1789年，法国大革命爆发，随后拿破仑崛起、向外扩张，奥地利也参与了反法战争，在1805年的第三次反法同盟战争中被法国打败，被迫割让部分伊斯特里亚、达尔马提亚予法，拿破仑再将这些并入其从属国意大利王国，引入法国法律进行改革，取消了贵族特权、纳税平等、促进教育，这段期间里，克罗地亚经济高度繁荣。1809年，第五次反法同盟战争爆发，奥军再度战败，拿破仑取得整个伊斯特拉、萨瓦河右岸到乌纳河之间的克罗地亚地区，设置了伊利里亚省控制其领土，用于封锁中欧透过亚得里亚海和英国之间的联系。1813年，法军已江河日下，奥军重新占领了伊利里亚省，在维也纳会议后再并回奥地利，后者便建立了达尔马提亚王国，并将沿海地区重新划给克罗地亚王国统治，而两者皆臣服于哈布斯堡的统治之下。
1830与1840年代盛行的浪漫民族主义令克罗地亚民族主义重新复苏，催生出高唱统一哈布斯堡帝国内南部斯拉夫民族的“伊利里亚运动”，并透过克罗地亚着作和文化的传播，使克罗地亚语成为一种标准语言，用以对抗匈牙利语。1848年，帝国内匈牙利地区爆发革命，克罗地亚人选择与奥地利站在同一阵线，并于1849年一同打败了匈军，随后，克罗地亚进入了一段日耳曼化时期。1860年代，奥地利由于政治上的疲弱，被迫通过“1867年奥匈折衷方案”来与匈牙利王国成立“共主邦联”的二元帝国——“奥匈帝国”，其中克罗地亚地区被划给了匈牙利管理，地位根据1868年发布的《克罗地亚匈牙利妥协协议》制定，克罗地亚王国和斯拉沃尼亚再度统一，达尔马提亚王国则实际上由奥地利控制，里耶卡则保持着独立个体（英语：corpus separatum (Fiume)）的状态。在奥匈帝国根据《柏林条约》吞并波黑两省后，克国驻军区也跟着被废除，并于1881年根据《克罗地亚—匈牙利协议》回归克罗地亚控制。奥匈帝国内部以法兰兹·斐迪南大公为首推行将国家改为实质联邦制的构想，克罗地亚也将成为其中一个联邦单位，但这些努力随着斐迪南大公遇刺身亡和第一次世界大战爆发而终止。
第一次世界大战与南斯拉夫王国
1914年夏，第一次世界大战爆发，奥匈帝国动员的700万军队中有50万克罗地亚人，后者曾在西线、意大利、巴尔干和东线作战，付出了名士兵、名平民死亡的损失，包括战事的伤亡、各种流行病与饥荒。1918年10月29日，克罗地亚议会宣布自奥匈帝国独立，并联合成立为斯洛文尼亚人-克罗地亚人和塞尔维亚人国，同年12月4日，该国与塞尔维亚王国建立了联盟，后改建为一个统一的王国——塞尔维亚人、克罗地亚人和斯洛文尼亚人王国。
不过，在新独立国家中的塞尔维亚人推行大塞尔维亚主义的霸权政策，从政府机关到宗教部门，克罗地亚人都受到歧视与排挤。1921年时，国家通过《维多夫丹宪法（英语：Vidovdan constitution）》，规定国家实施中央集权体制、不承认南斯拉夫存在不同的民族，取消了克罗地亚人的自治权，这受到长久以来提倡国家施行联邦制的克国人和斯洛文尼亚人的反对，其中反对最大力的是斯捷潘·拉迪奇领导的克罗地亚农民党。令克人和王国政府关系更为紧张的是1928年6月20日，发生了塞尔维亚议员在国民议会（英语：parliament of Yugoslavia）上对拉迪奇开枪射杀的事件，引爆萨格勒布的学生、工人、市民大规模示威游行，在与警察冲突的过程中又有三名学生被打死，场面更为混乱，最终导致王国的摄政王亚历山大一世于1929年1月6日发动政变，废除宪法、解散国民议会、取消所有政党，建立了个人独裁统治，欲运用镇压方式扑灭本事件。
南斯拉夫王国政府的独裁统治令克罗地亚人强烈不满，权利党（英语：party of Rights）zhuxi安特·帕韦利奇也因此认定透过谈判无法达成目标，需以武装斗争的方式来建立一个独立的克罗地亚国家，便辗转于他国取得物质支援，建立了非法极端民族主义组织——克罗地亚护国军（后改名为“乌斯塔沙”），在当局铁腕镇压后，乌斯塔沙旋即逃往和南斯拉夫关系不好的意大利王国，潜伏等待时机。亚历山大的独裁于其在1931年颁布新宪法时终止，该法再度宣布南斯拉夫只存在一种民族的说法，并以此让国家组织由单一民族掌握合法化，同时也将国名自“塞尔维亚人、克罗地亚人和斯洛文尼亚人王国”改为“南斯拉夫王国”。继承拉迪奇党zhuxi职位的弗拉特科·马切克（英语：Vladko ma?ek）也继续领导农民党，提倡南斯拉夫联邦化，经过长期的协商，南斯拉夫首相拉吉沙·兹韦特科维奇与马切克达成协议，于1939年8月27日签署《兹韦特科维奇–马切克协议（英语：cvetkovi?–ma?ek Agreement）》，允许建立拥有高度自治权益的克罗地亚省。南斯拉夫中央政府保留控制国防、国内治安、外交、贸易和运输的权力，其余事务都交给了克罗地亚的议会处置。
第二次世界大战