轻官员，竟被皇上贬谪到云南小县去当县令，这太不公平了！顾宪成等正直官吏，屡次向皇上和内阁举荐。
申时行此刻也觉心中有愧。凭良心说，他认可赵南星是有才能的年轻官员，而且喜欢直言相谏，虽然有些幼稚，但具有这种品质的官员在朝中是稀少而可贵的。只是因为赵南星与他争论过“开水田”，又写了《敬循职掌剖露良心疏》，指出“四害”对江山社稷的巨大危害，就将他降黜为云南小县令，朝中大臣们对此颇有非议，何时想起来也有几分愧疚。不如趁此良机让他还朝，也算他申时行做的一件好事吧。
申时行向皇上写了条陈，主张将富有才华的赵南星召回，仍在吏部任职。
万历看后，准其所请。赵南星就从云南小县令上返回京城。
此后，申时行又协同尚书陈有年，对历次冒犯皇上、处理不公，正在服刑或削籍的官员，反复进行考察、权衡、筛选，将一大批蒙辱含垢的官员平反昭雪，将名单分批呈报内阁，恳请重新起用。
首辅申时行看过吏部陈有年等人的奏章之后，将极少数争议较大的官员名单转呈万历，其余大都照准起用。这样，一批好官被重新起用，有的还担任了要职，这些人成了活口碑，在人前盛赞陈有年、赵南星等人慧眼识才。有了这次成功的合作之后，陈有年凡遇重要事情，都喜欢同南星商议，他们二人的友谊也日渐深厚。
南星见经过自己极力倡导，促成了这件大好事，心中也很得意。他觉得在实现自己宏伟理想的道路上，毕竟迈出了一大步。
这天，一个人骑着快马在赵南星的私宅前跳下来。南星刚从吏部回来，见来人汗流浃背，气喘吁吁。仔细一看，这不是管家周四吗？忙把他请到屋里，端来水洗完手脸之后，又让冯氏端来一杯热茶。
一个不祥之兆向他的心中袭来。他忙问：“四叔，您专程赶来，莫非有什么要紧事吗？”
周四喘匀了气，“咕咚”喝下一口茶，神色黯然地说：“南星啊，说出来你不要着急，老夫人——你奶奶她......她......过世了！”
似晴天霹雳一般，把南星惊呆了！他愣怔地站着，半晌回不过神来。他没有料到，身板如此硬朗的奶奶，怎么突然间说殁就殁了呢？
他看着周四的脸问：“四叔，到底是怎么回事？”
周四揩了一下脸上浸出的汗水说：“三天前，老夫人还好好的，一点异常都没有。只是在去厕所回来时摔了一跤，家里人忙把她抬进屋，说话间人事不省，赶紧找郎中诊治，没过一会儿就咽了气。南星啊，你可要想开点啊。”
南星定了一下神说：“四叔，你放心吧，我，我能挺得住。”
说完，吩咐夫人冯氏为周四做饭，安顿休息。另外，赶紧收拾行装，准备回老家奔丧。
第二天，他一进衙门，就将祖母病殁之事报告给了吏部尚书陈有年，并随手将申请“丁艰”的请假题文呈上。
陈有年对南星老家中的变故十分同情，马上批准他回家奔丧。并嘱咐他赶紧交待一下公事，即可动身回家，期满后马上返回朝堂。
接着，陈有年又立刻晓谕吏部各衙门，号召同僚们为南星送了礼金。
南星交待完公事，辞别了陈有年、顾宪成和其他同僚，偕夫人冯氏火速赶回老家为奶奶张罗葬礼。
出京城后，几天躜马催行，经过一路奔波，南星回到了老家高邑县东关村。他同家人一起，含泪埋葬了操劳一生的奶奶。把丧事料理完，南星在家住了不长时间，便返回京城任原职。
万历17年（1589年），适逢大比之年。吏部尚书陈有年考虑到事关重大，须认真对待。要接受过去科举考试中稍有疏漏，便有人趁机捣鬼作弊的教训，派得力官员到各地主持考务。
为了严肃考务，他举荐赵南星主持江南当年的科举考试，任房考（同考）。没几天内阁批准同意，陈有年便通知南星到他的公厅议事。
南星来到陈有年的公厅。坐定之后，陈有年吩咐手下为南星倒了一杯香茶。
接着，他放下手中的文牍问道：“这次想派你到江南去当主考官，已经内阁批准。没什么困难吧？”